ブラウザのみ受容体前処理 · Dock ツール
PDB クリーナー — 水分子とヘテロ原子を除去
ブラウザで結晶水と任意のヘテロ原子を PDB から除去 — その後 Dock でドッキング。
.pdb ファイルをここにドロップ
またはクリックして参照 · 解析はローカル · サーバーには送信されません
クリーン結果
上で PDB をアップロードしてください。削除された水とヘテロ原子の数がここに表示されます。
分子ドッキング用に PDB ファイルをクリーニングする方法
結晶水を除去するだけなら PyMOL スクリプト、Open Babel のワンライナー、ローカル Autodock 準備は不要です。この無料 PDB クリーナーはブラウザの FileReader API でファイルを解析し、HOH（および任意の HETATM）レコードを削除し、ワンクリックでダウンロードまたはドッキングできます — クリーニング中はアップロードされません。
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.pdb 受容体をアップロード
RCSB、AlphaFold、または配布資料から Protein Data Bank ファイル（.pdb / .ent）をドラッグ＆ドロップまたは参照してください。解析はデバイス上で行われ、クリーニング API にファイルは送信されません。
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HETATM を削除するか選択
水（HOH、WAT、DOD、H2O）は常に削除されます。チェックを入れたままにすると共結晶リガンド、イオン、溶媒など他のヘテロ原子も削除されます。ポケットに補因子やイオンを残す場合はチェックを外してください。
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クリーン PDB をダウンロードまたはオンラインドッキング
ローカル Vina/PyMOL 用に *_clean.pdb をダウンロードするか、「このクリーン PDB でドッキング」をクリックしてオンライン AutoDock Vina フォームに受容体をプリロード — ジョブ送信まではこのタブ内のみです。
この PDB クリーナーが削除（および保持）するもの
学生向けドッキングチュートリアルでは PDBQT 変換前に「水とヘテロ原子を削除」と指示されることが多いです。オンラインクリーナーが各レコードタイプに対して行う処理は以下の通りです。
| レコード / 内容 | デフォルト動作 | Vina にとっての意味 |
|---|---|---|
| HOH / WAT 水 | 常に削除 | 結晶水がポケットを埋め、リガンドポーズを妨げることがある。 |
| その他 HETATM（リガンド、イオン） | チェック時に削除 | 共結晶リガンドは SMILES と競合；イオンは有用な場合も — 慎重に選択。 |
| ATOM（タンパク質 / 核酸） | 保持 | 標準アミノ酸 / ヌクレオチド座標は受容体骨格として保持。 |
| HEADER、TITLE、REMARK、TER、END… | 保持 | メタデータと鎖終端は PyMOL での可読性のため保持。 |
| 削除原子の ANISOU / CONECT | 書き換えなし | 演習速度のための単純行フィルタ；完璧な CONECT グラフには PyMOL で再クリーニング。 |
ドッキング前に PDB から水とヘテロ原子を除去する理由
ほぼすべての RCSB 結晶構造には 結晶水（残基名 HOH）と、しばしば HETATM として書かれた 共結晶リガンド があります。AutoDock Vina は事前に除去しない限りそれらを剛性受容体の一部として扱います。結合部位に数百の水を残すと立体障害でポーズを妨げ、クラッシュスコアを膨らませ、学生のリドックベンチマークを公開共結晶より悪く見せることがあります。
従来のデスクトップ準備は PyMOL（「remove resn HOH」）、ChimeraX、grep / Open Babel パイプラインです — 有効ですが、宿題ドッキング用のクリーン受容体だけ必要なときは遅いです。この無料 オンライン PDB クリーナー はそのロングテールワークフロー向け：PDB をダウンロード（またはタンパク質名で PDB 検索で取得）、ブラウザで HOH と任意 HETATM を除去し、化学名から SMILES 変換のリガンド SMILES でドッキング。
クリーニング後、このクリーン PDB でドッキング をクリックしてDock ホームページを開くと受容体がプリロードされます。オンライン Dock は依然として水素添加と PDBQT 準備を行います。完全なチェックリストはAutoDock Vina 用受容体・リガンドの準備と分子ドッキング ステップバイステップを参照。
AutoDock Vina 前の受容体クリーニングチェックリスト
水の除去は必要ですが十分ではありません。クリーン PDB ダウンロード後、このチェックリストを確認 — 特に採点課題とリドック検証向け。
- 水（HOH/WAT）：実験室が架橋水を明示的に残さない限り、標準的な剛性受容体 Vina では除去。
- 共結晶リガンド（HETATM）：自分の化合物をドッキングする際は削除；そのリガンドのリドック対照の場合のみ保持。
- 補因子 / 金属イオン：ケースバイケース — メタロ酵素ポケットの Zn2+ は受容体に含む場合あり；遠方の結晶化添加物は通常含まない。
- 代替位置（altLoc）：本クリーナーは altLoc を刈らない；占有率が乱れている場合はドッキング前に PyMOL で解決。
- ポケット近くの欠損ループ：原子クリーニングは未解像密度を直さない — RCSB / 実験方法を確認。
- 鎖選択：多鎖 PDB は一鎖のエクスポートが必要な場合あり；Dock アップロードはクリーンファイルをそのまま受け付け。
- プロトン化と PDBQT：オンライン Dock はアップロード後に準備；ローカル Vina はクリーニング後も Open Babel / Meeko / MGLTools が必要。
HOH と HETATM：学生が混同しやすい点
PDB 形式では、ほとんどの水は残基名 HOH（18–20 列）の HETATM 行です。「すべての HETATM を削除」は水も削除しますが、「HOH のみ削除」はイオン、グリセロール、PEG、共結晶薬を残します。本ツールは常に水残基名を除去し、任意で残りの HETATM 行も除去して、2 つの一般的な実験指示に合わせられます：
- 「水分子を除去」 → HETATM チェックを外す（水は依然除去）。
- 「水とヘテロ原子 / リガンドを除去」 → チェックを入れたまま（デフォルト）。
タンパク質と DNA/RNA の主鎖は ATOM レコードのままです。ここでは鎖の改名、残基番号の振り直し、水素添加は行いません — ドッキング前の透明で監査可能な第一歩として意図的です。
AutoDock Vina 準備向け PDB クリーナー FAQ
「PDB から水を除去」「HETATM をオンライン削除」「ドッキング用 PDB クリーニング」「AutoDock Vina 前に HOH を除去」を検索する学生向けの短い回答。
いいえ。クリーニングはブラウザの FileReader API のみを使用します。この段階では座標はマシン上に留まります。後で「このクリーン PDB でドッキング」をクリックしてジョブを送信すると、Dock は選択したクリーンテキストを受け取ります — ホームページでファイルをアップロードするのと同じです。
関連ドッキングツール
- タンパク質名で PDB 検索
タンパク質名（EGFR、ACE2、HER2）から高分解能 PDB ID を見つけ、ワンクリックでドッキング。
- 化学名から SMILES
PubChem 経由で薬物名または IUPAC 名を Canonical SMILES に変換 — AutoDock Vina 対応。
- AutoDock Vina グリッドボックス計算
参照リガンド PDB/SDF をアップロードし、Vina 検索ボックスの Center X/Y/Z と Size を計算 — config.txt をワンクリックでコピー。
- Lipinski 五則と薬物様性チェック
SMILES を貼り付け、ブラウザ内 RDKit.js で MW、LogP、HBD、HBA を計算 — ドッキング前に Lipinski 合格/不合格。
- SMILES / SDF / PDB → PDBQT コンバーター
Open Babel でブラウザ内 SMILES、SDF、PDB を AutoDock Vina PDBQT に変換 — MGLTools 不要。
- オンライン AutoDock Vina ドッキング
クリーン受容体をアップロードまたは PDB ID を貼り付け、SMILES を追加し、結合ボックスを確認してダウンロード可能なレポート付きでドッキングを実行。
- AutoDock Vina 用受容体・リガンドの準備
水除去後の完全準備チェックリスト — プロトン化、PDBQT、リガンドオプション。
- 分子ドッキング ステップバイステップ
構造選択から親和性スコア解釈までの学生向けウォークスルー。
- すべての無料ドッキング前処理ツール
ツールハブ全体を閲覧 — PDB 検索、化学名→SMILES、PDB クリーナー、グリッドボックス、五則、PDBQT。