ブラウザ内 RDKit.js · Dock ツール
Lipinski 五則と薬物様性チェック
SMILES を貼り付け MW、LogP、HBD、HBA を計算 — ドッキング Credits 消費前に Lipinski 合格/不合格。
有効な SMILES を送信すると、ここに結果が表示されます。
Lipinski Rule of 5 をオンラインで確認する方法
Christopher Lipinski の Rule of 5（Rule of Five）は、medicinal chemistry と virtual screening で使われる経口 drug-likeness の迅速フィルターです。この無料計算機はブラウザで RDKit.js（WebAssembly）を実行 — デスクトップ ChemDraw、SwissADME ログイン、ローカル RDKit インストールは不要です。
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SMILES 文字列を貼り付け
PubChem、ChemDraw、または当社の名称→SMILES コンバーターから Canonical または有効な SMILES を使用。RDKit がグラフを解析できる場合、環、分岐、電荷に対応。
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RDKit.js が MW、LogP、HBD、HBA を計算
平均分子量、Crippen LogP、Lipinski 水素結合ドナー・アクセプターは WASM でローカル計算 — このチェックではアップロードされません。
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古典的 Rule of 5 限界と比較
MW ≤ 500、LogP ≤ 5、HBD ≤ 5、HBA ≤ 10 で合格。各緑チェックまたは赤バツを確認し、有望なリガンドを Dock で AutoDock Vina ドッキング。
4 つの Lipinski Rule of 5 基準
各ルールは 5 の倍数 — 名称の由来。経口小分子のスクリーニングフィルターとして使い、絶対 ADMET 真理ではありません。
分子量 ≤ 500 Da
大分子は腸管吸収が悪いことが多い。本チェッカーは SMILES グラフから RDKit 平均分子量 (AMW) を使用。
LogP ≤ 5
オクタノール-水分配係数は親脂性の代理。RDKit の Crippen LogP を報告 — 高速 2D 推定で実験値ではありません。
水素結合ドナー ≤ 5
古典 Lipinski ドナーは OH と NH 基（lipinskiHBD）を数える。ドナー過多は膜透過を妨げる可能性。
水素結合アクセプター ≤ 10
古典アクセプターは N と O 原子（lipinskiHBA）を数える。一部の現代 HBA 定義とは異なります。
drug-likeness を試す例分子
演習や初期 virtual screen は馴染みの薬から始まることが多いです。名称をクリックしてライブ RDKit Rule of 5 チェックを実行。
| 化合物 | 典型的な用途 | 期待される結果 |
|---|---|---|
| NSAID 教学リガンド | 通常 4 項目すべて合格 | |
| drug-like カルボン酸 | 古典的経口 Ro5 合格 | |
| 小型キサンチン骨格 | 低 MW / 低 LogP で合格 | |
| ポリフェノールフラボノイド | HBD / LogP 境界ケース | |
| 古典的キナーゼ阻害剤 | 大型経口オンコロジーリガンド | |
| スタチン / 親脂性酸 | 違反議論に有用 |
分子ドッキング前に Rule of 5 を確認する理由
AutoDock Vina と関連ツールは、経口薬として unlikely な化合物でも、解析可能なリガンドならほぼすべてスコアリングします。先に Lipinski Rule of 5 計算機 を実行すると、巨大ポリフェノール、ペプチド、超親脂性 hit にキュー時間を使う前に drug-like SMILES を優先できます。
本ページは「rule of five calculator」「Lipinski drug-likeness checker」「SMILES MW LogP HBD HBA online」などの検索意図向け。スプレッドシート手計算と異なり、RDKit.js は一貫した Crippen LogP と Lipinski ドナー/アクセプター定義を適用します。
合格後（または違反を承知で）、必要なら 化学名→SMILES ツールで薬名を変換し、タンパク質名 PDB 検索 で受容体を見つけ、PDB クリーナー で水を除去し、グリッドボックス計算機 でボックスを設定し、Dock ホームページ でドッキング。ドッキングレポートにも各リガンドの RDKit Lipinski / Veber / QED 概要が含まれます。
Rule of 5 vs Veber、QED、実験 ADMET
Lipinski フィルターは Pfizer 時代の経口薬セットからの計算ヒューリスティック。Rule of 5 合格は経口バイオアベイラビリティを 証明しません — 不合格も化合物が useless とは限りません。
このチェッカーをドッキングと SAR 議論前のトリアージとして扱ってください。実験報告では記述子が RDKit 推定値であり SwissADME や測定 assay ではないことを明記。
Lipinski Rule of 5 よくある質問
AutoDock Vina ドッキング前に SMILES から経口 drug-likeness を評価する学生・研究者向けの短い回答。
経口利用可能小分子の経験則フィルター：分子量 ≤ 500、LogP ≤ 5、水素結合ドナー ≤ 5、アクセプター ≤ 10。計算ヒューリスティックであり、バイオアベイラビリティや安全性の保証ではありません。
関連ドッキングツール
- タンパク質名で PDB 検索
タンパク質名（EGFR、ACE2、HER2）から高分解能 PDB ID を見つけ、ワンクリックでドッキング。
- 化学名から SMILES
PubChem 経由で薬物名または IUPAC 名を Canonical SMILES に変換 — AutoDock Vina 対応。
- PDB クリーナー — 水分子とヘテロ原子を除去
ブラウザで PDB から HOH 水分子と任意の HETATM レコードを除去 — ドッキング準備済み受容体前処理。
- AutoDock Vina グリッドボックス計算
参照リガンド PDB/SDF をアップロードし、Vina 検索ボックスの Center X/Y/Z と Size を計算 — config.txt をワンクリックでコピー。
- SMILES / SDF / PDB → PDBQT コンバーター
Open Babel でブラウザ内 SMILES、SDF、PDB を AutoDock Vina PDBQT に変換 — MGLTools 不要。
- オンライン AutoDock Vina ドッキング
SMILES を事前入力し、受容体を選び、ダウンロード可能なレポート付きでドッキング。
- すべての無料ドッキング前処理ツール
ツールハブ全体を閲覧 — PDB 検索、化学名→SMILES、PDB クリーナー、グリッドボックス、五則、PDBQT。