浏览器内 RDKit.js · Dock 工具
Lipinski 五规则与类药性检查
粘贴 SMILES 计算 MW、LogP、HBD 和 HBA — 在消耗对接 Credits 前通过/未通过 Lipinski。
提交有效 SMILES 后，结果将显示在此处。
如何在线检查 Lipinski Rule of 5
Christopher Lipinski 的 Rule of 5（常写作 Rule of Five）是药物化学与虚拟筛选中常用的口服类药快速过滤器。此免费计算器在浏览器中运行 RDKit.js（WebAssembly）— 无需桌面 ChemDraw、SwissADME 登录或本地 RDKit 即可计算四项经典描述符。
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粘贴 SMILES 字符串
使用 PubChem、ChemDraw 或我们名称转 SMILES 工具中的 Canonical 或任意有效 SMILES。当 RDKit 可解析图结构时，支持环、分支与电荷。
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RDKit.js 计算 MW、LogP、HBD、HBA
平均分子量、Crippen LogP、Lipinski 氢键供体与受体均通过 WASM 在本地计算 — 此检查不上传任何数据。
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与经典 Rule of 5 限值比较
当 MW ≤ 500、LogP ≤ 5、HBD ≤ 5、HBA ≤ 10 时通过。查看每项绿色对勾或红色叉号，然后在 Dock 上用 AutoDock Vina 对接有前景的配体。
四项 Lipinski Rule of 5 标准
每条规则都是 5 的倍数 — 因此得名。将其作为口服小分子筛选过滤器，而非绝对 ADMET 真理。
分子量 ≤ 500 Da
较大分子常显示较差肠道吸收。本检查器使用 RDKit 从 SMILES 图计算的平均分子量 (AMW)。
LogP ≤ 5
辛醇-水分配系数近似亲脂性。我们报告 RDKit 的 Crippen LogP — 快速 2D 估计，非实验摇瓶值。
氢键供体 ≤ 5
经典 Lipinski 供体计数 OH 与 NH 基团 (lipinskiHBD)。供体过多可能阻碍膜渗透。
氢键受体 ≤ 10
经典受体计数 N 与 O 原子 (lipinskiHBA)。这与某些排除特定氮的现代 HBA 定义不同。
用于测试类药性的示例分子
课程作业与早期虚拟筛选常从熟悉药物开始。点击名称运行实时 RDKit Rule of 5 检查，若 profile 合理则进行对接。
| 化合物 | 典型用途 | 预期结果 |
|---|---|---|
| NSAID 教学配体 | 通常四项全部通过 | |
| 类药羧酸 | 经典口服 Ro5 通过 | |
| 小型黄嘌呤骨架 | 低 MW / 低 LogP 通过 | |
| 多酚类黄酮 | 常见 HBD / LogP 边界情况 | |
| 经典激酶抑制剂 | 较大口服肿瘤配体 | |
| 他汀 / 亲脂酸 | 适合讨论违规项 |
分子对接前为何检查 Rule of 5？
AutoDock Vina 及相关对接工具几乎可对任何可解析配体打分 — 即使化合物不太可能是口服药物。先运行 Lipinski Rule of 5 计算器 有助于学生与早期发现团队优先处理类药 SMILES，避免在巨大多酚、肽或超亲脂 hit 上浪费队列时间。
本页面向「rule of five calculator」「Lipinski 类药检查器」「SMILES MW LogP HBD HBA 在线」等常见搜索意图。与电子表格手算不同，RDKit.js 应用一致的 Crippen LogP 与 Lipinski 供体/受体定义，结果与许多 cheminformatics 笔记本一致。
通过（或 knowingly 接受违规）后，如需可将药物名用我们的 化学名称转 SMILES 工具转换，用 按蛋白质名称搜索 PDB 找受体，用 PDB 清理器 去水，用 网格盒计算器 设盒，然后在 Dock 首页 运行对接。对接报告亦含每个配体的 RDKit Lipinski / Veber / QED 摘要。
Rule of 5 与 Veber、QED 及实验 ADMET
Lipinski 过滤器源自 Pfizer 时代口服药物集合的计算启发式。除 Ro5 外，许多团队还关注 Veber 规则（可旋转键与拓扑极性表面积）和 QED（类药性定量估计）。通过 Rule of 5 不能 证明口服生物利用度、溶解度或低毒性 — 违反也不证明化合物无用（许多天然产物与 beyond-rule-of-5 肿瘤药物仍很重要）。
将此检查器作为对接与 SAR 讨论前的分流步骤。实验报告中请明确描述符为 RDKit 估计值，非 SwissADME 网页结果或实测 assay。
Lipinski Rule of 5 常见问题
面向在 AutoDock Vina 对接前从 SMILES 评估口服类药性的学生与研究者的简明解答。
口服可用小分子的经验法则：分子量 ≤ 500、LogP ≤ 5、氢键供体 ≤ 5、氢键受体 ≤ 10。这是药物化学的计算启发式，不保证生物利用度或安全性。
相关对接工具
- 按蛋白名称搜索 PDB
从蛋白名称（EGFR、ACE2、HER2）查找高分辨率 PDB ID，一键对接。
- 化学名转 SMILES
通过 PubChem 将药物或 IUPAC 名称转换为 Canonical SMILES — 可用于 AutoDock Vina。
- PDB 清理 — 去除水分子与杂原子
在浏览器中从 PDB 去除 HOH 水分子及可选 HETATM 记录 — 对接就绪的受体预处理。
- AutoDock Vina 网格盒计算器
上传参考配体 PDB/SDF，计算 Vina 搜索盒的 Center X/Y/Z 与 Size — 一键复制 config.txt。
- SMILES / SDF / PDB → PDBQT 转换器
在浏览器中用 Open Babel 将 SMILES、SDF 或 PDB 转换为 AutoDock Vina PDBQT — 无需 MGLTools。
- 在线 AutoDock Vina 对接
预填 SMILES、选择受体，运行对接并下载报告。
- 全部免费对接预处理工具
浏览完整工具中心 — PDB 查找、化学名转 SMILES、PDB 清理、网格盒、五规则、PDBQT。