免费预处理工具 · Dock
用于对接预处理
缺少 PDB ID、SMILES、清理后的受体或 PDBQT？使用这些免费浏览器工具，然后在 Dock 上运行 AutoDock Vina — 无需本地安装。
- 打开
蛋白 → PDB ID
按蛋白名称搜索 PDB
从蛋白名称（EGFR、ACE2、HER2）查找高分辨率 PDB ID，一键对接。
接下来可能有用
- 化学名转 SMILES — 名称 → SMILES
- PDB 清理 — PDB → 清理受体
- PDBQT 转换器 — 结构 → PDBQT
- 打开
名称 → SMILES
化学名转 SMILES
通过 PubChem 将药物或 IUPAC 名称转换为 Canonical SMILES — 可用于 AutoDock Vina。
- 打开
PDB → 清理受体
PDB 清理 — 去除水分子与杂原子
在浏览器中从 PDB 去除 HOH 水分子及可选 HETATM 记录 — 对接就绪的受体预处理。
- 打开
配体 → 盒中心
AutoDock Vina 网格盒计算器
上传参考配体 PDB/SDF，计算 Vina 搜索盒的 Center X/Y/Z 与 Size — 一键复制 config.txt。
接下来可能有用
- PDBQT 转换器 — 结构 → PDBQT
- PDB 清理 — PDB → 清理受体
- 化学名转 SMILES — 名称 → SMILES
- 打开
SMILES → 类药性
Lipinski 五规则与类药性检查
粘贴 SMILES，在浏览器中用 RDKit.js 计算 MW、LogP、HBD 和 HBA — 对接前通过/未通过 Lipinski 筛选。
接下来可能有用
- 化学名转 SMILES — 名称 → SMILES
- PDBQT 转换器 — 结构 → PDBQT
- PDB 搜索 — 蛋白 → PDB ID
- 打开
结构 → PDBQT
SMILES / SDF / PDB → PDBQT 转换器
在浏览器中用 Open Babel 将 SMILES、SDF 或 PDB 转换为 AutoDock Vina PDBQT — 无需 MGLTools。
接下来可能有用
- 化学名转 SMILES — 名称 → SMILES
- PDB 清理 — PDB → 清理受体
- 网格盒 — 配体 → 盒中心
准备对接？ 打开 AutoDock Vina 表单.