ドッキング前処理のツール

• タンパク質 → PDB ID

  タンパク質名で PDB 検索

  タンパク質名（EGFR、ACE2、HER2）から高分解能 PDB ID を見つけ、ワンクリックでドッキング。

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  次に役立つツール

  • 化学名→SMILES — 名称 → SMILES
  • PDB クリーナー — PDB → クリーン受容体
  • PDBQT コンバーター — 構造 → PDBQT

• 名称 → SMILES

  化学名から SMILES

  PubChem 経由で薬物名または IUPAC 名を Canonical SMILES に変換 — AutoDock Vina 対応。

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  次に役立つツール

  • SMILES 変換 — SMILES ↔ 構造
  • 五則 — SMILES → 薬物様性
  • PDBQT コンバーター — 構造 → PDBQT

• SMILES ↔ 構造

  SMILES 変換

  ブラウザで SMILES を SDF または MOL に、SDF・MOL・PDB を SMILES に変換。化合物名の検索も同じページです。

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  次に役立つツール

  • 化学名→SMILES — 名称 → SMILES
  • PDBQT コンバーター — 構造 → PDBQT
  • 五則 — SMILES → 薬物様性

• PDB → クリーン受容体

  PDB クリーナー — 水分子とヘテロ原子を除去

  ブラウザで PDB から HOH 水分子と任意の HETATM レコードを除去 — ドッキング準備済み受容体前処理。

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  次に役立つツール

  • PDB 検索 — タンパク質 → PDB ID
  • PDBQT コンバーター — 構造 → PDBQT
  • グリッドボックス — リガンド → ボックス中心

• リガンド → ボックス中心

  AutoDock Vina グリッドボックス計算

  参照リガンド PDB/SDF をアップロードし、Vina 検索ボックスの Center X/Y/Z と Size を計算 — config.txt をワンクリックでコピー。

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  次に役立つツール

  • PDBQT コンバーター — 構造 → PDBQT
  • PDB クリーナー — PDB → クリーン受容体
  • 化学名→SMILES — 名称 → SMILES

• SMILES → 薬物様性

  Lipinski 五則と薬物様性チェック

  SMILES を貼り付け、ブラウザ内 RDKit.js で MW、LogP、HBD、HBA を計算 — ドッキング前に Lipinski 合格/不合格。

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  次に役立つツール

  • 化学名→SMILES — 名称 → SMILES
  • PDBQT コンバーター — 構造 → PDBQT
  • PDB 検索 — タンパク質 → PDB ID

• 構造 → PDBQT

  SMILES / SDF / PDB → PDBQT コンバーター

  Open Babel でブラウザ内 SMILES、SDF、PDB を AutoDock Vina PDBQT に変換 — MGLTools 不要。

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  次に役立つツール

  • 化学名→SMILES — 名称 → SMILES
  • PDB クリーナー — PDB → クリーン受容体
  • グリッドボックス — リガンド → ボックス中心

実例：SARS-CoV-2 Mpro をドッキング（PDB 6LU7）

ドッキングの準備はできましたか？ AutoDock Vina フォームを開く.