ブラウザ内の無料変換 · Dock ツール
SMILES 変換
SMILES を SDF または MOL に、構造ファイルを SMILES に、化合物名を SMILES 行に。そのあとドッキングできます。
構造ファイルをドロップ
.sdf / .mol / .pdb / .smi — 変換はブラウザ内
初回だけ Open Babel をダウンロードします。その後はこの端末で変換します。
結果
結果はここに表示されます。SDF と MOL は同時にダウンロードされます。
SMILES の変換方法
SMILES は分子を一行で書いたテキストです。SDF と MOL は、描画ソフトやドッキング前処理が求める構造ファイルです。このページはブラウザ内で形式を変換し、SMILES が無いときは化合物名を PubChem で検索できます。
- 1
方向を選ぶ
SMILES → SDF または MOL は 3D 構造ファイルを作ります（pH 7.4 で水素付加）。SDF / MOL / PDB → SMILES はファイルを一行に戻します。化合物名は PubChem です。
- 2
貼り付けまたはアップロード
小さいリガンド群は 1 行 1 SMILES で足ります。ファイルは SDF、MOL、PDB をドロップします。
- 3
ダウンロードするか、ドッキングする
SMILES をコピーし、構造ファイルを保存し、または Dock の AutoDock Vina に渡します。ローカル Vina 用の PDBQT は別のコンバーターです。
分子を試す
フォームに入ります。保存はされません。
| 化合物 | 典型的な用途 | 得られるもの |
|---|---|---|
| 小さい薬、最初の確認向き | SMILES ↔ コンパクトな SDF | |
| 授業で使う NSAID | 柔軟な鎖、リガンドサイズ | |
| 剛直な複素環 | 短い SMILES、きれいな 3D | |
| 天然物フラボノイド | 学生課題でよく使うリガンド |
どのコンバーターを使うか
「SMILES 変換」ならこのページです。SMILES から SDF / MOL が欲しい、または構造ファイルから SMILES 行が欲しいときに使います。化合物名から SMILES は同じ PubChem 検索です。
ここで得た SMILES または SDF は AutoDock Vina のフォームに入れられます。PDBQT ではありません。ローカルのコマンドラインには PDBQT コンバーター を使い、ファイルが不要なら オンラインでドッキング します。
SMILES 変換の質問
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