Konversi gratis di browser · Alat Dock
Konverter SMILES
SMILES ke SDF atau MOL, berkas struktur kembali ke SMILES, atau nama kimia menjadi satu baris SMILES.
Letakkan berkas struktur
.sdf / .mol / .pdb / .smi — konversi tetap di browser
Jalankan pertama mengunduh Open Babel. Setelah itu konversi tetap di perangkat ini.
Hasil
Hasil muncul di sini. SDF dan MOL juga terunduh.
Cara mengonversi SMILES
SMILES adalah satu baris teks molekul. SDF dan MOL adalah berkas struktur yang diminta sebagian besar alat gambar dan persiapan docking. Halaman ini mengonversi format itu di browser, dan bisa mencari nama di PubChem.
- 1
Pilih arah
SMILES → SDF atau MOL membuat berkas 3D (hidrogen pada pH 7.4). SDF / MOL / PDB → SMILES mengembalikan satu baris. Nama kimia memakai PubChem.
- 2
Tempel atau unggah
Satu SMILES per baris cukup untuk sejumlah kecil ligan. Untuk berkas, letakkan SDF, MOL, atau PDB.
- 3
Unduh, atau docking
Salin SMILES, unduh struktur, atau kirim ke AutoDock Vina di Dock. PDBQT untuk Vina lokal ada di konverter lain.
Coba satu molekul
Ini mengisi formulir. Tidak disimpan.
| Senyawa | Pemakaian umum | Yang Anda dapat |
|---|---|---|
| Obat kecil, uji pertama | SMILES ↔ SDF ringkas | |
| NSAID tugas kuliah | Rantai fleksibel, ukuran ligan | |
| Heterosiklik kaku | SMILES pendek, 3D bersih | |
| Flavonoid produk alami | Ligan yang sering dipakai mahasiswa |
Konverter mana yang dipakai
Pakai halaman ini untuk “konverter SMILES”: Anda punya SMILES dan butuh SDF atau MOL, atau punya berkas dan butuh baris SMILES. Nama kimia ke SMILES adalah kueri PubChem yang sama.
SMILES atau SDF dari sini masuk ke formulir AutoDock Vina. Itu bukan PDBQT. Untuk baris perintah lokal pakai konverter PDBQT, atau docking online.
Pertanyaan konversi SMILES
Alat docking terkait
- Cari PDB berdasarkan nama protein
Temukan PDB ID resolusi tinggi dari nama protein (EGFR, ACE2, HER2) dan docking dengan satu klik.
- Nama kimia ke SMILES
Konversi nama obat atau IUPAC ke Canonical SMILES via PubChem — siap untuk AutoDock Vina.
- Pembersih PDB — hapus air & heteroatom
Hapus air HOH dan catatan HETATM opsional dari PDB di browser — prep reseptor siap docking.
- Kalkulator kotak grid AutoDock Vina
Unggah ligand referensi PDB/SDF untuk hitung Center X/Y/Z dan Size kotak pencarian Vina — salin config.txt dengan satu klik.
- Dock SMILES ini dengan AutoDock Vina
PDB ID plus SMILES ini. Tanpa memasang Vina atau Open Babel.
- Semua alat prep docking gratis
Jelajahi hub alat lengkap — pencari PDB, nama ke SMILES, pembersih PDB, kotak grid, aturan 5, PDBQT.