Pencarian gratis PubChem · Alat Dock
Konverter nama kimia ke SMILES
Hasilkan Canonical SMILES dan struktur 2D secara instan dari obat, produk alami, atau nama IUPAC — siap untuk docking molekuler.
Gunakan nama obat bahasa Inggris atau nama IUPAC (mis. Aspirin). PubChem tidak mendukung nama Cina atau alfabet non-Latin lainnya.
Hasil pencarian akan muncul di sini — SMILES, struktur 2D, dan tautan dock sekali klik.
Cara mengonversi nama kimia ke SMILES
Anda tidak perlu ChemDraw, Open Babel, atau PubChem lokal. Konverter gratis ini memanggil API PubChem PUG REST di browser dan mengembalikan string SMILES siap docking dalam hitungan detik.
- 1
Masukkan nama atau sinonim
Gunakan nama obat umum (Aspirin), INN, sinonim dagang, atau IUPAC lengkap. Jika percobaan pertama gagal, prioritaskan sinonim yang paling umum.
- 2
Dapatkan Canonical SMILES + struktur 2D
Kami menyelesaikan nama di PubChem, menampilkan gambar 2D, dan Canonical SMILES (konektivitas) yang bisa disalin untuk notebook, skrip, atau input AutoDock Vina.
- 3
Dock online sekali klik
Klik Dock dengan ligand ini untuk membuka formulir AutoDock Vina dengan SMILES terisi. Padukan dengan PDB ID (atau gunakan pencari PDB berdasarkan nama protein) dan jalankan docking di browser.
Senyawa populer yang mahasiswa konversi ke SMILES
Tugas kuliah dan virtual screening awal sering dimulai dari molekul familiar. Klik nama untuk SMILES PubChem langsung, lalu dock ke PDB target Anda.
| Senyawa | Penggunaan umum | Catatan |
|---|---|---|
| NSAID / ligand pengajaran | CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O | |
| Asam karboksilat drug-like | CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1 | |
| Flavonoid produk alami | Scaffold polifenol (cari langsung) | |
| Inhibitor kinase klasik | Ligand onkologi oral lebih besar | |
| Analog nukleotida | Antiviral / contoh era COVID | |
| Scaffold steroid | Ligand cincin fusi kaku |
Mengapa mengonversi nama kimia ke SMILES untuk docking?
Makalah dan manual lab menamai ligand dalam bahasa Inggris (“quercetin”, “remdesivir”), tetapi mesin docking membutuhkan struktur yang dapat dibaca mesin. SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) mengodekan atom dan ikatan dalam satu baris — tanpa unggah SDF untuk satu senyawa. Pipeline AutoDock Vina online biasanya membangun 3D, memprotonasi pada pH tertentu, lalu menulis PDBQT ligand.
Mencari PubChem berdasarkan nama adalah cara tercepat mendapatkan Canonical SMILES terpercaya tanpa ChemDraw. Halaman ini untuk kueri ekor panjang: Anda tahu senyawanya, butuh string, dan ingin dock — tanpa memasang RDKit atau Open Babel lokal.
Setelah konversi, padukan ligand dengan PDB ID reseptor. Jika hanya tahu nama protein (EGFR, ACE2, CDK2), gunakan alat pencarian PDB berdasarkan nama protein kami, lalu jalankan docking di beranda Dock.
FAQ nama ke SMILES
Jawaban singkat untuk mahasiswa yang mengonversi nama obat, IUPAC, dan sinonim menjadi SMILES siap docking.
SMILES adalah notasi ringkas struktur molekul. Atom dan ikatan ditulis sebagai karakter — misalnya aspirin sering CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O. Cincin, cabang, muatan, dan stereokimia muat dalam satu baris yang dapat di-parse database dan alat docking.
Alat docking terkait
- Cari PDB berdasarkan nama protein
Temukan PDB ID resolusi tinggi dari nama protein (EGFR, ACE2, HER2) dan docking dengan satu klik.
- Pembersih PDB — hapus air & heteroatom
Hapus air HOH dan catatan HETATM opsional dari PDB di browser — prep reseptor siap docking.
- Kalkulator kotak grid AutoDock Vina
Unggah ligand referensi PDB/SDF untuk hitung Center X/Y/Z dan Size kotak pencarian Vina — salin config.txt dengan satu klik.
- Aturan Lipinski & pemeriksa drug-likeness
Tempel SMILES untuk hitung MW, LogP, HBD, dan HBA dengan RDKit.js di browser — filter Lipinski lulus/gagal sebelum docking.
- Konverter SMILES / SDF / PDB → PDBQT
PDB ke PDBQT online gratis (juga SDF/SMILES) dengan Open Babel — tanpa MGLTools. Unduh file siap Vina atau lanjut docking cloud.
- Docking AutoDock Vina online
Tempel PDB ID + SMILES, tinjau kotak binding, dan jalankan docking dengan laporan unduhan.
- Semua alat prep docking gratis
Jelajahi hub alat lengkap — pencari PDB, nama ke SMILES, pembersih PDB, kotak grid, aturan 5, PDBQT.