Pencarian gratis RCSB + AlphaFold · Alat Dock
Cari PDB berdasarkan nama protein
Temukan PDB ID resolusi tinggi dari nama protein dan docking dengan satu klik — atau gunakan AlphaFold jika tidak ada kristal.
Hasil pencarian akan muncul di sini — diurutkan untuk persiapan docking molekuler.
Cara menemukan PDB ID berdasarkan nama protein
Anda tidak perlu menghafal kode empat karakter atau menelusuri UI pencarian lanjutan RCSB penuh. Pencari PDB ID gratis ini memanggil API RCSB Search di browser, mengurutkan resolusi, dan menaut langsung ke docking online.
- 1
Ketik nama atau singkatan protein
Gunakan nama gen/protein yang mahasiswa cari — EGFR, ACE2, HER2, CDK2, Spike protein, Mpro. Utamakan singkatan umum jika nama sistematik penuh memberi hit berisik.
- 2
Filter berdasarkan spesies (opsional)
Default Homo sapiens (Manusia). Beralih ke Mus musculus (Tikus) untuk konstruk murin, atau Semua jika organisme tidak diketahui. Filter spesies mengurangi unduhan ortolog salah sebelum docking.
- 3
Pilih hit resolusi tinggi dan dock
Hasil diurutkan dengan Å lebih kecil (detail eksperimental lebih baik) di atas. Buka halaman RCSB untuk konfirmasi holo/apo dan kelengkapan pocket, lalu klik Dock dengan PDB ini untuk prefilled AutoDock Vina di Dock.
Protein populer yang mahasiswa cari di PDB
Lab kuliah dan virtual screening awal hampir selalu mulai dari target bernama, bukan PDB ID acak. Klik protein untuk pencarian RCSB langsung yang diurutkan untuk persiapan docking.
| Protein | Penggunaan umum | Tips docking |
|---|---|---|
| Kinase / coursework onkologi | Utamakan entri holo domain kinase (~≤2.5 Å) | |
| Entri virus / lab era COVID | Periksa spesies manusia + pocket terikat ligand | |
| Reseptor tirosin kinase | Konfirmasi konstruk ekstraseluler vs kinase | |
| Tutorial docking siklus sel | Banyak co-kristal situs ATP | |
| Set pengajaran RBD SARS-CoV-2 | Filter kompleks human ACE2 bila relevan | |
| Protease utama (mis. linase 6LU7) | Reseptor PR Vina klasik |
Mengapa mencari PDB berdasarkan nama protein untuk docking molekuler?
Manual lab dan tugas menamai target dalam bahasa Inggris (“dock terhadap EGFR”, “gunakan human ACE2”), tetapi AutoDock Vina membutuhkan file koordinat reseptor konkret — biasanya PDB ID empat karakter dari RCSB Protein Data Bank. Mahasiswa kehilangan waktu menelusuri puluhan entri yang berbeda resolusi, organisme, batas domain, dan apakah ligand co-kristal mendefinisikan pocket.
Alat pencarian PDB online gratis ini dibangun untuk alur ekor panjang: Anda tahu nama protein, butuh struktur resolusi tinggi yang defensible, dan ingin dock — tanpa skrip lokal atau hafal ID seperti 6LU7. Kami kueri RCSB dari browser, utamakan entri dengan resolusi dilaporkan, urutkan Å lebih kecil dulu, dan tampilkan spesies agar hindari unduhan ortolog salah.
Setelah memilih ID, klik Dock dengan PDB ini untuk membuka beranda Dock dengan reseptor terisi. Padukan dengan SMILES ligand — konversi nama obat dengan konverter nama kimia ke SMILES kami — lalu jalankan AutoDock Vina online dengan laporan unduhan. Untuk teori pemilihan struktur (holo vs apo, loop hilang), lihat Apakah docking molekuler membutuhkan struktur kristal?.
Checklist pemilihan PDB untuk docking
Resolusi saja tidak cukup. Sebelum klik Dock, tinjau ringkasan RCSB dengan checklist ramah mahasiswa ini.
- Resolusi: utamakan ≤ ~2.5 Å bila tersedia (angka lebih kecil = detail lebih halus).
- Organisme: sesuaikan spesies yang ditentukan tugas (biasanya manusia).
- Holo vs apo: utamakan pocket terikat ligand untuk Vina reseptor kaku bila memungkinkan.
- Residu hilang: periksa backbone situs binding ada (tanpa loop besar tidak ter-resolve).
- Rantai / domain: konfirmasi domain kinase, protease, atau RBD yang dimaksud — bukan konstruk salah.
- Metode: X-ray dan cryo-EM kompetitif keduanya bisa; ensemble NMR perlu perhatian ekstra di coursework.
Bagaimana memilih PDB untuk docking molekuler?
Jawaban FAQ singkat untuk yang mencari “find PDB by protein name”, “PDB ID finder”, atau “best PDB for docking EGFR / ACE2”.
Utamakan struktur dengan resolusi numerik terendah (mis. 1.5 Å lebih baik dari 3.0 Å) — biasanya berarti data eksperimental lebih padat dan side-chain lebih jelas di dekat situs binding.
Bila memungkinkan, pilih holo (terikat ligand) spesies benar, periksa residu pocket (tanpa loop besar tidak ter-resolve), dan konfirmasi rantai yang akan di-dock. Lalu klik Dock dengan PDB ini.
Alat docking terkait
- Nama kimia ke SMILES
Konversi nama obat atau IUPAC ke Canonical SMILES via PubChem — siap untuk AutoDock Vina.
- Pembersih PDB — hapus air & heteroatom
Hapus air HOH dan catatan HETATM opsional dari PDB di browser — prep reseptor siap docking.
- Kalkulator kotak grid AutoDock Vina
Unggah ligand referensi PDB/SDF untuk hitung Center X/Y/Z dan Size kotak pencarian Vina — salin config.txt dengan satu klik.
- Aturan Lipinski & pemeriksa drug-likeness
Tempel SMILES untuk hitung MW, LogP, HBD, dan HBA dengan RDKit.js di browser — filter Lipinski lulus/gagal sebelum docking.
- Konverter SMILES / SDF / PDB → PDBQT
PDB ke PDBQT online gratis (juga SDF/SMILES) dengan Open Babel — tanpa MGLTools. Unduh file siap Vina atau lanjut docking cloud.
- Docking AutoDock Vina online
Tempel PDB ID + SMILES, tinjau kotak binding, dan jalankan docking dengan laporan unduhan.
- Docking molekuler langkah demi langkah
Walkthrough orientasi mahasiswa dari pemilihan struktur hingga interpretasi skor afinitas.
- Panduan struktur kristal (holo vs apo)
Kapan pemilihan PDB paling penting untuk docking reseptor kaku dan pemeriksaan redock.
- Semua alat prep docking gratis
Jelajahi hub alat lengkap — pencari PDB, nama ke SMILES, pembersih PDB, kotak grid, aturan 5, PDBQT.