Tra cứu miễn phí RCSB + AlphaFold · Công cụ Dock
Tìm PDB theo tên protein
Tìm PDB ID độ phân giải cao từ tên protein và docking một cú nhấp — hoặc dùng AlphaFold khi không có tinh thể.
Kết quả sẽ hiển thị tại đây — xếp hạng cho chuẩn bị docking phân tử.
Cách tìm PDB ID theo tên protein
Bạn không cần nhớ mã bốn ký tự hay đào sâu giao diện tìm kiếm nâng cao RCSB. Công cụ tìm PDB ID miễn phí này truy vấn RCSB Search API trên trình duyệt, sắp xếp độ phân giải và liên kết thẳng tới docking trực tuyến.
- 1
Nhập tên hoặc viết tắt protein
Dùng tên gen/protein sinh viên hay tìm — EGFR, ACE2, HER2, CDK2, Spike protein, Mpro. Ưu tiên viết tắt phổ biến nếu tên hệ thống đầy đủ cho kết quả nhiễu.
- 2
Lọc theo loài (tùy chọn)
Mặc định Homo sapiens (Người). Chuyển Mus musculus (Chuột) cho construct chuột, hoặc Tất cả khi loài không rõ. Lọc loài giảm tải ortholog sai trước docking.
- 3
Chọn hit độ phân giải cao và dock
Kết quả sắp xếp với Å thấp hơn (chi tiết thực nghiệm tốt hơn) lên trên. Mở trang RCSB xác nhận holo/apo và pocket đầy đủ, rồi nhấp Dock với PDB này để prefilled AutoDock Vina trên Dock.
Protein phổ biến sinh viên tìm trong PDB
Lab khóa học và sàng lọc ảo ban đầu hầu như luôn bắt đầu từ target có tên, không phải PDB ID ngẫu nhiên. Nhấp protein để chạy tìm RCSB trực tiếp xếp hạng cho chuẩn bị docking.
| Protein | Công dụng thường gặp | Mẹo docking |
|---|---|---|
| Kinase / bài tập ung thư học | Ưu tiên mục holo domain kinase (~≤2.5 Å) | |
| Xâm nhập virus / lab thời COVID | Kiểm tra loài người + pocket gắn ligand | |
| Thụ thể tyrosine kinase | Xác nhận construct ngoại bào vs kinase | |
| Hướng dẫn docking chu kỳ tế bào | Nhiều co-tinh thể vị trí ATP | |
| Bộ dạy RBD SARS-CoV-2 | Lọc complex human ACE2 khi liên quan | |
| Protease chính (vd. dòng 6LU7) | Thụ thể bài tập Vina kinh điển |
Vì sao tìm PDB theo tên protein cho docking phân tử?
Sổ tay lab và bài tập đặt tên target bằng tiếng Anh (“dock với EGFR”, “dùng human ACE2”), nhưng AutoDock Vina cần file tọa độ thụ thể cụ thể — thường là PDB ID bốn ký tự từ RCSB Protein Data Bank. Sinh viên mất thời gian duyệt hàng chục mục khác nhau về độ phân giải, loài, ranh giới domain và liệu ligand co-tinh thể có định nghĩa pocket.
Công cụ tìm PDB trực tuyến miễn phí này phục vụ quy trình đuôi dài: bạn biết tên protein, cần cấu trúc độ phân giải cao đáng tin, muốn dock — không cài script local hay nhớ ID như 6LU7. Chúng tôi truy vấn RCSB từ trình duyệt, ưu tiên mục có độ phân giải báo cáo, sắp xếp Å thấp trước và hiển thị loài để tránh tải ortholog sai.
Sau khi chọn ID, nhấp Dock với PDB này để mở trang chủ Dock với thụ thể điền sẵn. Ghép với SMILES ligand — chuyển tên thuốc bằng bộ chuyển tên hóa học sang SMILES — rồi chạy AutoDock Vina trực tuyến với báo cáo tải về. Lý thuyết chọn cấu trúc (holo vs apo, vòng thiếu) xem Docking phân tử có cần cấu trúc tinh thể?.
Checklist chọn PDB cho docking
Độ phân giải alone không đủ. Trước khi nhấp Dock, xem tóm tắt RCSB với checklist thân thiện sinh viên này.
- Độ phân giải: ưu tiên ≤ ~2.5 Å khi có (số thấp hơn = chi tiết tinh hơn).
- Sinh vật: khớp loài bài tập chỉ định (thường là người).
- Holo vs apo: ưu tiên pocket gắn ligand cho Vina thụ thể cứng khi có thể.
- Residue thiếu: kiểm tra backbone vị trí binding có mặt (không vòng lớn chưa resolve).
- Chain / domain: xác nhận domain kinase, protease hoặc RBD đúng — không construct sai.
- Phương pháp: X-ray và cryo-EM cạnh tranh đều được; ensemble NMR cần cẩn trọng thêm trong coursework.
Cách chọn PDB cho docking phân tử?
Câu trả lời FAQ ngắn cho ai tìm “find PDB by protein name”, “PDB ID finder” hoặc “best PDB for docking EGFR / ACE2”.
Ưu tiên cấu trúc có độ phân giải số thấp nhất (vd. 1.5 Å tốt hơn 3.0 Å) — thường nghĩa là dữ liệu thực nghiệm dày hơn và side-chain rõ hơn gần vị trí binding.
Khi có thể, chọn holo (gắn ligand) đúng loài, kiểm tra residue pocket (không có vòng lớn chưa resolve) và xác nhận chain sẽ dock. Rồi nhấp Dock với PDB này.
Công cụ docking liên quan
- Tên hóa học sang SMILES
Chuyển tên thuốc hoặc IUPAC thành Canonical SMILES qua PubChem — sẵn sàng cho AutoDock Vina.
- Làm sạch PDB — xóa nước & heteroatom
Loại bỏ nước HOH và bản ghi HETATM tùy chọn khỏi PDB trong trình duyệt — prep thụ thể sẵn sàng docking.
- Máy tính hộp lưới AutoDock Vina
Tải ligand tham chiếu PDB/SDF để tính Center X/Y/Z và Size cho hộp tìm kiếm Vina — sao chép config.txt một cú nhấp.
- Quy tắc Lipinski & kiểm tra drug-likeness
Dán SMILES để tính MW, LogP, HBD và HBA bằng RDKit.js trong trình duyệt — lọc Lipinski đạt/không đạt trước docking.
- Bộ chuyển đổi SMILES / SDF / PDB → PDBQT
PDB sang PDBQT online miễn phí (cả SDF/SMILES) với Open Babel — không MGLTools. Tải file sẵn Vina hoặc tiếp tục docking cloud.
- Docking AutoDock Vina trực tuyến
Dán PDB ID + SMILES, xem lại hộp binding và chạy docking với báo cáo tải về.
- Docking phân tử từng bước
Hướng dẫn hướng sinh viên từ chọn cấu trúc đến diễn giải điểm affinity.
- Hướng dẫn cấu trúc tinh thể (holo vs apo)
Khi nào chọn PDB quan trọng nhất cho docking thụ thể cứng và kiểm tra redock.
- Tất cả công cụ prep docking miễn phí
Duyệt hub công cụ đầy đủ — tìm PDB, tên sang SMILES, làm sạch PDB, hộp lưới, quy tắc 5, PDBQT.