Không cần MGLTools · Công cụ Dock
PDB sang PDBQT Online
Chuyển PDB, SDF hoặc SMILES sang PDBQT AutoDock Vina trong trình duyệt — bỏ qua crash MGLTools và cài conda.
Thả file phân tử vào đây
hoặc nhấp để duyệt · chuyển đổi cục bộ
Lần chạy đầu tải engine Open Babel một lần.
Kết quả chuyển đổi
Chuyển đổi thành công tự tải .pdbqt.
Cách chuyển PDB sang PDBQT online (cả SDF / SMILES)
Đang tìm PDB sang PDBQT online hoặc “không cần MGLTools”? AutoDock Vina cần PDBQT — tọa độ kèm điện tích phân (Q) và loại nguyên tử AutoDock (T). Bộ chuyển miễn phí này chạy Open Babel WebAssembly trong trình duyệt.
- 1
Elija formato de entrada (o Auto-detectar)
Seleccione SMILES, SDF, MOL, MOL2 o PDB — o deje Auto-detectar. Suba un archivo o pegue texto. Empareje nombres de fármacos con nuestra herramienta nombre a SMILES si solo tiene IUPAC o nombre comercial.
- 2
Convierta en el navegador con Open Babel
En el primer uso cargamos el motor Open Babel (~8 MB). Los SMILES obtienen embedding 3D; hidrógenos a pH 7.4; cargas Gasteiger y tipos AutoDock en PDBQT.
- 3
Descargue .pdbqt y acople
El archivo se descarga automáticamente para scripts Vina/Smina locales. O haga clic en ¡Formato listo! para Meeko + AutoDock Vina en línea en Dock.
¿Qué es PDBQT y por qué lo necesita AutoDock Vina?
PDBQT extiende la tabla PDB con carga parcial (Q) y tipo de átomo AutoDock (T).
Históricamente se instalaba MGLTools / AutoDockTools o se ejecutaba obabel. Esta página ofrece la misma intención en el navegador.
En trabajos en la nube de Dock puede omitir PDBQT manual: pegue PDB ID y SMILES y Meeko prepara server-side. Use este convertidor para archivos descargables.
Formatos moleculares soportados para conversión PDBQT
Elija la ruta según cómo almacena su estructura. Entradas tamaño ligando son el punto ideal para WASM en navegador.
SMILES → PDBQT
Pegue notación lineal (SMILES de PubChem o nuestra herramienta nombre a SMILES). Open Babel embede 3D, añade H a pH 7.4 y escribe tipos AutoDock.
SDF / MOL → PDBQT
Suba tabla de conexión MDL. SDF multi-molécula se concatena en un flujo PDBQT.
PDB → PDBQT
Use extractos PDB tamaño ligando. Receptores cristalinos completos pueden exceder memoria del navegador.
MOL2 → PDBQT
MOL2 Tripos aceptado para re-tipar átomos sin MGLTools.
Pruebe SMILES de ejemplo → PDBQT
Haga clic en un compuesto familiar para pegar SMILES y ejecutar el convertidor en vivo.
| Compuesto | Uso típico | Qué esperar |
|---|---|---|
| Ligando tutorial mínimo | PDBQT diminuto — buena primera prueba | |
| Ejemplo clásico oral | Orgánico pequeño con éster + ácido | |
| Ligando AINE de curso | Cadena lateral flexible → TORSDOF en Vina | |
| Demo heterociclo rígido | PDBQT anillo fusionado compacto |
Open Babel vs MGLTools vs Meeko para PDBQT
Los tres producen PDBQT, pero encajan en distintas etapas del flujo de acoplamiento.
| Herramienta | Mejor para | Cargas / tipado | Instalación |
|---|---|---|---|
| Este convertidor (Open Babel WASM) | Ligando SDF/SMILES → PDBQT rápido en navegador | Gasteiger–Marsili | Ninguna (primera carga ~8 MB WASM) |
| MGLTools / AutoDockTools | Prep receptor legacy, cadenas flexibles, GUI ADT | Gasteiger (ADT) / personalizado | Stack Python de escritorio |
| Meeko (nube Dock) | Prep producción Vina con TORSDOF | Meeko / tipado AutoDock | Ninguna en Dock — server-side |
| obabel CLI | Scripts por lotes en portátil o HPC | Gasteiger vía --partialcharge | conda / apt Open Babel |
Equivalente CLI: obabel input.sdf -O out.pdbqt -h --partialcharge gasteiger.
Tại sao chuyển sang PDBQT trước molecular docking?
Los motores de acoplamiento no ven un boceto ChemDraw como los humanos. Convertir a PDBQT añade protonación, cargas y tipado para que Vina evalúe términos de forma consistente.
Secuencia práctica en Dock: nombre químico → SMILES, filtro Lipinski Rule of 5, nombre proteína → PDB ID, limpiar aguas / HETATM, caja grid, luego este convertidor PDBQT o la página principal Dock.
Esta página cubre PDB a PDBQT online, convertidor SDF a PDBQT, SMILES a PDBQT gratis y preparar ligando para Vina sin MGLTools.
PDBQT ligando vs receptor — límites prácticos
Ligandos convierten bien en el navegador.
Receptores completos son más pesados; prefiera PDB Cleaner + Meeko en la nube de Dock.
Límites suaves: ~2.5 MB de texto y ~20 000 átomos.
FAQ bộ chuyển PDBQT
Respuestas breves para preparar ligandos AutoDock Vina desde SMILES, SDF o PDB sin MGLTools.
PDBQT es un archivo de coordenadas tipo PDB que también almacena cargas parciales (Q) y tipos de átomo AutoDock (T).
Công cụ docking liên quan
- Tìm PDB theo tên protein
Tìm PDB ID độ phân giải cao từ tên protein (EGFR, ACE2, HER2) và docking một cú nhấp.
- Tên hóa học sang SMILES
Chuyển tên thuốc hoặc IUPAC thành Canonical SMILES qua PubChem — sẵn sàng cho AutoDock Vina.
- Làm sạch PDB — xóa nước & heteroatom
Loại bỏ nước HOH và bản ghi HETATM tùy chọn khỏi PDB trong trình duyệt — prep thụ thể sẵn sàng docking.
- Máy tính hộp lưới AutoDock Vina
Tải ligand tham chiếu PDB/SDF để tính Center X/Y/Z và Size cho hộp tìm kiếm Vina — sao chép config.txt một cú nhấp.
- Quy tắc Lipinski & kiểm tra drug-likeness
Dán SMILES để tính MW, LogP, HBD và HBA bằng RDKit.js trong trình duyệt — lọc Lipinski đạt/không đạt trước docking.
- Docking AutoDock Vina trực tuyến
Dán PDB ID, thêm SMILES, chạy docking cloud với prep Meeko.
- Tất cả công cụ prep docking miễn phí
Duyệt hub công cụ đầy đủ — tìm PDB, tên sang SMILES, làm sạch PDB, hộp lưới, quy tắc 5, PDBQT.