RDKit.js trong trình duyệt · Công cụ Dock
Quy tắc Lipinski & kiểm tra drug-likeness
Dán SMILES để tính MW, LogP, HBD và HBA — đạt/không đạt Lipinski trước khi dùng Credits docking.
Kết quả hiển thị ở đây sau khi bạn gửi SMILES hợp lệ.
Cách kiểm tra Lipinski Rule of 5 trực tuyến
Rule of 5 của Christopher Lipinski là bộ lọc drug-likeness oral nhanh trong hóa dược và virtual screening. Máy tính miễn phí này chạy RDKit.js (WebAssembly) trên trình duyệt — không cần ChemDraw desktop, đăng nhập SwissADME hay cài RDKit cục bộ.
- 1
Dán chuỗi SMILES
Dùng SMILES canonical hoặc hợp lệ từ PubChem, ChemDraw hoặc công cụ tên sang SMILES của chúng tôi. Vòng, nhánh và điện tích được hỗ trợ khi RDKit parse được đồ thị.
- 2
RDKit.js tính MW, LogP, HBD, HBA
Khối lượng phân tử trung bình, LogP Crippen, donor và acceptor Lipinski được tính cục bộ qua WASM — không tải lên cho bước kiểm tra này.
- 3
So sánh với giới hạn Rule of 5 cổ điển
Đạt khi MW ≤ 500, LogP ≤ 5, HBD ≤ 5 và HBA ≤ 10. Xem từng dấu tick xanh hoặc X đỏ, rồi dock ligand triển vọng với AutoDock Vina trên Dock.
Bốn tiêu chí Lipinski Rule of 5
Mỗi quy tắc là bội của năm — hence the name. Dùng làm bộ lọc sàng lọc, không phải chân lý ADMET tuyệt đối.
Khối lượng phân tử ≤ 500 Da
Phân tử lớn thường hấp thu ruột kém hơn. Công cụ dùng AMW trung bình RDKit từ đồ thị SMILES.
LogP ≤ 5
Hệ số octanol-nước xấp xỉ lipophilicity. Chúng tôi báo cáo LogP Crippen từ RDKit — ước lượng 2D nhanh.
Donor liên kết H ≤ 5
Donor Lipinski cổ điển đếm nhóm OH và NH (lipinskiHBD). Quá nhiều donor có thể cản trở thấm màng.
Acceptor liên kết H ≤ 10
Acceptor cổ điển đếm nguyên tử N và O (lipinskiHBA). Khác một số định nghĩa HBA hiện đại.
Phân tử mẫu để thử drug-likeness
Bài tập và màn hình ảo sớm thường bắt đầu từ thuốc quen thuộc. Nhấp tên để chạy kiểm tra Rule of 5 RDKit trực tiếp.
| Hợp chất | Công dụng điển hình | Kỳ vọng |
|---|---|---|
| Ligand dạy NSAID | Thường đạt cả bốn | |
| Axit carboxylic drug-like | Đạt oral Ro5 cổ điển | |
| Khung xanthine nhỏ | Đạt MW/LogP thấp | |
| Flavonoid polyphenol | Trường hợp biên HBD/LogP | |
| Ức chế kinase cổ điển | Ligand ung thư oral lớn hơn | |
| Statin / axit lipophilic | Hữu ích thảo luận vi phạm |
Tại sao kiểm tra Rule of 5 trước molecular docking?
AutoDock Vina và công cụ liên quan chấm điểm hầu hết mọi ligand parse được — kể cả hợp chất khó là thuốc oral. Chạy máy tính Lipinski Rule of 5 trước giúp ưu tiên SMILES drug-like.
Trang này nhắm ý định tìm kiếm "rule of five calculator", "Lipinski drug-likeness checker" và "SMILES MW LogP HBD HBA online". Khác bảng tính, RDKit.js áp dụng định nghĩa LogP Crippen và donor/acceptor Lipinski nhất quán.
Sau khi đạt (hoặc chấp nhận vi phạm), chuyển tên thuốc bằng công cụ tên hóa học sang SMILES, tìm receptor với tìm PDB theo tên protein, làm sạch nước bằng trình dọn PDB, đặt hộp bằng máy tính grid box, rồi dock trên trang chủ Dock.
Rule of 5 vs Veber, QED và ADMET thự nghiệm
Bộ lọc Lipinski là heuristic tính toán từ tập thuốc oral thời Pfizer. Đạt Rule of 5 không chứng minh sinh khả dụng oral — và không đạt không chứng minh vô dụng.
Coi công cụ này là bước phân loại trước docking và thảo luận SAR. Trong báo cáo lab, nêu rõ descriptor là ước lượng RDKit, không phải kết quả SwissADME hay assay đo.
FAQ Lipinski Rule of 5
Câu trả lời ngắn đánh giá drug-likeness oral từ SMILES trước docking AutoDock Vina.
Bộ lọc heuristic cho phân tử nhỏ oral: khối lượng ≤ 500, LogP ≤ 5, ≤ 5 donor H và ≤ 10 acceptor H. Heuristic tính toán, không đảm bảo sinh khả dụng.
Công cụ docking liên quan
- Tìm PDB theo tên protein
Tìm PDB ID độ phân giải cao từ tên protein (EGFR, ACE2, HER2) và docking một cú nhấp.
- Tên hóa học sang SMILES
Chuyển tên thuốc hoặc IUPAC thành Canonical SMILES qua PubChem — sẵn sàng cho AutoDock Vina.
- Làm sạch PDB — xóa nước & heteroatom
Loại bỏ nước HOH và bản ghi HETATM tùy chọn khỏi PDB trong trình duyệt — prep thụ thể sẵn sàng docking.
- Máy tính hộp lưới AutoDock Vina
Tải ligand tham chiếu PDB/SDF để tính Center X/Y/Z và Size cho hộp tìm kiếm Vina — sao chép config.txt một cú nhấp.
- Bộ chuyển đổi SMILES / SDF / PDB → PDBQT
PDB sang PDBQT online miễn phí (cả SDF/SMILES) với Open Babel — không MGLTools. Tải file sẵn Vina hoặc tiếp tục docking cloud.
- Docking AutoDock Vina trực tuyến
Điền SMILES, chọn receptor và chạy docking với báo cáo tải xuống.
- Tất cả công cụ prep docking miễn phí
Duyệt hub công cụ đầy đủ — tìm PDB, tên sang SMILES, làm sạch PDB, hộp lưới, quy tắc 5, PDBQT.