RDKit.js di browser · Alat Dock
Aturan Lipinski & pemeriksa drug-likeness
Tempel SMILES untuk hitung MW, LogP, HBD, dan HBA — lulus/gagal Lipinski sebelum menghabiskan Credits docking.
Hasil muncul di sini setelah Anda mengirim SMILES yang valid.
Cara memeriksa Lipinski Rule of 5 online
Rule of 5 Christopher Lipinski adalah filter drug-likeness oral cepat dalam kimia medisinal dan virtual screening. Kalkulator gratis ini menjalankan RDKit.js (WebAssembly) di browser — tanpa ChemDraw desktop, login SwissADME, atau instal RDKit lokal.
- 1
Tempel string SMILES
Gunakan SMILES kanonik atau valid dari PubChem, ChemDraw, atau konverter nama ke SMILES kami. Cincin, cabang, dan muatan didukung jika RDKit dapat parse graf.
- 2
RDKit.js hitung MW, LogP, HBD, HBA
Berat molekul rata-rata, LogP Crippen, donor dan akseptor Lipinski dihitung lokal via WASM — tidak ada unggahan untuk pemeriksaan ini.
- 3
Bandingkan dengan batas Rule of 5 klasik
Lulus jika MW ≤ 500, LogP ≤ 5, HBD ≤ 5, dan HBA ≤ 10. Tinjau setiap centang hijau atau silang merah, lalu dock ligand menjanjikan dengan AutoDock Vina di Dock.
Empat kriteria Lipinski Rule of 5
Setiap aturan kelipatan lima — hence the name. Gunakan sebagai filter skrining, bukan kebenaran ADMET mutlak.
Berat molekul ≤ 500 Da
Molekul lebih besar sering menunjukkan absorpsi intestinal lebih buruk. Pemeriksa ini menggunakan AMW rata-rata RDKit dari graf SMILES.
LogP ≤ 5
Koefisien oktanol-air memproxikan lipofilisitas. Kami melaporkan LogP Crippen dari RDKit — estimasi 2D cepat.
Donor ikatan H ≤ 5
Donor Lipinski klasik menghitung gugus OH dan NH (lipinskiHBD). Terlalu banyak donor dapat menghambat permeasi membran.
Akseptor ikatan H ≤ 10
Akseptor klasik menghitung atom N dan O (lipinskiHBA). Berbeda dari beberapa definisi HBA modern.
Molekul contoh untuk uji drug-likeness
Tugas kuliah dan skrining awal sering mulai dari obat familiar. Klik nama untuk menjalankan pemeriksaan Rule of 5 RDKit langsung.
| Senyawa | Penggunaan tipikal | Yang diharapkan |
|---|---|---|
| Ligand pengajaran NSAID | Biasanya lulus keempatnya | |
| Asam karboksilat drug-like | Lulus oral Ro5 klasik | |
| Scaffold xantin kecil | Lulus MW/LogP rendah | |
| Flavonoid polifenol | Kasus tepi HBD/LogP | |
| Inhibitor kinase klasik | Ligand onkologi oral lebih besar | |
| Statin / asam lipofilik | Berguna diskusi pelanggaran |
Mengapa periksa Rule of 5 sebelum molecular docking?
AutoDock Vina dan alat terkait akan menilai hampir semua ligand yang dapat di-parse — bahkan senyawa yang kecil kemungkinannya obat oral. Menjalankan kalkulator Lipinski Rule of 5 terlebih dahulu membantu memprioritaskan SMILES drug-like.
Halaman ini menargetkan pencarian "rule of five calculator", "Lipinski drug-likeness checker", dan "SMILES MW LogP HBD HBA online". Berbeda dari spreadsheet, RDKit.js menerapkan definisi LogP Crippen dan donor/akseptor Lipinski yang konsisten.
Setelah lulus (atau sengaja menerima pelanggaran), konversi nama obat dengan alat nama kimia ke SMILES kami, temukan reseptor dengan pencarian PDB berdasarkan nama protein, bersihkan air dengan pembersih PDB, atur kotak dengan kalkulator grid box, lalu jalankan docking di beranda Dock.
Rule of 5 vs Veber, QED, dan ADMET eksperimental
Filter Lipinski adalah heuristik komputasi dari set obat oral era Pfizer. Lulus Rule of 5 tidak membuktikan biodisponibilitas oral — dan gagal tidak membuktikan senyawa tidak berguna.
Anggap pemeriksa ini sebagai triase sebelum docking dan diskusi SAR. Dalam laporan lab, nyatakan jelas deskriptor adalah estimasi RDKit, bukan hasil SwissADME atau assay terukur.
FAQ Lipinski Rule of 5
Jawaban singkat untuk mengevaluasi drug-likeness oral dari SMILES sebelum docking AutoDock Vina.
Filter aturan untuk molekul kecil oral: berat molekul ≤ 500, LogP ≤ 5, ≤ 5 donor H, dan ≤ 10 akseptor H. Heuristik komputasi, bukan jaminan biodisponibilitas.
Alat docking terkait
- Cari PDB berdasarkan nama protein
Temukan PDB ID resolusi tinggi dari nama protein (EGFR, ACE2, HER2) dan docking dengan satu klik.
- Nama kimia ke SMILES
Konversi nama obat atau IUPAC ke Canonical SMILES via PubChem — siap untuk AutoDock Vina.
- Pembersih PDB — hapus air & heteroatom
Hapus air HOH dan catatan HETATM opsional dari PDB di browser — prep reseptor siap docking.
- Kalkulator kotak grid AutoDock Vina
Unggah ligand referensi PDB/SDF untuk hitung Center X/Y/Z dan Size kotak pencarian Vina — salin config.txt dengan satu klik.
- Konverter SMILES / SDF / PDB → PDBQT
PDB ke PDBQT online gratis (juga SDF/SMILES) dengan Open Babel — tanpa MGLTools. Unduh file siap Vina atau lanjut docking cloud.
- Docking AutoDock Vina online
Isi SMILES, pilih reseptor, dan jalankan docking dengan laporan unduhan.
- Semua alat prep docking gratis
Jelajahi hub alat lengkap — pencari PDB, nama ke SMILES, pembersih PDB, kotak grid, aturan 5, PDBQT.