AutoDock Vina Online Gratis — Docking Molekuler Tanpa Instalasi

Bagaimana Dock menangani protonasi ligand, penambahan hidrogen, dan muatan parsial?

Ligand diionisasi dengan dimorphite-DL pada pH protonasi pekerjaan (default 7,4; dapat disesuaikan 4,0–10,0). Hidrogen eksplisit ditambahkan selama embedding 3D RDKit (ETKDGv3, retry multi-seed), diikuti minimisasi MMFF94 (fallback UFF). Meeko MoleculePreparation kemudian menetapkan tipe atom AutoDock dan muatan parsial saat menulis ligand PDBQT. SMILES terprotonasi, pH, optimizer, dan peringatan prep dicatat dalam run_manifest.json dan diulang di bagian Methods PDF Anda.

Baca: Persiapan reseptor dan ligand

Apakah ligand dengan banyak ikatan rotatable didukung?

Ya, dalam batas yang sesuai untuk docking reseptor kaku AutoDock Vina. Meeko menandai setiap ikatan rotatable non-terminal dalam ligand PDBQT (dilaporkan sebagai TORSDOF). Review setup memperingatkan di atas 12 ikatan rotatable atau TORSDOF dan menolak di atas 20. Ligand sangat fleksibel mungkin lambat atau menghasilkan sampling konformasi tidak lengkap — pertimbangkan analog yang lebih kaku atau metode induced-fit di platform lain. Berat molekul dibatasi 900 Da (peringatan di atas 600 Da).

Apa pipeline docking end-to-end Anda?

Reseptor: unduh RCSB PDB (ID PDB 4 karakter, mis. 6LU7) atau upload pengguna → pembersihan Biopython (air dan ligand kristal ko dihapus; preservasi HETATM ZN/MG opsional) → reseptor kaku Meeko Polymer PDBQT. Ligand: SMILES atau SDF → protonasi dimorphite-DL → konformer 3D RDKit → ligand Meeko PDBQT. Docking: AutoDock Vina (exhaustiveness 8, sembilan mode, energy range 3 kcal/mol) dengan tiga pose teratas diekspor per ligand. Pasca-pemrosesan: interaksi protein–ligand PLIP, QC pose PoseBusters, dan ringkasan Lipinski/Veber/QED RDKit.

Baca: Tutorial docking langkah demi langkah

Apakah reseptor fleksibel, atau hanya ligand?

Hanya docking reseptor kaku: rantai sisi protein tetap setelah persiapan reseptor Meeko. Fleksibilitas ligand mengikuti root ikatan rotatable Meeko (TORSDOF dalam PDBQT). Docking induced-fit, rantai sisi fleksibel, docking kovalen, dan alur kerja protein membran tidak didukung dalam pipeline ini.

Bagaimana kotak pencarian AutoDock Vina didefinisikan?

Di Review setup Anda memilih salah satu dari empat sumber kotak: (1) centroid ligand kristal ko (struktur holo), (2) prediksi kantong apo (pocketeer — tiga kantong teratas dapat dipilih), (3) anchor residu kantong (mis. 214,226,245), atau (4) pusat XYZ kustom. Dimensi kotak default 20 × 20 × 20 Å. Pratinjau 3D menampilkan reseptor dan kotak sebelum Kredit dihabiskan. Prediksi kantong apo mencakup disclaimer eksplisit untuk dibandingkan dengan literatur atau struktur kristal ko.

Apa yang divalidasi Review setup (0 kredit) sebelum docking?

Review setup mem-parse atau mengunduh reseptor, menyelesaikan kotak ikatan, dan menjalankan precheck ligand (validitas SMILES, berat molekul, jumlah ikatan rotatable, Meeko TORSDOF) dengan pratinjau kotak 3D — tanpa menagih Kredit. Ligand PDBQT yang dihasilkan di sini digunakan ulang saat docking (protonasi dikunci dari langkah validasi). Perbaiki error yang ditampilkan, lalu Run docking menagih Kredit hanya saat submit.

Pengaturan AutoDock Vina apa yang tetap? Bisakah mengubah exhaustiveness?

Parameter Vina tetap untuk reproduksibilitas: exhaustiveness = 8, num_modes = 9, energy_range = 3 kcal/mol, fungsi skor vina. Tiga pose skor terendah per ligand diekspor sebagai SDF dan file PDB kompleks protein–ligand. Exhaustiveness kustom, rescoring Smina, atau GNINA tidak tersedia — string versi dan semua pengaturan dicatat dalam run_manifest.json untuk paragraf Methods Anda.

Bagaimana pemeriksaan sanity redock kristal ko bekerja?

Saat ligand kristal ko ada dalam PDB yang diupload, Dock dapat redock dan melaporkan RMSD atom berat terhadap pose kristal. Pekerjaan ligand tunggal mengaktifkan ini secara default; pekerjaan batch menonaktifkan secara default (aktifkan di Advanced). RMSD besar menandai kotak ikatan salah, pemilihan chain salah, atau ketidakcocokan protonasi sebelum Anda men-screen analog.

Apakah docking molekuler memerlukan struktur protein terkristal?

Tidak selalu. Struktur kristal holo (protein dengan ligand kristal ko) terbaik untuk mendefinisikan situs ikatan dan pemeriksaan redock. Untuk banyak proyek discovery, struktur apo plus kantong dari literatur atau prediksi dapat diterima jika Anda menyatakan asumsi dengan jelas.

Baca: Apakah docking memerlukan struktur kristal?

Apa itu docking molekuler?

Docking molekuler memprediksi bagaimana molekul kecil terikat di situs ikatan protein, menghasilkan pose dan skor (misalnya afinitas Vina dalam kcal/mol). Mendukung generasi hipotesis komputasi — bukan bukti eksperimental ikatan.

Baca: Tutorial docking langkah demi langkah

Bagaimana docking molekuler bekerja?

Grid pencarian ditempatkan di situs ikatan; konformasi ligand disampling dan diskor oleh algoritma pencarian. AutoDock Vina menggunakan docking reseptor kaku (protein tetap, torsi ligand fleksibel). Dock menyiapkan file PDBQT reseptor dan ligand dengan Meeko dan mencatat pengaturan Vina, koordinat kotak, dan pH protonasi dalam run_manifest.json dan laporan PDF Anda.

Baca: Cara kerja docking (tutorial)

Perangkat lunak docking molekuler terbaik untuk penelitian?

AutoDock Vina tetap standar industri untuk docking reseptor kaku (cepat, banyak sitasi). Dock menjalankan Vina online sehingga Anda menghindari instalasi lokal. Alternatif seperti GNINA atau DiffDock menambah skor ML tetapi berbeda dalam setup dan reproduksibilitas — untuk sebagian besar alur kerja SAR dan screening, Vina plus teks Methods yang jelas adalah baseline yang diharapkan.

Baca: AutoDock Vina online vs alat lain

Bagaimana menjalankan docking molekuler online?

Masukkan ID PDB 4 karakter (atau upload reseptor .pdb), submit ligand SMILES atau SDF, jalankan Review setup (0 kredit), lalu klik Run docking. Anda menerima bundel results.zip dan laporan PDF dengan pose, interaksi PLIP, QC pose, dan gambar PyMOL opsional.

Baca: Tutorial docking langkah demi langkah

Apa isi file ZIP hasil?

results.zip adalah deliverable lengkap untuk kerja offline. Di root pekerjaan: result.json (ringkasan), run_manifest.json (Vina/kotak/pH untuk Methods), receptor_clean.pdb, dan redock_report.json jika berlaku. Untuk setiap ligand terdock: 3 pose teratas (SDF), kompleks protein–ligand (PDB), file ligand PDBQT, JSON ADMET dan interaksi, dan gambar PNG (diagram 2D, overview, ligand 2D; render situs ikatan PyMOL opsional). Laporan PDF mencerminkan tabel dan gambar utama untuk cetak tetapi tidak menggantikan struktur ZIP. Lihat bagian "Apa isi ZIP hasil?" di Fitur di halaman beranda.

Ligand tunggal vs batch: apakah laporannya sama? Di mana semua senyawa ditampilkan?

Pipeline sama per ligand yang berhasil — masing-masing mendapat pose, PDB kompleks, JSON ADMET, JSON interaksi, dan gambar PNG. Dalam results.zip, setiap senyawa terdock memiliki file sendiri (bukan hanya hit teratas). Di laporan web, tabel hasil mencantumkan semua ligand dengan skor dan QC; teks mode ikatan, gambar publikasi, detail ADMET, dan viewer 3D menampilkan satu ligand sekaligus — gunakan dropdown ligand di pekerjaan batch (default: afinitas terbaik). PDF mencantumkan semua ligand dalam tabel tetapi menyematkan gambar dan diskusi terutama untuk hit teratas. Draf manuskrip AI opsional juga fokus pada hit teratas. Pengecualian: jika gambar PyMOL diaktifkan pada pekerjaan batch, hanya hit teratas yang mendapat PNG PyMOL (semua deliverable per-ligand lain tetap berlaku). Redock kristal ko aktif default untuk ligand tunggal dan nonaktif default untuk screening batch.

Bagaimana Kredit dihitung untuk pekerjaan docking?

Run docking berbiaya 1 Kredit untuk 1–3 ligand, lalu 1 Kredit per 5 ligand dibulatkan ke atas (4–5 ligand = 1 Kredit, 6–10 = 2 Kredit, dll.). Gambar PyMOL opsional menambah 0,5 Kredit per pekerjaan. Kredit diperiksa saat Anda klik Run docking, sebelum pekerjaan masuk antrean.

Kapan Kredit ditagih?

Kredit dikurangi saat Anda submit pekerjaan docking, bukan saat selesai. Refund hanya jika layanan gagal mengirimkan laporan/ZIP (error sistem, crash, atau timeout) — bukan jika ligand individual tidak berhasil dock.

Apakah ligand tidak dock sama dengan kegagalan layanan?

Tidak. Ligand tidak dock berarti pipeline berjalan tetapi molekul tidak dapat disiapkan atau diskor (SMILES buruk, error prep, timeout per-ligand, dll.) — itu hasil normal yang Anda bayar untuk diuji; Kredit tidak direfund. Jika batch mencapai batas 3 jam, Anda menerima ZIP parsial dengan ligand selesai; senyawa skipped tercantum dalam laporan — tetap tanpa refund parsial. Kegagalan layanan berarti platform tidak dapat menyelesaikan atau mengirimkan pekerjaan (error server, crash, timeout tanpa laporan/ZIP). Kegagalan layanan direfund penuh. Batch selesai dengan beberapa ligand skipped tetap pekerjaan terkirim — tanpa refund parsial.

Kapan saya mendapat Kredit kembali?

Hanya untuk kegagalan layanan: error sistem, crash, atau timeout sebelum laporan/ZIP terkirim. Periksa Dasbor → Riwayat kredit untuk entri refund. Perbaiki input dan submit lagi saat siap. Hasil tingkat ligand (tidak dapat dock, afinitas lemah) bukan refund.

Jika beberapa ligand dalam batch tidak dapat dock, apakah Kredit dikembalikan?

Tidak. Kredit ditagih sekali saat submit untuk seluruh batch. Ligand skipped, timeout, atau tidak dock adalah hasil normal dan tercantum dalam laporan — bukan alasan refund. Jika pekerjaan mencapai batas 3 jam, Anda tetap menerima ZIP parsial untuk ligand selesai. Refund hanya jika seluruh pekerjaan gagal di pihak kami tanpa deliverable.

Kredit langganan vs Kredit paket sekali beli?

Kredit langganan direset setiap periode penagihan dan milik paket saat ini. Kredit paket sekali beli (Single Run Pass, Screening Pack) dibeli terpisah, tidak kedaluwarsa dengan bulan, dan tidak pernah dihapus saat upgrade. Saat menjalankan pekerjaan, Kredit langganan selalu digunakan terlebih dahulu; Kredit sekali beli hanya setelah Kredit langganan periode habis.

Apa yang terjadi saat upgrade langganan?

Langganan sebelumnya dibatalkan otomatis — Anda tidak pernah memiliki dua paket berbayar. Kredit langganan tidak terpakai dari paket lama tidak dibawa; paket baru dimulai dengan alokasi bulanan penuh (mis. upgrade ke Research = 16 Kredit). Kredit paket sekali beli yang dibeli terpisah tetap disimpan. Anda akan diminta konfirmasi sebelum upgrade dari dasbor.

Berapa biaya Dock?

Dock menawarkan paket Gratis $0/bulan (1 Kredit saat pendaftaran, tanpa kartu kredit). Langganan bulanan berbayar: Paket Student $9,99/bulan (5 Kredit/bulan), Paket Research $24,99/bulan (16 Kredit/bulan, 2 pekerjaan konkuren, antrean prioritas), dan Paket Lab $49,99/bulan (35 Kredit/bulan, 5 pekerjaan konkuren, antrean prioritas). Paket kredit sekali beli tanpa langganan: Single Run Pass $7,99 (3 Kredit) dan Screening Pack $19,99 (10 Kredit). Semua tier berbayar termasuk pipeline docking yang sama (Vina, PLIP, ADMET, PDF/ZIP). Harga dan limit sesuai paket di bagian Harga halaman ini.

Apa yang termasuk dalam paket Student, Research, dan Lab?

Paket Student ($9,99/bln): 5 Kredit/bulan. Paket Research ($24,99/bln): 16 Kredit/bulan, 2 pekerjaan konkuren, antrean prioritas. Paket Lab ($49,99/bln): 35 Kredit/bulan, 5 pekerjaan konkuren. Ukuran batch dibatasi Kredit (hingga 300 ligand/pekerjaan). Semua paket termasuk pipeline docking lengkap. Lihat Harga untuk detail.

Bisakah membeli Kredit tanpa langganan?

Ya. Single Run Pass ($7,99): 3 Kredit. Screening Pack ($19,99): 10 Kredit. Kredit dihabiskan per run berdasarkan jumlah ligand; konkurensi dan prioritas antrean mengikuti tier paket (lihat Harga).

Apa kebijakan refund langganan?

Anda dapat membatalkan langganan kapan saja untuk menghentikan tagihan mendatang. Pembayaran langganan masa lalu umumnya tidak dapat direfund kecuali diwajibkan hukum. Kredit pekerjaan docking terpisah: direfund otomatis hanya untuk kegagalan layanan (laporan/ZIP tidak terkirim), bukan untuk ligand yang tidak dock.

Berapa lama hasil disimpan?

Retensi sesuai paket: Gratis 7 hari, Student 14 hari, Research 30 hari, Lab 90 hari. Pengguna Gratis dapat perpanjang pekerjaan selesai dua kali (+14 hari masing-masing) seharga 0,5 Kredit dari dasbor. Unduh ZIP dan PDF sebelum kedaluwarsa.