AutoDock Vina Online Miễn phí — Docking Phân tử Không Cần Cài
Dành cho sinh viên và nhà nghiên cứu cần kết quả, không phải chiến conda. PDB + SMILES vào → bảng ái lực, hình tương tác và báo cáo PDF ra. AutoDock Vina + Meeko thật — không setup cục bộ.
AutoDock Vina online
Cùng engine Vina như trong Methods — chạy trên trình duyệt
Xuất sẵn khóa luận
PDF, CSV ái lực, pose 2D/3D — dán vào báo cáo thực hành
Hướng dẫn prep & điểm
PDBQT, ý nghĩa điểm Vina và lỗi thường gặp
Tính năng nền tảng
Pipeline Tự Động
Docking phân tử tự động end-to-end: Meeko xử lý chuẩn bị PDB receptor và ligand, sau đó AutoDock Vina chấm điểm pose — không cần script PDBQT thủ công.
Webserver Vina Cloud-Native
Chạy toàn bộ workflow webserver Vina trong trình duyệt. Không phụ thuộc cục bộ — không cần cài conda, Meeko hay RDKit trên máy.
Báo Cáo Chuyên Nghiệp
Tạo PDF tự động với bảng affinity, hình tương tác và xuất pose — sẵn sàng cho bài báo và viết SAR.
Quy trình Docking Phân Tử Tự Động Của Chúng Tôi
Docking receptor cứng tự động cho nghiên cứu khoa học và sàng lọc ảo. Xem lại pipeline bên dưới trước khi gửi — đặc biệt là thiết lập vùng liên kết và QC pose.
Thiết lập & xác thực
Đầu vào receptor
Tải PDB ID hoặc tải lên .pdb của bạn. Hỗ trợ PDB đa chuỗi — chọn một chuỗi protein cho mỗi job khi review.
Đầu vào ligand
SMILES đơn hoặc sàng lọc batch: một SMILES mỗi dòng, hoặc nhập file .sdf nhiều bản ghi. Giới hạn nền tảng 300 ligand/job; gói của bạn quy định giới hạn batch (xem Bảng giá).
Review trước khi chạy
Luồng hai bước: xác thực setup (0 credit), rồi dock. Phát hiện vấn đề protein, box và ligand trước khi tiêu tốn tài nguyên tính toán.
Precheck ligand
Khối lượng phân tử, liên kết xoay và Meeko TORSDOF với ngưỡng warn/reject rõ ràng cho kích thước phù hợp Vina.
ADMET tính toán
Tóm tắt RDKit Lipinski, Veber và QED khi validate và trong kết quả (tính toán cục bộ — không API bên ngoài).
Tùy chọn vùng liên kết
Box tự động từ ligand đồng tinh thể; bộ chọn pocketeer top-3 cho apo; neo residue pocket (vd. 214,226,245); box XYZ tùy chỉnh tùy chọn. Cảnh báo nếu tâm box xa protein.
Xem trước box 3D
Xem receptor + box docking trong 3Dmol khi review. Cấu trúc apo hiển thị disclaimer rõ ràng để so sánh với tài liệu.
Re-validate nhanh hơn
Chỉ đổi ligand? Xác thực protein/box được cache trong phiên trình duyệt — không tải lại PDB.
Engine docking
AutoDock Vina (receptor cứng)
Chuẩn bị receptor/ligand Meeko, proton hóa dimorphite-DL ở pH job (mặc định 7.4), RDKit ETKDG + MMFF94. Cài đặt Vina cố định (exhaustiveness 8, 9 mode).
Docking batch song song
Job với 2+ ligand chạy tối đa 4 worker Vina song song trên server. Một ligand thất bại không hủy phần còn lại của batch.
Kiểm tra redock đồng tinh thể
Khi phát hiện ligand gắn kết, kiểm tra RMSD tùy chọn so với pose tinh thể. Bật mặc định cho job ligand đơn; tắt mặc định cho batch (bật trong Nâng cao).
Kim loại tùy chọn
Giữ các bản ghi HETATM đã chọn (vd. ZN, MG) trong receptor đã làm sạch.
Kết quả & deliverable
Top 3 pose mỗi ligand
Các mode Vina điểm cao nhất được xuất dưới dạng complex SDF/PDB trong gói ZIP.
Chất lượng & độ tin cậy pose
QC PoseBusters (Pass / Warn / Fail) với fallback cơ bản. Văn bản độ tin cậy pose từ khoảng cách điểm + quy tắc hạ cấp QC.
Tương tác protein–ligand
PLIP khi có sẵn; fallback heuristic khoảng cách nếu PLIP thất bại. Sơ đồ tương tác 2D, PNG tổng quan vùng liên kết và PNG cấu trúc 2D ligand.
Diễn giải chế độ liên kết
Đoạn thảo luận tiếng Anh mỗi ligand từ affinity, tương tác và phân tách pose — hiển thị trên trang kết quả và trong PDF.
Render xuất bản PyMOL
PNG vùng liên kết tùy chọn với ray-tracing PyMOL headless (cartoon + sticks). Bật trong tùy chọn Nâng cao; job batch chỉ render hit tốt nhất.
Bảng sàng lọc batch
Job đa ligand: bảng có thể sắp xếp với cột affinity, độ tin cậy pose, QC và ADMET (MW, Lipinski, QED).
Trình xem 3D tương tác
Kiểm tra complex protein–ligand và chuyển đổi giữa các pose đã xuất trong trình duyệt.
Báo cáo PDF & bản sao Methods
Tải PDF với hình ảnh nhúng. Sao chép một cú nhấp văn bản Methods tiếng Anh và đoạn trích dẫn với tham chiếu đánh số cho bài báo của bạn.
Bản nháp bài báo AI tùy chọn
Sau khi docking hoàn tất, tạo bản nháp Discussion + chú thích hình hỗ trợ Gemini (+1 credit). Không thay thế peer review con người hay biên tập chuyên gia.
ZIP kết quả (gói cấu trúc)
Tải results.zip gồm pose, complex, hình ảnh, JSON ADMET/tương tác và run_manifest.json — xem chi tiết nội dung ZIP trên trang này.
Báo cáo AutoDock Vina chuyên nghiệp: chỉ số & trực quan hóa
Đầu ra thực từ PDB 6LU7 (Protease chính SARS-CoV-2 (Mpro)): bảng sàng lọc ảo xếp hạng với sơ đồ PLIP, Pose QC PoseBusters, cột ADMET và trực quan PyMOL cho kết quả hàng đầu.
- Thụ thể
- 6LU7 · chain A
- Affinity tốt nhất
- -6.21 kcal/mol
- Batch size
- 3 ligand · 3 docking thành công
- Kết quả hàng đầu
- Nirmatrelvir
AutoDock Vina predicted moderate binding for CC(C)(C)C(NC(=O)C(F)(F)F)C(=O)N1CC2CC(C1)N2C(=O)C(F)(F)F (best score -6.21 kcal/mol). Among the screened compounds, CC(C)(C)C(NC(=O)C(F)(F)F)C(=O)N1CC2CC(C1)N2C(=O)C(F)(F)F ranked as the top hit. Key predicted interactions (PLIP) include 2 hydrogen bond(s) with ASN142A, GLN189A; hydrophobic contacts involving ASN142A; halogen bond(s) with HIS41A, THR26A. The ligand is surrounded by pocket residues including ASN142A, GLN189A, HIS41A, THR26A. Multiple docking modes have similar scores; consider inspecting alternate poses in the structure files. These results are computational predictions only and should be validated experimentally (e.g., SPR, ITC, or cell-based assays) before drawing mechanistic conclusions.
| # | Hợp chất | Affinity |
|---|---|---|
| 1 | Nirmatrelvir | -6.21 |
| 2 | Ibuprofen | -6.03 |
| 3 | Aspirin | -5.05 |
Chỉ là dự đoán tính toán — xác minh mode liên kết trước khi rút kết luận trong luận văn hoặc bài báo.
ZIP kết quả có gì?
Mỗi job docking hoàn tất đều có results.zip cùng báo cáo trên trang và PDF. Dùng ZIP cho PyMOL/Chimera, bảng offline và tái lập — PDF là bản tóm tắt dễ đọc của cùng một lần chạy.
Báo cáo PDF: affinity, QC pose, hình tương tác nhúng để in — không thay thế file cấu trúc trong ZIP.
Gốc job (một lần mỗi run)
- result.json
- Tóm tắt ligand đã dock, thất bại, điểm số và trạng thái redock.
- run_manifest.json
- Bản ghi tái lập: phiên bản pipeline, cài đặt Vina, box, pH, chuỗi receptor, cảnh báo.
- receptor_clean.pdb
- Receptor đã chuẩn bị dùng cho docking (PDB cứng, đã làm sạch).
- redock_report.json
- Kiểm tra RMSD redock đồng tinh thể (ligand đơn / khi bật).
Mỗi ligand dock thành công
- poses/{ligand}.sdf
- Top 3 pose Vina dưới dạng SDF nhiều bản ghi.
- complexes/{ligand}_complex.pdb
- Complex protein–ligand cho trình xem 3D.
- ligands/{ligand}/
- PDBQT ligand, PDBQT đã dock và SMILES đã proton hóa.
- admet/{ligand}.json
- RDKit Lipinski, Veber, QED và các cờ liên quan.
- interactions/{ligand}.json
- Bảng tương tác PLIP (hoặc fallback heuristic khoảng cách).
- figures/{ligand}/
- Sơ đồ tương tác 2D, PNG tổng quan vùng liên kết, cấu trúc 2D ligand; pymol_binding_site.png tùy chọn nếu bật PyMOL.
Khả Năng Được Hỗ Trợ
Các tính năng nền tảng cốt lõi có trong mọi lần chạy docking trả phí và miễn phí.
| Khả năng | Mô tả |
|---|---|
| Engine AutoDock Vina | Docking receptor cứng production với chuẩn bị Meeko, cài đặt tái lập cố định (exhaustiveness 8, 9 mode). |
| Docking Batch | Worker Vina song song cho virtual screening đa ligand — tối đa 300 ligand mỗi job. |
| Chuẩn bị PDB | Làm sạch receptor tự động, proton hóa và tạo PDBQT ligand qua Meeko + RDKit. |
| Báo cáo PDF | PDF sẵn sàng xuất bản với bảng affinity, văn bản Methods và hình ảnh nhúng. |
| QC PoseBusters | Kiểm tra chất lượng pose tự động (Pass / Warn / Fail) với chấm điểm độ tin cậy. |
| Phân tích ADMET | Tóm tắt RDKit Lipinski, Veber và QED tính cục bộ cho mỗi ligand. |
| Sơ đồ tương tác | Tương tác protein–ligand PLIP với sơ đồ 2D và PNG tổng quan vùng liên kết. |
| Virtual Screening | Bảng kết quả batch có thể sắp xếp với cột affinity, QC pose và ADMET. |
Điểm số tính toán, pose, ADMET và tương tác chỉ là dự đoán mô hình. Luôn xác minh chế độ liên kết và drug-likeness bằng thí nghiệm và tài liệu trước khi rút kết luận trong bài báo hoặc báo cáo.
Stack mã nguồn mở & trích dẫn
MolecularDocking.online chạy pipeline có tài liệu và có thể trích dẫn — không phải hộp đen. Mọi job ghi lại phiên bản phần mềm chính xác trong run_manifest.json và trên báo cáo kết quả. Dùng đoạn trích dẫn trên trang kết quả cho phần Methods của bản thảo.
Pipeline v1.9.4 · các phiên bản dưới đây là mặc định điển hình; manifest của job liệt kê build chính xác đã dùng.
| Thành phần | Phiên bản | Nhà phát triển / tổ chức | Vai trò | Trích dẫn |
|---|---|---|---|---|
AutoDock Vina | 1.2.7 | Scripps Research / community fork | Docking phân tử thụ thể cứng | [2] |
Meeko | 0.7.1 | Scripps Research (Forli lab) | Chuẩn bị PDBQT thụ thể và ligand | [3] |
RDKit | 2025.3.6 | Open-source cheminformatics toolkit | SMILES → nhúng 3D (ETKDG) và tối thiểu hóa MMFF94 | [4] |
PLIP | 3.0.0 | University of Hamburg (Salokas et al.) | Phân tích tương tác protein–ligand | [5] |
PoseBusters | 0.6.5 | University of Oxford (Buttenschoen et al.) | Kiểm tra chất lượng pose docking (cấu hình dock) | [6] |
dimorphite-DL | 2.0.2 | Open-source protonation enumerator | Trạng thái proton hóa ligand ở pH của job | [7] |
Biopython | 1.87 | Open-source bioinformatics library | Phân tích cấu trúc và xử lý thụ thể | [8] |
pocketeer | 0.3.1 | Apo binding-site prediction | Xếp hạng túi dự đoán trên thụ thể apo | [9] |
Tài liệu tham khảo chuẩn
- MolecularDocking.online. MolecularDocking.online. Cloud molecular docking workflow (https://molecular-docking.online). Accessed 2026.
- AutoDock Vina. Eberhardt J, Santos-Martins D, Forli S, Olson AJ. AutoDock Vina 1.2.0: new docking methods, expanded force field, and Python bindings. J Chem Inf Model. 2021;61(8):3891-3898.
- Meeko / AutoDock suite. Forli S, Huey R, Pique ME, Sanner MF, Olson AJ. Computational protein-ligand docking and virtual drug screening with the AutoDock suite. Nat Protoc. 2016;11(5):905-919.
- RDKit. RDKit: Open-source cheminformatics. https://www.rdkit.org/ (accessed 2024).
- PLIP. Salokas LM, Viswanath S, Aho AJ, et al. PLIP 2021: expanding the scope of the protein-ligand interaction profiler to DNA and RNA. Nucleic Acids Res. 2023;51(W1):W530-W534.
- PoseBusters. Buttenschoen GF, Morris GM, Deane CM. PoseBusters: AI-based docking methods fail to generate physically valid poses or cause unintended bias. Nat Methods. 2024;21(3):472-480.
- dimorphite-DL. Swain M. dimorphite-DL: an open-source program for enumerating the ionization states of drug-like small molecules. J Cheminform. 2019;11(1):14.
- Biopython. Cock PA, Antao T, Chang JT, et al. Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics. Bioinformatics. 2009;25(11):1422-1423.
- pocketeer. pocketeer: apo binding-site prediction tool used for pocket ranking in this pipeline.
Tài liệu quy trình
Từ “docking là gì” đến ý nghĩa điểm Vina — hướng dẫn cho deadline khóa luận, không phải marketing nghiên cứu.
Điểm Vina tốt là bao nhiêu?
Không có cutoff phổ quát — xếp hạng tương đối, redock và câu Discussion an toàn.
Read articleLỗi AutoDock Vina thường gặp
Sửa parse PDBQT, pose trống, box sai và crash MGLTools — kèm đường online.
Read articleMethods docking cho khóa luận
Mẫu Methods/Results sẵn dán và checklist xuất PDF/ZIP.
Read articleĐọc điểm & pose docking
Affinity kcal/mol, kiểm tra chất lượng pose và điểm Vina chứng minh — và không — gì trong báo cáo nghiên cứu.
Read articleRun docking đầu tiên, từng bước
Tải PDB, chuẩn bị ligand, chạy Vina, kiểm tra pose và soạn phần Methods cho bài báo.
Read articleLộ trình học có cấu trúc
Kế hoạch bốn tuần gồm cấu trúc, Vina, trực quan hóa và diễn giải phê phán output docking.
Read articleXây dựng cho quy trình nghiên cứu
SAR hóa dược, khám phá hit dựa trên cấu trúc, sàng lọc ảo ADMET-aware và pipeline AutoDock Vina trên cloud.
Hóa dược & SAR
Sàng lọc batch SMILES, affinity Vina xếp hạng, sơ đồ tương tác PLIP và bảng xuất được cho tối ưu lead.
Độc chất học & sàng lọc ADMET
Dock ligand vào thụ thể off-target, kết hợp cờ ADMET RDKit với phân tích tương tác và ghi giả thuyết rủi ro trong báo cáo.
Sinh học cấu trúc & xác thực target
Docking Vina thụ thể cứng với kiểm tra redock đồng tinh thể, QC pose và metadata Methods tái lập được trong run_manifest.json.
Pipeline cloud vs cục bộ
Cùng stack AutoDock Vina + Meeko không cần setup conda — quy trình trình duyệt với gói ZIP và báo cáo PDF cho nhóm.
Tài liệu & onboarding
Hướng dẫn quy trình chọn PDB, định nghĩa vị trí liên kết và diễn giải QC PoseBusters — rồi xác thực setup miễn phí (0 tín dụng).
Sàng lọc ảo & danh sách hit
Sàng lọc 20–300 ligand mỗi job, so sánh pose và affinity xếp hạng, xuất CSV/ZIP để ưu tiên hit và theo dõi SAR.
Được tin dùng bởi nhóm nghiên cứu trong hóa dược & sinh học cấu trúc
“Chúng tôi sàng lọc 30 analog với target kinase trong một job batch. Review setup phát hiện lỗi chain ID trước khi tốn compute — PDF và ZIP pose sẵn sàng cho buổi review SAR hàng tuần.”
“Lab chuyển từ script Meeko+Vina cục bộ sang pipeline cloud này. Batch docking, bảng PLIP và QC PoseBusters trong một run — không còn patch conda trên workstation dùng chung.”
“Kiểm tra sanity redock báo hộp liên kết sai trước khi chúng tôi đốt tín dụng sàng lọc thư viện đầy đủ. Hoàn tiền tự động khi PDB hỏng chặn giao hàng — vận hành ổn định.”
Tín dụng Dock & Gói
Tín dụng hàng tháng cho sử dụng thường xuyên. Tier cao hơn thêm job đồng thời và hàng đợi ưu tiên. Gói mua một lần khi cần nạp thêm.
Deliverable docking giống nhau mọi tier: review setup · Vina (3 pose hàng đầu) · QC pose · PLIP · ADMET · PDF/ZIP. Hình PyMOL tùy chọn (+0,5 tín dụng/job).
Tier Miễn phí: 1 Tín dụng khi đăng ký — thử job docking nhỏ. Một tài khoản Miễn phí mỗi email, thiết bị và mạng. Không làm mới hàng tháng. Không cần thẻ tín dụng.
Dùng thử
Bao gồm
- 1 tín dụng (mua một lần) — chỉ khi đăng ký
- Lưu kết quả 7 ngày
Dự án khóa học
Bao gồm
- 5 tín dụng / tháng
- Lưu kết quả 14 ngày
Lab nhỏ
Bao gồm
- 16 tín dụng / tháng
- 2 job đồng thời
- Hàng đợi ưu tiên
- Lưu kết quả 30 ngày
Nhóm lab & nghiên cứu
Bao gồm
- 35 tín dụng / tháng
- 5 job đồng thời
- Hàng đợi ưu tiên
- Lưu kết quả 90 ngày
Gói mua một lần (không cần đăng ký — cộng dồn với gói đăng ký)
Thêm Tín dụng vào tài khoản. Mỗi Run docking tiêu tín dụng theo số ligand (xem Cách hoạt động Tín dụng). Đồng thời và ưu tiên hàng đợi theo gói hiện tại — Miễn phí hoặc đăng ký.
Hoàn hảo cho 1 hình luận văn đầy đủ + bản nháp AI (Docking + PyMOL + Báo cáo AI).
- 3 tín dụng (mua một lần)
Tốt nhất sàng lọc tới 30 ligand hoặc 3–4 báo cáo dự án đầy đủ (Không phí định kỳ).
- 10 tín dụng (mua một lần)
Cách hoạt động Tín dụng Dock →
Tất cả gói bao gồm:
Cách hoạt động Tín dụng Dock
Tín dụng trả cho mỗi run docking. Gói đăng ký gồm Tín dụng hàng tháng; gói mua một lần là bundle giá cố định mua riêng (xem Bảng giá). Cả hai có thể cùng tài khoản.
Tín dụng tiêu mỗi run docking
Khi bạn nhấn Run docking, Tín dụng trừ từ số dư theo số ligand — dù Tín dụng từ Miễn phí, đăng ký hay gói mua một lần. Phần này về tiêu Tín dụng, không phải giá gói mua một lần.
Gói mua một lần (Single Run Pass, Screening Pack) bán với giá cố định cho lượng Tín dụng bundle ở tab Bảng giá → Mua một lần. Bạn không bị tính theo ligand khi checkout — bảng dưới cho biết Tín dụng dùng mỗi lần chạy docking.
- 1–3 ligand: 1 Tín dụng
- 4+ ligand: 1 Tín dụng mỗi 5 ligand, làm tròn lên (4–5 ligand = 1 Tín dụng; 12 ligand = 3 Tín dụng)
- Hình công bố PyMOL: +0,5 Tín dụng mỗi job (tùy chọn)
- Bản nháp bài AI tùy chọn (Gemini Discussion + chú thích hình): +1 Tín dụng, tính riêng khi generate sau khi docking hoàn tất
- Ví dụ: 25 ligand + PyMOL = 5 + 0,5 = 5,5 Tín dụng
Tín dụng tiêu mỗi run (tham khảo)
| Ligand | Tín dụng | + PyMOL |
|---|---|---|
| 1 | 1 | 1.5 |
| 2 | 1 | 1.5 |
| 3 | 1 | 1.5 |
| 4 | 1 | 1.5 |
| 5 | 1 | 1.5 |
PyMOL thêm +0,5 Tín dụng mỗi job. Bản nháp bài AI +1 Tín dụng, tính riêng sau docking. Áp dụng mọi số dư Tín dụng (Miễn phí, đăng ký hoặc mua một lần). Batch khác: 1–3 ligand = 1 Tín dụng; 4+ = 1 Tín dụng mỗi 5 ligand (làm tròn lên).
Khi nào Tín dụng bị trừ
- Tín dụng trừ khi bạn gửi job docking (không phải khi hoàn tất)
- Tín dụng đăng ký luôn dùng trước; Tín dụng gói mua một lần chỉ dùng sau khi số dư đăng ký kỳ hạn hết
- Gói Miễn phí: 1 Tín dụng một lần khi đăng ký (đủ cho job 1–3 ligand không PyMOL); Tín dụng không dùng không cộng dồn và không làm mới hàng tháng. Một grant tín dụng mỗi email; một tài khoản Miễn phí mỗi thiết bị và mạng.
- Gói trả phí: Tín dụng đăng ký hàng tháng reset đầu mỗi kỳ thanh toán
Nâng cấp gói đăng ký
- Khi nâng cấp (vd. Student → Research), gói đăng ký trước tự hủy — bạn không giữ hai gói trả phí cùng lúc
- Tín dụng đăng ký chưa dùng từ gói cũ không chuyển; gói mới bắt đầu với hạn mức tháng đầy đủ (vd. Research = 16 Tín dụng)
- Tín dụng gói mua một lần mua riêng không bị xóa khi nâng cấp — giữ trong tài khoản đến khi dùng
Đăng ký + gói mua một lần cùng nhau
- Bạn có thể mua đăng ký và gói mua một lần — cả hai giữ trong tài khoản
- Gói mua một lần: Single Run Pass (3 Tín dụng), Screening Pack (10 Tín dụng). Tín dụng cộng vào số dư mua và tiêu mỗi run theo quy tắc trên
- Tín dụng gói mua một lần không hết hạn theo chu kỳ tháng; Tín dụng đăng ký reset mỗi kỳ (Tín dụng đăng ký Miễn phí chỉ một lần)
- Job luôn tiêu Tín dụng đăng ký trước, rồi Tín dụng mua một lần
- Chúng tôi khuyên đăng ký hoặc nâng cấp khi cần dùng hàng tháng nhiều hơn; gói mua một lần luôn có trên trang bảng giá
Lỗi dịch vụ & hoàn tín dụng
Docking chạy trên server; bạn trả Tín dụng để tính toán và nhận báo cáo/ZIP. Ligand không dock thành công (cấu trúc không hợp lệ, lỗi prep, không có pose dùng được hoặc timeout từng ligand) là kết quả khoa học bình thường — job vẫn giao kết quả và Tín dụng không hoàn. Nếu batch chạm giới hạn 3 giờ, ligand hoàn tất giao trong ZIP một phần; ligand chưa xong đánh dấu skipped — không hoàn tín dụng một phần. Lỗi dịch vụ nghĩa là nền tảng không thể hoàn tất hoặc giao báo cáo/ZIP (lỗi hệ thống, crash hoặc timeout trước giao hàng). Trong trường hợp đó, Tín dụng của job được hoàn đầy đủ tự động (xem Lịch sử tín dụng). Job batch tính một lần khi submit cho cả batch. Thanh toán đăng ký tách khỏi Tín dụng job.
Lưu trữ kết quả
Job hoàn tất lưu theo gói: Miễn phí 7 ngày, Student 14 ngày, Research 30 ngày, Lab 90 ngày. File sau đó xóa — lưu ZIP/PDF cục bộ. Người dùng Miễn phí có thể gia hạn job một hoặc hai lần (+14 ngày mỗi lần) với 0,5 Tín dụng từ bảng điều khiển.
Câu hỏi thường gặp
Dock xử lý proton hóa ligand, thêm hydro và điện tích phân cục thế nào?
Ligand ion hóa bằng dimorphite-DL ở pH proton hóa job (mặc định 7,4; điều chỉnh 4,0–10,0). Hydro tường minh thêm khi embedding 3D RDKit (ETKDGv3, retry multi-seed), sau đó tối thiểu MMFF94 (fallback UFF). Meeko MoleculePreparation gán loại nguyên tử AutoDock và điện tích phân cục khi ghi ligand PDBQT. SMILES proton hóa, pH, optimizer và cảnh báo prep ghi trong run_manifest.json và lặp lại ở phần Methods PDF.
Có hỗ trợ ligand nhiều liên kết quay được không?
Có, trong giới hạn phù hợp docking thụ thể cứng AutoDock Vina. Meeko gắn mọi liên kết quay không đầu cuối trong ligand PDBQT (báo cáo TORSDOF). Review setup cảnh báo trên 12 liên kết quay hoặc TORSDOF và từ chối trên 20. Ligand rất linh hoạt có thể chậm hoặc lấy mẫu cấu hình không đầy đủ — cân nhắc analog cứng hơn hoặc induced-fit trên nền tảng khác. Khối lượng phân tử giới hạn 900 Da (cảnh báo trên 600 Da).
Pipeline docking end-to-end của bạn là gì?
Thụ thể: tải RCSB PDB (ID PDB 4 ký tự, vd. 6LU7) hoặc upload người dùng → dọn Biopython (xóa nước và ligand đồng tinh thể; giữ HETATM ZN/MG tùy chọn) → thụ thể cứng Meeko Polymer PDBQT. Ligand: SMILES hoặc SDF → proton hóa dimorphite-DL → conformer 3D RDKit → ligand Meeko PDBQT. Docking: AutoDock Vina (exhaustiveness 8, chín mode, energy range 3 kcal/mol) với ba pose hàng đầu xuất mỗi ligand. Hậu xử lý: tương tác protein–ligand PLIP, QC pose PoseBusters và tóm tắt Lipinski/Veber/QED RDKit.
Thụ thể linh hoạt hay chỉ ligand?
Chỉ docking thụ thể cứng: chuỗi bên protein cố định sau chuẩn bị thụ thể Meeko. Linh hoạt ligand theo gốc liên kết quay Meeko (TORSDOF trong PDBQT). Induced-fit, chuỗi bên linh hoạt, docking covalent và quy trình protein màng không hỗ trợ trong pipeline này.
Hộp tìm kiếm AutoDock Vina được định nghĩa thế nào?
Ở Review setup bạn chọn một trong bốn nguồn hộp: (1) tâm ligand đồng tinh thể (cấu trúc holo), (2) dự đoán túi apo (pocketeer — chọn ba túi hàng đầu), (3) neo residue túi (vd. 214,226,245), hoặc (4) tâm XYZ tùy chỉnh. Kích thước hộp mặc định 20 × 20 × 20 Å. Xem trước 3D hiển thị thụ thể và hộp trước khi tiêu Tín dụng. Dự đoán túi apo có disclaimer rõ so với tài liệu hoặc cấu trúc đồng tinh thể.
Review setup (0 tín dụng) xác thực gì trước docking?
Review setup parse hoặc tải thụ thể, xác định hộp liên kết và chạy precheck ligand (SMILES hợp lệ, khối lượng phân tử, số liên kết quay, Meeko TORSDOF) với xem trước hộp 3D — không trừ Tín dụng. Ligand PDBQT tạo ở đây tái sử dụng lúc docking (proton hóa khóa từ bước xác thực). Sửa lỗi hiển thị, rồi Run docking trừ Tín dụng chỉ khi gửi.
Cài đặt AutoDock Vina cố định nào? Có đổi exhaustiveness không?
Tham số Vina cố định để tái lập: exhaustiveness = 8, num_modes = 9, energy_range = 3 kcal/mol, hàm chấm vina. Ba pose điểm thấp nhất mỗi ligand xuất SDF và PDB phức hợp protein–ligand. Exhaustiveness tùy chỉnh, rescoring Smina hoặc GNINA không có — chuỗi phiên bản và mọi cài đặt ghi trong run_manifest.json cho đoạn Methods.
Kiểm tra sanity redock đồng tinh thể hoạt động thế nào?
Khi có ligand đồng tinh thể trong PDB upload, Dock có thể redock và báo RMSD nguyên tử nặng so với pose tinh thể. Job một ligand bật mặc định; job batch tắt mặc định (bật trong Advanced). RMSD lớn báo hộp liên kết sai, chọn chain sai hoặc lệch proton hóa trước khi sàng lọc analog.
Docking phân tử có cần cấu trúc protein tinh thể không?
Không luôn. Cấu trúc tinh thể holo (protein với ligand đồng tinh thể) tốt nhất để định vị liên kết và kiểm tra redock. Với nhiều dự án khám phá, cấu trúc apo cộng túi từ tài liệu hoặc dự đoán chấp nhận được nếu nêu rõ giả định.
Docking phân tử là gì?
Docking phân tử dự đoán phân tử nhỏ liên kết tại vị trí protein, tạo pose và điểm (vd. affinity Vina kcal/mol). Hỗ trợ tạo giả thuyết tính toán — không phải bằng chứng thực nghiệm liên kết.
Docking phân tử hoạt động thế nào?
Lưới tìm kiếm đặt trên vị trí liên kết; cấu hình ligand lấy mẫu và chấm bằng thuật toán tìm kiếm. AutoDock Vina dùng docking thụ thể cứng (protein cố định, xoắn ligand linh hoạt). Dock chuẩn bị PDBQT thụ thể và ligand bằng Meeko và ghi cài Vina, tọa độ hộp và pH proton hóa trong run_manifest.json và báo cáo PDF.
Phần mềm docking phân tử tốt nhất cho nghiên cứu?
AutoDock Vina vẫn là chuẩn ngành docking thụ thể cứng (nhanh, nhiều trích dẫn). Dock chạy Vina online tránh cài cục bộ. GNINA hoặc DiffDock thêm chấm ML nhưng khác setup và tái lập — với hầu hết SAR và sàng lọc, Vina cộng Methods rõ là baseline kỳ vọng.
Chạy docking phân tử online thế nào?
Nhập ID PDB 4 ký tự (hoặc upload thụ thể .pdb), gửi ligand SMILES hoặc SDF, chạy Review setup (0 tín dụng), rồi nhấn Run docking. Bạn nhận gói results.zip và báo cáo PDF với pose, tương tác PLIP, QC pose và hình PyMOL tùy chọn.
File ZIP kết quả gồm gì?
results.zip là deliverable đầy đủ cho làm việc offline. Ở gốc job: result.json (tóm tắt), run_manifest.json (Vina/hộp/pH cho Methods), receptor_clean.pdb và redock_report.json nếu có. Mỗi ligand dock: 3 pose hàng đầu (SDF), phức hợp protein–ligand (PDB), file ligand PDBQT, JSON ADMET và tương tác, hình PNG (sơ đồ 2D, overview, ligand 2D; render vị trí liên kết PyMOL tùy chọn). Báo cáo PDF phản ánh bảng và hình chính để in nhưng không thay cấu trúc ZIP. Xem mục "File ZIP kết quả gồm gì?" dưới Tính năng trang chủ.
Một ligand vs batch: báo cáo giống nhau? Tất cả hợp chất hiển thị ở đâu?
Pipeline giống nhau mỗi ligand thành công — mỗi cái có pose, PDB phức hợp, JSON ADMET, JSON tương tác và hình PNG. Trong results.zip, mỗi hợp chất dock có file riêng (không chỉ hit hàng đầu). Trên báo cáo web, bảng kết quả liệt kê mọi ligand với điểm và QC; văn bản mode liên kết, hình công bố, chi tiết ADMET và viewer 3D hiển thị một ligand — dùng dropdown ligand ở job batch (mặc định: affinity tốt nhất). PDF liệt kê mọi ligand trong bảng nhưng nhúng hình và thảo luận chủ yếu hit hàng đầu. Bản nháp bài AI tùy chọn cũng tập trung hit hàng đầu. Ngoại lệ: nếu bật hình PyMOL ở job batch, chỉ hit hàng đầu có PNG PyMOL (mọi deliverable từng ligand khác vẫn áp dụng). Redock đồng tinh thể bật mặc định cho một ligand và tắt mặc định cho sàng lọc batch.
Tín dụng tính cho job docking thế nào?
Run docking tốn 1 Tín dụng cho 1–3 ligand, rồi 1 Tín dụng mỗi 5 ligand làm tròn lên (4–5 ligand = 1 Tín dụng, 6–10 = 2 Tín dụng, v.v.). Hình PyMOL tùy chọn thêm 0,5 Tín dụng mỗi job. Tín dụng kiểm tra khi nhấn Run docking, trước khi vào hàng đợi.
Khi nào Tín dụng bị trừ?
Tín dụng trừ khi gửi job docking, không phải khi hoàn tất. Hoàn tiền chỉ khi dịch vụ không giao báo cáo/ZIP (lỗi hệ thống, crash hoặc timeout) — không phải khi ligand riêng không dock được.
Ligand không dock có giống lỗi dịch vụ không?
Không. Ligand không dock nghĩa pipeline chạy nhưng phân tử không chuẩn bị hoặc chấm được (SMILES xấu, lỗi prep, timeout từng ligand, v.v.) — kết quả bình thường bạn trả để thử; Tín dụng không hoàn. Nếu batch chạm 3 giờ, bạn nhận ZIP một phần với ligand xong; hợp chất skipped liệt kê trong báo cáo — vẫn không hoàn một phần. Lỗi dịch vụ nghĩa nền tảng không hoàn tất hoặc giao job (lỗi server, crash, timeout không có báo cáo/ZIP). Lỗi dịch vụ hoàn đầy đủ. Batch hoàn tất với một số ligand skipped vẫn là job đã giao — không hoàn một phần.
Khi nào nhận lại Tín dụng?
Chỉ lỗi dịch vụ: lỗi hệ thống, crash hoặc timeout trước khi giao báo cáo/ZIP. Xem Bảng điều khiển → Lịch sử tín dụng cho mục hoàn. Sửa đầu vào và gửi lại khi sẵn sàng. Kết quả từng ligand (không dock, affinity yếu) không phải hoàn tiền.
Một số ligand trong batch không dock, có hoàn Tín dụng không?
Không. Tín dụng trừ một lần khi gửi cho cả batch. Ligand skipped, timeout hoặc không dock là kết quả bình thường và liệt kê trong báo cáo — không là cơ sở hoàn. Nếu job chạm giới hạn 3 giờ, bạn vẫn nhận ZIP một phần cho ligand xong. Hoàn chỉ khi toàn bộ job lỗi phía chúng tôi không có deliverable.
Tín dụng đăng ký vs Tín dụng gói mua một lần?
Tín dụng đăng ký reset mỗi kỳ thanh toán và thuộc gói hiện tại. Tín dụng gói mua một lần (Single Run Pass, Screening Pack) mua riêng, không hết hạn theo tháng và không bị xóa khi nâng cấp. Khi chạy job, Tín dụng đăng ký luôn dùng trước; Tín dụng mua một lần chỉ sau khi Tín dụng đăng ký kỳ hạn hết.
Nâng cấp gói đăng ký thì sao?
Gói đăng ký trước tự hủy — bạn không giữ hai gói trả phí. Tín dụng đăng ký chưa dùng từ gói cũ không chuyển; gói mới bắt đầu hạn mức tháng đầy đủ (vd. nâng lên Research = 16 Tín dụng). Tín dụng gói mua một lần mua riêng được giữ. Bạn sẽ được xác nhận trước khi nâng cấp từ bảng điều khiển.
Dock giá bao nhiêu?
Dock có gói Miễn phí $0/tháng (1 Tín dụng khi đăng ký, không cần thẻ). Đăng ký tháng trả phí: Gói Student $9,99/tháng (5 Tín dụng/tháng), Gói Research $24,99/tháng (16 Tín dụng/tháng, 2 job đồng thời, hàng đợi ưu tiên), Gói Lab $49,99/tháng (35 Tín dụng/tháng, 5 job đồng thời, hàng đợi ưu tiên). Gói tín dụng mua một lần không đăng ký: Single Run Pass $7,99 (3 Tín dụng) và Screening Pack $19,99 (10 Tín dụng). Mọi tier trả phí gồm cùng pipeline docking (Vina, PLIP, ADMET, PDF/ZIP). Giá và giới hạn khớp gói ở mục Bảng giá trang này.
Gói Student, Research và Lab gồm gì?
Gói Student ($9,99/tháng): 5 Tín dụng/tháng. Gói Research ($24,99/tháng): 16 Tín dụng/tháng, 2 job đồng thời, hàng đợi ưu tiên. Gói Lab ($49,99/tháng): 35 Tín dụng/tháng, 5 job đồng thời. Kích thước batch giới hạn bởi Tín dụng (tối đa 300 ligand/job). Mọi gói gồm pipeline docking đầy đủ. Xem Bảng giá để biết chi tiết.
Có mua Tín dụng không cần đăng ký không?
Có. Single Run Pass ($7,99): 3 Tín dụng. Screening Pack ($19,99): 10 Tín dụng. Tín dụng tiêu mỗi run theo số ligand; đồng thời và ưu tiên hàng đợi theo tier gói (xem Bảng giá).
Chính sách hoàn tiền đăng ký?
Bạn có thể hủy đăng ký bất cứ lúc nào để dừng phí tương lai. Thanh toán đăng ký quá khứ thường không hoàn trừ khi luật yêu cầu. Tín dụng job docking tách biệt: hoàn tự động chỉ lỗi dịch vụ (không giao báo cáo/ZIP), không phải ligand không dock.
Kết quả lưu bao lâu?
Lưu theo gói: Miễn phí 7 ngày, Student 14 ngày, Research 30 ngày, Lab 90 ngày. Người dùng Miễn phí có thể gia hạn job hoàn tất hai lần (+14 ngày mỗi lần) với 0,5 Tín dụng từ bảng điều khiển. Tải ZIP và PDF trước khi hết hạn.
Hoạt động nền tảng
Số liệu mở từ production — không quảng cáo rỗng.
Cập nhật từ log production · làm mới cuối tháng 6/2026