Công cụ cho chuẩn bị docking

• Protein → PDB ID

  Tìm PDB theo tên protein

  Tìm PDB ID độ phân giải cao từ tên protein (EGFR, ACE2, HER2) và docking một cú nhấp.

  Mở

  Cũng hữu ích tiếp theo

  • Tên sang SMILES — Tên → SMILES
  • Làm sạch PDB — PDB → Thụ thể sạch
  • Bộ chuyển PDBQT — PDB → PDBQT

• Tên → SMILES

  Tên hóa học sang SMILES

  Chuyển tên thuốc hoặc IUPAC thành Canonical SMILES qua PubChem — sẵn sàng cho AutoDock Vina.

  Mở

  Cũng hữu ích tiếp theo

  • Quy tắc 5 — SMILES → Drug-likeness
  • Bộ chuyển PDBQT — PDB → PDBQT
  • Tìm PDB — Protein → PDB ID

• PDB → Thụ thể sạch

  Làm sạch PDB — xóa nước & heteroatom

  Loại bỏ nước HOH và bản ghi HETATM tùy chọn khỏi PDB trong trình duyệt — prep thụ thể sẵn sàng docking.

  Mở

  Cũng hữu ích tiếp theo

  • Tìm PDB — Protein → PDB ID
  • Bộ chuyển PDBQT — PDB → PDBQT
  • Hộp lưới — Ligand → Tâm hộp

• Ligand → Tâm hộp

  Máy tính hộp lưới AutoDock Vina

  Tải ligand tham chiếu PDB/SDF để tính Center X/Y/Z và Size cho hộp tìm kiếm Vina — sao chép config.txt một cú nhấp.

  Mở

  Cũng hữu ích tiếp theo

  • Bộ chuyển PDBQT — PDB → PDBQT
  • Làm sạch PDB — PDB → Thụ thể sạch
  • Tên sang SMILES — Tên → SMILES

• SMILES → Drug-likeness

  Quy tắc Lipinski & kiểm tra drug-likeness

  Dán SMILES để tính MW, LogP, HBD và HBA bằng RDKit.js trong trình duyệt — lọc Lipinski đạt/không đạt trước docking.

  Mở

  Cũng hữu ích tiếp theo

  • Tên sang SMILES — Tên → SMILES
  • Bộ chuyển PDBQT — PDB → PDBQT
  • Tìm PDB — Protein → PDB ID

• PDB → PDBQT

  Bộ chuyển đổi SMILES / SDF / PDB → PDBQT

  PDB sang PDBQT online miễn phí (cả SDF/SMILES) với Open Babel — không MGLTools. Tải file sẵn Vina hoặc tiếp tục docking cloud.

  Mở

  Cũng hữu ích tiếp theo

  • Tên sang SMILES — Tên → SMILES
  • Làm sạch PDB — PDB → Thụ thể sạch
  • Hộp lưới — Ligand → Tâm hộp

Sẵn sàng docking? Mở biểu mẫu AutoDock Vina.