Ferramentas para preparar docking

• Proteína → PDB ID

  Buscar PDB por nome de proteína

  Encontre PDB IDs de alta resolução a partir do nome da proteína (EGFR, ACE2, HER2) e faça docking com um clique.

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  Também útil em seguida

  • Nome para SMILES — Nome → SMILES
  • Limpador PDB — PDB → Receptor limpo
  • Conversor PDBQT — Estrutura → PDBQT

• Nome → SMILES

  Nome químico para SMILES

  Converta nomes de fármacos ou IUPAC em Canonical SMILES via PubChem — pronto para AutoDock Vina.

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  Também útil em seguida

  • Conversor SMILES — SMILES ↔ SDF
  • Regra de 5 — SMILES → Drug-likeness
  • Conversor PDBQT — Estrutura → PDBQT

• SMILES ↔ SDF

  Conversor de SMILES

  Converta SMILES para SDF ou MOL, ou SDF, MOL e PDB de volta para SMILES, no navegador. O nome químico é buscado na mesma página.

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  Também útil em seguida

  • Nome para SMILES — Nome → SMILES
  • Conversor PDBQT — Estrutura → PDBQT
  • Regra de 5 — SMILES → Drug-likeness

• PDB → Receptor limpo

  Limpador PDB — remover água e heteroátomos

  Remova águas HOH e registros HETATM opcionais de um PDB no navegador — prep de receptor pronto para docking.

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  Também útil em seguida

  • Busca PDB — Proteína → PDB ID
  • Conversor PDBQT — Estrutura → PDBQT
  • Caixa grid — Ligante → Centro caixa

• Ligante → Centro caixa

  Calculadora de caixa grid AutoDock Vina

  Envie um ligante de referência PDB/SDF para calcular Center X/Y/Z e Size da caixa de busca Vina — copie config.txt com um clique.

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  Também útil em seguida

  • Conversor PDBQT — Estrutura → PDBQT
  • Limpador PDB — PDB → Receptor limpo
  • Nome para SMILES — Nome → SMILES

• SMILES → Drug-likeness

  Regra de Lipinski e verificador de drug-likeness

  Cole SMILES para calcular MW, LogP, HBD e HBA com RDKit.js no navegador — filtro Lipinski pass/fail antes do docking.

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  Também útil em seguida

  • Nome para SMILES — Nome → SMILES
  • Conversor PDBQT — Estrutura → PDBQT
  • Busca PDB — Proteína → PDB ID

• Estrutura → PDBQT

  Conversor SMILES / SDF / PDB → PDBQT

  Converta SMILES, SDF ou PDB em PDBQT do AutoDock Vina no navegador com Open Babel — sem MGLTools.

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  Também útil em seguida

  • Nome para SMILES — Nome → SMILES
  • Limpador PDB — PDB → Receptor limpo
  • Caixa grid — Ligante → Centro caixa

Exemplo: dockar a Mpro do SARS-CoV-2 (PDB 6LU7)

Pronto para fazer docking? Abrir o formulário AutoDock Vina.