Consulta gratuita RCSB + AlphaFold · Ferramentas Dock
Buscar PDB por nome de proteína
Encontre PDB IDs de alta resolução por nome de proteína e faça docking com um clique — ou use AlphaFold quando não houver cristal.
Os resultados aparecerão aqui — classificados para preparação de docking molecular.
Como encontrar um PDB ID pelo nome da proteína
Você não precisa memorizar códigos de quatro caracteres nem navegar a busca avançada completa do RCSB. Este buscador gratuito de PDB ID consulta a API RCSB Search no navegador, ordena por resolução e liga diretamente ao docking online.
- 1
Digite um nome ou abreviação de proteína
Use nomes gênicos ou de proteína que estudantes realmente buscam — EGFR, ACE2, HER2, CDK2, Spike protein, Mpro. Prefira a abreviação mais usada se o nome sistemático completo der ruído.
- 2
Filtre por espécie (opcional)
Padrão é Homo sapiens (Humano). Mude para Mus musculus (Camundongo) para constructos murinos, ou Todas quando a espécie é desconhecida. Filtros de espécie reduzem downloads de ortólogos errados antes do docking.
- 3
Escolha um hit de alta resolução e dock
Resultados ordenados com menor Å (melhor detalhe experimental) no topo. Abra a página RCSB para confirmar holo/apo e completude do pocket, depois clique em Dockar com este PDB para preencher AutoDock Vina no Dock.
Proteínas populares que estudantes buscam no PDB
Labs de curso e triagem virtual quase sempre começam com um alvo nomeado, não um PDB ID aleatório. Clique em uma proteína para busca RCSB ao vivo ordenada para preparação de docking.
| Proteína | Uso típico | Dica de docking |
|---|---|---|
| Quinase / curso de oncologia | Prefira entradas holo do domínio quinase (~≤2.5 Å) | |
| Entrada viral / labs era COVID | Verifique espécie humana + pocket com ligante | |
| Receptor tirosina quinase | Confirme constructo extracelular vs quinase | |
| Tutoriais de docking ciclo celular | Muitos co-cristais do sítio ATP | |
| Conjuntos didáticos RBD SARS-CoV-2 | Filtre complexo human ACE2 quando relevante | |
| Protease principal (ex.: linhagem 6LU7) | Receptor clássico de dever de casa Vina |
Por que buscar o PDB pelo nome da proteína para docking molecular?
Manuais e trabalhos nomeiam alvos em inglês (“dock contra EGFR”, “usar human ACE2”), mas AutoDock Vina precisa de arquivo de coordenadas concreto — geralmente um PDB ID de quatro caracteres do RCSB Protein Data Bank. Estudantes perdem tempo entre dezenas de entradas que diferem em resolução, organismo, limites de domínio e se ligante co-cristal define o pocket.
Esta ferramenta gratuita online cobre esse fluxo de cauda longa: você sabe o nome da proteína, precisa de estrutura de alta resolução defensável e quer dockar — sem scripts locais ou memorizar IDs como 6LU7. Consultamos RCSB no navegador, preferimos entradas com resolução reportada, ordenamos menor Å primeiro e mostramos espécie para evitar ortólogos errados.
Após escolher um ID, clique em Dockar com este PDB para abrir Dock com receptor preenchido. Combine com SMILES de ligante — converta nomes de fármacos com nosso conversor de nome químico para SMILES — e execute AutoDock Vina online com relatório para download. Para teoria de escolha de estrutura (holo vs apo, loops faltantes), veja O docking molecular precisa de estrutura cristalina?.
Checklist de seleção PDB para docking
Resolução sozinha não basta. Antes de dockar, revise o resumo RCSB com esta checklist amigável para estudantes.
- Resolução: prefira ≤ ~2.5 Å quando disponível (número menor = mais detalhe).
- Organismo: combine com a espécie da tarefa (geralmente humano).
- Holo vs apo: prefira pockets com ligante para Vina de receptor rígido quando possível.
- Resíduos faltantes: verifique backbone do sítio de ligação (sem loops gigantes não resolvidos).
- Cadeia / domínio: confirme domínio quinase, protease ou RBD correto — não constructo errado.
- Método: X-ray e cryo-EM competitivo funcionam; ensembles NMR precisam cuidado extra em coursework.
Como escolher um PDB para docking molecular?
Respostas FAQ curtas para quem buscou “find PDB by protein name”, “PDB ID finder” ou “best PDB for docking EGFR / ACE2”.
Prefira estrutura com menor resolução numérica (ex.: 1.5 Å é melhor que 3.0 Å) — geralmente significa dados experimentais mais densos e side-chains mais claros perto do sítio de ligação.
Quando possível, escolha holo (com ligante) da espécie correta, verifique resíduos do pocket (sem loops grandes não resolvidos) e confirme a cadeia. Depois clique em Dockar com este PDB.
Ferramentas de docking relacionadas
- Nome químico para SMILES
Converta nomes de fármacos ou IUPAC em Canonical SMILES via PubChem — pronto para AutoDock Vina.
- Limpador PDB — remover água e heteroátomos
Remova águas HOH e registros HETATM opcionais de um PDB no navegador — prep de receptor pronto para docking.
- Calculadora de caixa grid AutoDock Vina
Envie um ligante de referência PDB/SDF para calcular Center X/Y/Z e Size da caixa de busca Vina — copie config.txt com um clique.
- Regra de Lipinski e verificador de drug-likeness
Cole SMILES para calcular MW, LogP, HBD e HBA com RDKit.js no navegador — filtro Lipinski pass/fail antes do docking.
- Conversor SMILES / SDF / PDB → PDBQT
Converta SMILES, SDF ou PDB em PDBQT do AutoDock Vina no navegador com Open Babel — sem MGLTools.
- Docking AutoDock Vina online
Cole PDB ID + SMILES, revise a caixa de ligação e execute docking com relatório para download.
- Docking molecular passo a passo
Walkthrough orientado a estudantes da escolha de estrutura à interpretação de scores de afinidade.
- Guia de estrutura cristalina (holo vs apo)
Quando a escolha PDB importa mais para docking de receptor rígido e verificações redock.
- Todas as ferramentas gratuitas de prep para docking
Explore o hub completo — buscador PDB, nome para SMILES, limpador PDB, caixa grid, regra de 5, PDBQT.