Auxiliar gratuito de espaço de busca Vina · Ferramentas Dock
Calculadora de caixa grid AutoDock Vina
Envie um ligante de referência para calcular Center X/Y/Z e Size — copie config.txt ou abra o Dock com caixa personalizada.
Solte aqui um arquivo de ligante de referência
.pdb (HETATM) ou .sdf / .mol · apenas JS local · nunca enviado
Resultado do grid box
Envie um ligante de referência acima. Center e Size aparecerão aqui para seu config.txt do Vina.
Como calcular um grid box do AutoDock Vina online
Você não precisa de PyMOL, ChimeraX ou AutoDockTools só para obter center_x / center_y / center_z e tamanhos da caixa. Envie um ligante de referência, ajuste o padding e copie um trecho config.txt pronto para Vina — tudo no navegador.
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Envie um ligante de referência PDB ou SDF
Prefira uma estrutura holo: lemos HETATM não solvente (ligante co-cristalizado). Também pode enviar ligante extraído .sdf/.mol ou PDB só ligante com registros ATOM. A análise usa apenas a API FileReader.
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Revise Center e ajuste o padding (5–10 Å)
Center é a média aritmética de X/Y/Z dos átomos. Size em cada eixo é a extensão da bounding box do ligante (max − min) mais seu padding. Se houver vários grupos HETATM, escolha o ligante correto antes de copiar.
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Copie config.txt ou inicie o docking
Cole o trecho em um config local do AutoDock Vina, ou clique em Copiar coordenadas e iniciar docking para abrir nosso formulário online com box personalizado pré-preenchido.
O que é um grid box do AutoDock Vina?
O AutoDock Vina não busca em toda a proteína. Ele amostra poses do ligante dentro de um espaço de busca retangular (muitas vezes chamado grid box ou caixa de docking) definido por um ponto central e comprimentos nos eixos X, Y e Z em Ångströms. Esses seis números — center_x, center_y, center_z e size_x, size_y, size_z — são a causa mais comum de resultados de «bolso errado» ou redock falho em trabalhos de estudantes e métodos.
A forma padrão de posicionar a caixa para uma estrutura holo é centralizá-la no ligante de referência co-cristalizado (a molécula já ligada no PDB). A média das coordenadas atômicas desse ligante dá um centro de bolso reprodutível; estender sua bounding box alguns Ångströms dá volume de busca suficiente para análogos sem explodir o espaço de busca.
Esta calculadora gratuita de grid box foi feita para esse fluxo de cauda longa: você já tem PDB ou SDF do ligante, precisa de coordenadas exatas do Vina e quer dockar em seguida — sem instalar AutoDockTools ou scriptar Biopython localmente. Combine a caixa com receptor limpo do nosso limpador PDB e SMILES do ligante de nome para SMILES, depois execute docking na página inicial do Dock.
Parâmetros do grid box no config.txt do Vina explicados
O AutoDock Vina local lê um arquivo config em texto simples. O trecho que esta ferramenta copia corresponde 1:1 às chaves de espaço de busca abaixo.
| Parâmetro | Significado | Como calculamos |
|---|---|---|
| center_x / y / z | Centro geométrico da caixa de busca (Å) | Média das coordenadas atômicas do ligante selecionado |
| size_x / y / z | Comprimento da caixa em cada eixo (Å) | Extensão do ligante (max − min) + padding (5–10 Å) |
| receptor / ligand | Caminhos para entradas PDBQT (Vina local) | Não definido aqui — adicione no seu config após preparação |
| exhaustiveness | Exaustividade da busca global | Não faz parte da caixa; Dock online usa 8 por padrão |
Trecho de exemplo após enviar um ligante de referência:
center_x = 12.345 center_y = -3.210 center_z = 18.900 size_x = 22.5 size_y = 20.0 size_z = 18.0
Quão grande deve ser a caixa de docking?
Caixas grandes demais aumentam falsos positivos e retardam a amostragem; caixas pequenas cortam poses e prejudicam o RMSD de redock. Use estes pontos de partida e verifique com redock de ligante nativo quando possível.
| Caso de uso | Padding sugerido | Caixa típica |
|---|---|---|
| Redock tipo fármaco / análogos próximos | 5–8 Å | ~18–25 Å por lado após padding |
| Peptidomimético maior ou ligante flexível | 8–10 Å | Observe size_z se o bolso for profundo |
| Cubo padrão de curso / Métodos | Muitas vezes cubo fixo 20×20×20 Å | Centralizar no ligante co-cristal; citar PDB + caixa |
| Bolso apo / sem ligante de referência | N/A para esta ferramenta | Use âncoras de resíduos ou predição de bolso |
Para checklist completo de preparação (limpeza do receptor, protonação, verificações de redock), veja preparar receptores e ligantes para AutoDock Vina e o guia de ferramentas AutoDock Vina online.
Quando centralizar a caixa em um ligante de referência
Use esta calculadora quando tiver um inibidor, substrato ou fragmento co-cristalizado no sítio de ligação e quiser que o Vina busque nesse bolso o mesmo ligante (redock) ou análogos próximos. Extraia o ligante como SDF se seu PDB tiver muitos heteroátomos, ou envie o PDB holo completo e selecione o grupo HETATM correto.
Não confie só no centrado do ligante para estruturas apo, sítios alostéricos distantes do ligante co-cristal ou quando o ligante cristalográfico é artefato de cristal (tampão, detergente) e não o ligador farmacologicamente relevante. Nesses casos use pontos médios de resíduos catalíticos, definições de bolso publicadas ou ranking automático de bolsos do Dock — e ainda registre o center_* / size_* final no parágrafo de Métodos.
Antes de dockar análogos, limpe águas e heteroátomos indesejados do receptor com o PDB Cleaner. Mantenha o arquivo de ligante de referência separado para esta calculadora, para que a definição do bolso fique independente do arquivo de preparação do receptor enviado ao Vina.
FAQ da calculadora de grid box
Respostas curtas para estudantes e pesquisadores configurando coordenadas do espaço de busca do AutoDock Vina a partir de um ligante de referência.
O grid box é o volume retangular onde o AutoDock Vina amostra poses do ligante. É definido por um centro (X, Y, Z em Å) e tamanhos em cada eixo. Tudo fora dessa caixa é ignorado durante o docking, então o centro deve ficar no bolso de ligação desejado.
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