免费 Vina 搜索空间助手 · Dock 工具
AutoDock Vina 网格盒计算器
上传参考配体计算 Center X/Y/Z 与 Size — 复制 config.txt 或用自定义盒打开 Dock。
将参考配体文件拖放到此处
.pdb (HETATM) 或 .sdf / .mol · 仅本地 JS · 永不上传
Grid box 结果
请在上方上传参考配体。Center 与 Size 将显示在此处，供 Vina config.txt 使用。
如何在线计算 AutoDock Vina grid box
获取 center_x / center_y / center_z 与 box 尺寸无需 PyMOL、ChimeraX 或 AutoDockTools。上传参考配体、调整 padding，并复制 Vina 就绪的 config.txt 片段 — 全部在浏览器中完成。
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上传参考配体 PDB 或 SDF
优先使用 holo 结构：我们读取非溶剂 HETATM（共晶配体）。也可上传提取的配体 .sdf/.mol 或仅含 ATOM 记录的配体 PDB。解析仅使用 FileReader API。
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查看 Center 并调整 padding（5–10 Å）
Center 为原子 X/Y/Z 的算术平均值。各轴 Size 为配体包围盒跨度（max − min）加上 padding。若存在多个 HETATM 组，复制前请选择目标配体。
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复制 config.txt 或开始 docking
将片段粘贴到本地 AutoDock Vina config，或点击「复制坐标并开始 Docking」打开我们的在线表单并预填自定义 box。
什么是 AutoDock Vina grid box？
AutoDock Vina 不会搜索整个蛋白。它在由中心点及 X、Y、Z 轴长度（Ångström）定义的矩形 搜索空间（常称 grid box 或 docking box）内采样配体位姿。这六个数值 — center_x、center_y、center_z 与 size_x、size_y、size_z — 是学生与方法学写作中「错误口袋」或 redock 失败的最常见原因。
对于 holo 结构，标准做法是将 box 居中于 共晶参考配体（PDB 中已结合的分子）。对该配体原子坐标取平均得到可重复的口袋中心；将配体包围盒扩展数 Å 即可为类似物提供足够搜索体积，同时避免搜索空间过大。
此免费 grid box 计算器面向该长尾流程：您已有配体 PDB 或 SDF，需要精确 Vina 坐标并想继续 docking — 无需本地安装 AutoDockTools 或编写 Biopython 脚本。将 box 与 PDB cleaner 清理的受体及 name to SMILES 的配体 SMILES 配合使用，然后在 Dock 首页 运行 docking。
Vina config.txt grid box 参数说明
本地 AutoDock Vina 读取纯文本 config 文件。本工具复制的片段与下方搜索空间键一一对应。
| 参数 | 含义 | 计算方式 |
|---|---|---|
| center_x / y / z | 搜索 box 的几何中心 (Å) | 所选配体原子坐标的平均值 |
| size_x / y / z | 各轴 box 长度 (Å) | 配体跨度 (max − min) + padding (5–10 Å) |
| receptor / ligand | PDBQT 输入路径（本地 Vina） | 此处未设置 — 准备后在您自己的 config 中添加 |
| exhaustiveness | 全局搜索 thoroughness | 不属于 box；Dock 在线默认使用 8 |
上传参考配体后的示例片段：
center_x = 12.345 center_y = -3.210 center_z = 18.900 size_x = 22.5 size_y = 20.0 size_z = 18.0
docking box 应设多大？
过大的 box 会增加假阳性并减慢采样；过小的 box 会裁剪位姿并损害 redock RMSD。以下列起点为准，并在可能时用 native-ligand redock 验证。
| 使用场景 | 建议 padding | 典型 box |
|---|---|---|
| 类药 redock / 相近类似物 | 5–8 Å | padding 后每边约 18–25 Å |
| 较大 peptidomimetic 或柔性配体 | 8–10 Å | 深口袋时注意 size_z |
| 课程 / Methods 默认立方体 | 常为固定 20×20×20 Å 立方体 | 以共晶配体居中；引用 PDB + box |
| Apo 口袋 / 无参考配体 | 本工具不适用 | 改用残基锚点或口袋预测 |
完整准备清单（受体清理、质子化、redock 检查）见 AutoDock Vina 受体与配体准备 与 AutoDock Vina 在线工具指南。
何时以参考配体居中 box
使用本计算器 当您有共晶抑制剂、底物或片段位于结合位点，希望 Vina 在该口袋搜索同一配体（redock）或相近类似物时。若 PDB 杂原子较多，可将配体提取为 SDF；或上传完整 holo PDB 并选择正确的 HETATM 组。
不要仅依赖配体居中 用于 apo 结构、远离共晶配体的变构位点，或当晶体配体为晶体假象（缓冲液、去污剂）而非药理学相关结合物时。此类情况请使用催化残基中点、已发表口袋定义或 Dock 的自动口袋排序 — 仍须在 Methods 段落记录最终 center_* / size_*。
对接类似物前，请用 PDB Cleaner 清理受体中的水与不需要的杂原子。将参考配体文件单独保留供本计算器使用，使口袋定义与您提交给 Vina 的受体准备文件相互独立。
Grid box 计算器 FAQ
面向学生与研究人员从参考配体设置 AutoDock Vina 搜索空间坐标的简明解答。
grid box 是 AutoDock Vina 采样配体位姿的矩形体积。由中心（X、Y、Z，单位 Å）及各轴尺寸定义。box 外的一切在 docking 中被忽略，因此中心应位于目标结合口袋。
相关对接工具
- 按蛋白名称搜索 PDB
从蛋白名称（EGFR、ACE2、HER2）查找高分辨率 PDB ID，一键对接。
- 化学名转 SMILES
通过 PubChem 将药物或 IUPAC 名称转换为 Canonical SMILES — 可用于 AutoDock Vina。
- PDB 清理 — 去除水分子与杂原子
在浏览器中从 PDB 去除 HOH 水分子及可选 HETATM 记录 — 对接就绪的受体预处理。
- Lipinski 五规则与类药性检查
粘贴 SMILES，在浏览器中用 RDKit.js 计算 MW、LogP、HBD 和 HBA — 对接前通过/未通过 Lipinski 筛选。
- SMILES / SDF / PDB → PDBQT 转换器
在浏览器中用 Open Babel 将 SMILES、SDF 或 PDB 转换为 AutoDock Vina PDBQT — 无需 MGLTools。
- 在线 AutoDock Vina docking
粘贴 PDB ID 或上传受体，添加 SMILES，设置 grid box，运行 docking 并下载报告。
- 分子对接分步指南
面向学生的端到端流程：受体、配体、结合 box、Vina 运行及如何报告亲和力与位姿。
- 全部免费对接预处理工具
浏览完整工具中心 — PDB 查找、化学名转 SMILES、PDB 清理、网格盒、五规则、PDBQT。