浏览器内免费转换 · Dock 工具
SMILES 转换
SMILES 转 SDF 或 MOL，结构文件转回 SMILES，或用化合物名称查出 SMILES，然后直接对接。
把结构文件拖到这里
.sdf / .mol / .pdb / .smi，转换在浏览器内完成
首次使用会下载一次 Open Babel，之后在本机转换。
转换结果
转换结果会显示在这里。SDF 和 MOL 会同时开始下载。
SMILES 怎么转换
SMILES 是分子的一行文本。SDF 和 MOL 是画图软件和对接预处理更常要的结构文件。本页在浏览器里做这几种格式互转；还没有 SMILES 时，也可以用化合物名称向 PubChem 查询。
- 1
选择方向
SMILES → SDF 或 MOL 会生成三维结构（按 pH 7.4 加氢）。SDF / MOL / PDB → SMILES 把文件读回一行 SMILES。化合物名称 → SMILES 走 PubChem。
- 2
粘贴或上传
批量小配体可以每行一个 SMILES。文件则拖入 SDF、MOL 或 PDB。名称栏可以填 Aspirin 这类英文药名。
- 3
下载，或直接对接
复制 SMILES 到表格，下载结构文件，或把 SMILES 送进 Dock 的 AutoDock Vina。本地 Vina 命令行要的 PDBQT 在另一个转换器里。
试一个分子
点击后填入表单，不会保存。
| 化合物 | 常见用途 | 你会得到 |
|---|---|---|
| 小分子药物，适合第一次试 | SMILES 与紧凑的 SDF | |
| 课程里常见的 NSAID | 有柔性链，仍是配体大小 | |
| 刚性杂环 | SMILES 短，三维嵌入干净 | |
| 天然产物黄酮 | 学生课题里常见配体 |
该用哪个转换
搜索「SMILES 转换」时用本页：已有 SMILES，要 SDF 或 MOL；或已有结构文件，要那一行 SMILES。只做名称这一步时，化学名转 SMILES 是同一个 PubChem 查询。
这里得到的 SMILES 或 SDF 可以直接填进 Dock 的 AutoDock Vina 表单，但不是 PDBQT。本地 Vina 和 AutoDock 仍要 PDBQT，用 PDBQT 转换器 下载；也可以不落文件，在线对接。
SMILES 转换常见问题
相关对接工具
- 按蛋白名称搜索 PDB
从蛋白名称（EGFR、ACE2、HER2）查找高分辨率 PDB ID，一键对接。
- 化学名转 SMILES
通过 PubChem 将药物或 IUPAC 名称转换为 Canonical SMILES — 可用于 AutoDock Vina。
- PDB 清理 — 去除水分子与杂原子
在浏览器中从 PDB 去除 HOH 水分子及可选 HETATM 记录 — 对接就绪的受体预处理。
- AutoDock Vina 网格盒计算器
上传参考配体 PDB/SDF，计算 Vina 搜索盒的 Center X/Y/Z 与 Size — 一键复制 config.txt。
- 用这条 SMILES 做 AutoDock Vina
PDB ID 加上这条 SMILES。不用在本机安装 Vina 或 Open Babel。
- 全部免费对接预处理工具
浏览完整工具中心 — PDB 查找、化学名转 SMILES、PDB 清理、网格盒、五规则、PDBQT。