Chuyển miễn phí trên trình duyệt · Công cụ Dock
Chuyển đổi SMILES
SMILES sang SDF hoặc MOL, file cấu trúc trở lại SMILES, hoặc tên hóa chất thành một dòng SMILES.
Thả file cấu trúc vào đây
.sdf / .mol / .pdb / .smi — chuyển ngay trên trình duyệt
Lần đầu sẽ tải Open Babel. Các lần sau chuyển trên máy này.
Kết quả
Kết quả hiện ở đây. SDF và MOL cũng được tải xuống.
Cách chuyển SMILES
SMILES là một dòng chữ của phân tử. SDF và MOL là file cấu trúc mà phần mềm vẽ và bước chuẩn bị docking thường yêu cầu. Trang này chuyển các định dạng đó trên trình duyệt, và có thể tra tên trên PubChem.
- 1
Chọn hướng
SMILES → SDF hoặc MOL tạo file 3D (hydro ở pH 7.4). SDF / MOL / PDB → SMILES đọc lại thành một dòng. Tên hóa chất dùng PubChem.
- 2
Dán hoặc tải lên
Mỗi dòng một SMILES là đủ cho một lô ligand nhỏ. Với file, thả SDF, MOL hoặc PDB.
- 3
Tải xuống, hoặc docking
Chép SMILES, tải file cấu trúc, hoặc gửi vào AutoDock Vina trên Dock. PDBQT cho Vina cục bộ nằm ở bộ chuyển khác.
Thử một phân tử
Bấm để điền biểu mẫu. Không được lưu.
| Hợp chất | Cách dùng thường gặp | Bạn nhận được |
|---|---|---|
| Thuốc nhỏ, lần thử đầu | SMILES ↔ SDF gọn | |
| NSAID trong bài tập | Chuỗi linh hoạt, vẫn cỡ ligand | |
| Vòng dị vòng cứng | SMILES ngắn, nhúng 3D sạch | |
| Flavonoid sản phẩm tự nhiên | Ligand sinh viên hay dùng |
Dùng bộ chuyển nào
Dùng trang này khi cần “chuyển SMILES”: có SMILES và cần SDF hoặc MOL, hoặc có file và cần dòng SMILES. Tên hóa chất sang SMILES là cùng một tra cứu PubChem.
SMILES hoặc SDF ở đây đi vào biểu mẫu AutoDock Vina. Đó không phải PDBQT. Dòng lệnh cục bộ dùng bộ chuyển PDBQT, hoặc docking trực tuyến.
Câu hỏi chuyển SMILES
Công cụ docking liên quan
- Tìm PDB theo tên protein
Tìm PDB ID độ phân giải cao từ tên protein (EGFR, ACE2, HER2) và docking một cú nhấp.
- Tên hóa học sang SMILES
Chuyển tên thuốc hoặc IUPAC thành Canonical SMILES qua PubChem — sẵn sàng cho AutoDock Vina.
- Làm sạch PDB — xóa nước & heteroatom
Loại bỏ nước HOH và bản ghi HETATM tùy chọn khỏi PDB trong trình duyệt — prep thụ thể sẵn sàng docking.
- Máy tính hộp lưới AutoDock Vina
Tải ligand tham chiếu PDB/SDF để tính Center X/Y/Z và Size cho hộp tìm kiếm Vina — sao chép config.txt một cú nhấp.
- Dock SMILES này bằng AutoDock Vina
PDB ID cộng SMILES này. Không cần cài Vina hay Open Babel.
- Tất cả công cụ prep docking miễn phí
Duyệt hub công cụ đầy đủ — tìm PDB, tên sang SMILES, làm sạch PDB, hộp lưới, quy tắc 5, PDBQT.