Tra cứu miễn phí PubChem · Công cụ Dock
Bộ chuyển tên hóa học sang SMILES
Tạo Canonical SMILES và cấu trúc 2D ngay từ bất kỳ thuốc, sản phẩm tự nhiên hoặc tên IUPAC — sẵn sàng cho docking phân tử.
Dùng tên thuốc tiếng Anh hoặc tên IUPAC (vd. Aspirin). PubChem không hỗ trợ tên tiếng Trung hoặc bảng chữ cái phi Latin khác.
Kết quả sẽ hiển thị tại đây — SMILES, cấu trúc 2D và liên kết dock một cú nhấp.
Cách chuyển tên hóa học sang SMILES
Bạn không cần ChemDraw, Open Babel hay PubChem cục bộ. Bộ chuyển đổi miễn phí này gọi API PubChem PUG REST trên trình duyệt và trả về chuỗi SMILES sẵn sàng docking trong vài giây.
- 1
Nhập tên hoặc tên đồng nghĩa
Dùng tên thuốc phổ biến (Aspirin), INN, tên thương mại hoặc IUPAC đầy đủ. Nếu lần đầu không khớp, ưu tiên tên đồng nghĩa phổ biến nhất.
- 2
Nhận Canonical SMILES + cấu trúc 2D
Chúng tôi khớp tên trên PubChem, hiển thị hình 2D và Canonical SMILES (kết nối) để sao chép cho notebook, script hoặc AutoDock Vina.
- 3
Dock trực tuyến một cú nhấp
Nhấp Dock với ligand này để mở biểu mẫu AutoDock Vina với SMILES điền sẵn. Kết hợp với PDB ID (hoặc dùng công cụ tìm PDB theo tên protein) và chạy docking trên trình duyệt.
Hợp chất phổ biến sinh viên chuyển sang SMILES
Bài tập và sàng lọc ảo ban đầu thường bắt đầu từ phân tử quen thuộc. Nhấp tên để tra SMILES PubChem trực tiếp, rồi dock với PDB mục tiêu.
| Hợp chất | Công dụng thường gặp | Ghi chú |
|---|---|---|
| NSAID / ligand dạy học | CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O | |
| Axit carboxylic drug-like | CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1 | |
| Flavonoid tự nhiên | Khung polyphenol (tra trực tiếp) | |
| Ức chế kinase kinh điển | Ligand ung thư uống lớn hơn | |
| Analog nucleotide | Kháng virus / ví dụ thời COVID | |
| Khung steroid | Ligand vòng hợp cứng |
Vì sao chuyển tên hóa học sang SMILES trước khi docking?
Bài báo và sổ tay lab đặt tên ligand bằng tiếng Anh (“quercetin”, “remdesivir”), nhưng engine docking cần cấu trúc máy đọc được. SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) mã hóa nguyên tử và liên kết thành một dòng — không cần SDF cho một hợp chất. Pipeline AutoDock Vina trực tuyến thường dựng 3D, proton hóa ở pH chọn, rồi ghi PDBQT ligand.
Tìm PubChem theo tên là cách nhanh nhất lấy Canonical SMILES đáng tin khi chưa có ChemDraw. Trang này phục vụ truy vấn đuôi dài: bạn biết hợp chất, cần chuỗi, muốn dock — không cài RDKit hay Open Babel cục bộ.
Sau chuyển đổi, ghép ligand với PDB ID thụ thể. Nếu chỉ biết tên protein (EGFR, ACE2, CDK2), dùng công cụ tìm PDB theo tên protein của chúng tôi, rồi chạy docking trên trang chủ Dock.
FAQ tên sang SMILES
Câu trả lời ngắn cho sinh viên chuyển tên thuốc, IUPAC và tên đồng nghĩa thành SMILES sẵn sàng docking.
SMILES là ký hiệu văn bản gọn cho cấu trúc phân tử. Nguyên tử và liên kết viết bằng ký tự — ví dụ aspirin thường là CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O. Vòng, nhánh, điện tích và stereochemistry nằm trong một dòng mà cơ sở dữ liệu và công cụ docking parse được.
Công cụ docking liên quan
- Tìm PDB theo tên protein
Tìm PDB ID độ phân giải cao từ tên protein (EGFR, ACE2, HER2) và docking một cú nhấp.
- Làm sạch PDB — xóa nước & heteroatom
Loại bỏ nước HOH và bản ghi HETATM tùy chọn khỏi PDB trong trình duyệt — prep thụ thể sẵn sàng docking.
- Máy tính hộp lưới AutoDock Vina
Tải ligand tham chiếu PDB/SDF để tính Center X/Y/Z và Size cho hộp tìm kiếm Vina — sao chép config.txt một cú nhấp.
- Quy tắc Lipinski & kiểm tra drug-likeness
Dán SMILES để tính MW, LogP, HBD và HBA bằng RDKit.js trong trình duyệt — lọc Lipinski đạt/không đạt trước docking.
- Bộ chuyển đổi SMILES / SDF / PDB → PDBQT
PDB sang PDBQT online miễn phí (cả SDF/SMILES) với Open Babel — không MGLTools. Tải file sẵn Vina hoặc tiếp tục docking cloud.
- Docking AutoDock Vina trực tuyến
Dán PDB ID + SMILES, xem lại hộp binding và chạy docking với báo cáo tải về.
- Tất cả công cụ prep docking miễn phí
Duyệt hub công cụ đầy đủ — tìm PDB, tên sang SMILES, làm sạch PDB, hộp lưới, quy tắc 5, PDBQT.