無料 PubChem 検索 · Dock ツール
化学名から SMILES コンバーター
任意の薬物、天然物、IUPAC 名から Canonical SMILES と 2D 構造を即座生成 — 分子ドッキング対応。
英語の薬名または IUPAC 名（例: Aspirin）を使用してください。PubChem は中国語など非ラテン文字の名称に対応していません。
検索結果はここに表示されます — SMILES、2D 構造、ワンクリックドッキングリンク。
化学名を SMILES に変換する方法
ChemDraw、Open Babel、ローカル PubChem は不要です。この無料コンバーターはブラウザから PubChem PUG REST API を呼び出し、数秒でドッキング用 SMILES 文字列を返します。
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名称または同義語を入力
一般名（Aspirin）、INN、商品名同義語、または完全 IUPAC 名を使用。最初の試行が失敗したら、最も一般的な同義語を優先してください。
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Canonical SMILES + 2D 構造を取得
PubChem で名称を解決し、2D 図と Canonical（連結性）SMILES を表示。ノートブック、スクリプト、AutoDock Vina 入力用にコピーできます。
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ワンクリックでオンラインドッキング
「このリガンドでドッキング」をクリックすると SMILES が事前入力された AutoDock Vina フォームが開きます。PDB ID（またはタンパク質名 PDB 検索）と組み合わせ、ブラウザでドッキングを実行。
学生が SMILES に変換する代表的な化合物
演習や初期バーチャルスクリーニングは馴染みの分子から始まることが多いです。名称をクリックして PubChem のライブ SMILES を取得し、標的 PDB にドッキング。
| 化合物 | 典型的な用途 | メモ |
|---|---|---|
| NSAID / 教学リガンド | CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O | |
| drug-like カルボン酸 | CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1 | |
| 天然フラボノイド | ポリフェノール骨格（ライブ検索） | |
| 古典的キナーゼ阻害剤 | 経口オンコロジーリガンド（大型） | |
| ヌクレオチド類似体 | 抗ウイルス / COVID 時代の例 | |
| ステロイド骨格 | 剛性融合環リガンド |
ドッキングの前に化学名を SMILES に変換する理由
論文や実験マニュアルではリガンドが英語名（quercetin、remdesivir など）ですが、ドッキングエンジンは機械可読な構造が必要です。SMILES（Simplified Molecular Input Line Entry System）は原子と結合を1行のテキストで符号化 — 単一化合物なら SDF アップロード不要。オンライン AutoDock Vina パイプラインは SMILES から 3D を構築し、指定 pH でプロトン化してからリガンド PDBQT を生成します。
ChemDraw がなくても、名称で PubChem を検索するのが信頼できる Canonical SMILES を得る最速の方法です。このページは「化合物は分かる、文字列が欲しい、次はドッキング」というロングテール向け — ローカル RDKit や Open Babel のインストールは不要です。
変換後、リガンドを受容体 PDB ID と組み合わせます。タンパク質名（EGFR、ACE2、CDK2）しか知らない場合は、タンパク質名 PDB 検索ツールを使い、Dock ホームページでドッキングを実行してください。
名称→SMILES FAQ
薬名、IUPAC 名、同義語をドッキング用 SMILES に変換する学生向けの短い回答。
SMILES は分子構造のコンパクトなテキスト表記です。原子と結合を文字で書きます — 例えば aspirin は CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O が一般的。環、分岐、電荷、立体化学も1行に収まり、データベースやドッキングツールが解析できます。
関連ドッキングツール
- タンパク質名で PDB 検索
タンパク質名（EGFR、ACE2、HER2）から高分解能 PDB ID を見つけ、ワンクリックでドッキング。
- PDB クリーナー — 水分子とヘテロ原子を除去
ブラウザで PDB から HOH 水分子と任意の HETATM レコードを除去 — ドッキング準備済み受容体前処理。
- AutoDock Vina グリッドボックス計算
参照リガンド PDB/SDF をアップロードし、Vina 検索ボックスの Center X/Y/Z と Size を計算 — config.txt をワンクリックでコピー。
- Lipinski 五則と薬物様性チェック
SMILES を貼り付け、ブラウザ内 RDKit.js で MW、LogP、HBD、HBA を計算 — ドッキング前に Lipinski 合格/不合格。
- SMILES / SDF / PDB → PDBQT コンバーター
Open Babel でブラウザ内 SMILES、SDF、PDB を AutoDock Vina PDBQT に変換 — MGLTools 不要。
- オンライン AutoDock Vina ドッキング
PDB ID + SMILES を貼り付け、結合ボックスを確認し、ダウンロード可能なレポート付きでドッキングを実行。
- すべての無料ドッキング前処理ツール
ツールハブ全体を閲覧 — PDB 検索、化学名→SMILES、PDB クリーナー、グリッドボックス、五則、PDBQT。