無料 Vina 探索空間ヘルパー · Dock ツール
AutoDock Vina グリッドボックス計算
参照リガンドをアップロードして Center X/Y/Z と Size を計算 — config.txt をコピーまたはカスタムボックスで Dock を開く。
参照リガンドファイルをここにドロップ
.pdb (HETATM) または .sdf / .mol · ローカル JS のみ · アップロードなし
Grid box 結果
上に参照リガンドをアップロードしてください。Center と Size が Vina の config.txt 用にここに表示されます。
AutoDock Vina grid box をオンラインで計算する方法
center_x / center_y / center_z と box サイズを得るために PyMOL、ChimeraX、AutoDockTools は不要です。参照リガンドをアップロードし、padding を調整して Vina 対応の config.txt スニペットをコピー — すべてブラウザ内で完結します。
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参照リガンド PDB または SDF をアップロード
holo 構造を推奨：非溶媒 HETATM（共結晶リガンド）を読み取ります。抽出したリガンド .sdf/.mol や ATOM レコードのみのリガンド PDB もアップロード可能です。解析は FileReader API のみを使用します。
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Center を確認し padding を調整（5–10 Å）
Center は原子 X/Y/Z の算術平均です。各軸の Size はリガンドのバウンディングボックススパン（max − min）に padding を加えた値です。HETATM グループが複数ある場合は、コピー前に対象リガンドを選択してください。
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config.txt をコピーまたは docking を開始
スニペットをローカルの AutoDock Vina config に貼り付けるか、「座標をコピーして Docking を開始」をクリックしてカスタム box が事前入力されたオンラインフォームを開きます。
AutoDock Vina grid box とは？
AutoDock Vina はタンパク質全体を探索しません。中心点と X、Y、Z 軸方向の長さ（Ångström）で定義される長方形の 探索空間（grid box または docking box と呼ばれる）内でリガンドポーズをサンプリングします。center_x、center_y、center_z と size_x、size_y、size_z の 6 つの数値は、学生や方法論の記述で「誤ったポケット」や redock 失敗の最も一般的な原因です。
holo 構造で box を配置する標準的な方法は、共結晶参照リガンド（PDB に既に結合している分子）を中心に置くことです。そのリガンドの原子座標の平均は再現可能なポケット中心を与え、バウンディングボックスを数 Ångström 拡張すれば、探索空間を爆発させずに analog 向けの十分な探索体積が得られます。
この無料 grid box 計算機は、そのロングテールワークフロー向けに作られています：リガンド PDB または SDF を既にお持ちで、正確な Vina 座標が必要で、次に dock したい — AutoDockTools のインストールや Biopython のローカルスクリプトは不要です。box を PDB cleaner でクリーンアップした受容体と name to SMILES のリガンド SMILES と組み合わせ、Dock ホームページ で docking を実行してください。
Vina config.txt grid box パラメータの説明
ローカル AutoDock Vina はプレーンテキストの config ファイルを読み取ります。このツールがコピーするスニペットは、下記の探索空間キーと 1:1 で対応します。
| パラメータ | 意味 | 計算方法 |
|---|---|---|
| center_x / y / z | 探索 box の幾何中心 (Å) | 選択リガンド原子座標の平均 |
| size_x / y / z | 各軸方向の box 長 (Å) | リガンドスパン (max − min) + padding (5–10 Å) |
| receptor / ligand | PDBQT 入力へのパス（ローカル Vina） | ここでは未設定 — 準備後に独自 config に追加 |
| exhaustiveness | グローバル探索の thoroughness | box の一部ではない；Dock オンラインはデフォルト 8 |
参照リガンドをアップロードした後のスニペット例：
center_x = 12.345 center_y = -3.210 center_z = 18.900 size_x = 22.5 size_y = 20.0 size_z = 18.0
docking box はどのくらいの大きさにすべき？
大きすぎる box は偽陽性を増やしサンプリングを遅くします。小さすぎる box はポーズを切り取り redock RMSD を悪化させます。これらの出発点を使い、可能なら native-ligand redock で検証してください。
| 使用例 | 推奨 padding | 典型的な box |
|---|---|---|
| 薬様 redock / 近い analog | 5–8 Å | padding 後各辺約 18–25 Å |
| より大きな peptidomimetic または柔軟なリガンド | 8–10 Å | ポケットが深い場合は size_z に注意 |
| coursework / Methods デフォルト立方体 | しばしば固定 20×20×20 Å 立方体 | 共結晶リガンドを中心に；PDB + box を引用 |
| Apo ポケット / 参照リガンドなし | このツールでは N/A | 残基アンカーまたはポケット予測を使用 |
完全な準備チェックリスト（受容体クリーンアップ、プロトン化、redock 確認）については、AutoDock Vina 用受容体・リガンドの準備とAutoDock Vina オンラインツールガイドを参照してください。
参照リガンドを中心に box を置く場合
この計算機を使用するのは、結合部位に共結晶阻害剤、基質、またはフラグメントがあり、Vina にそのポケットで同一リガンド（redock）や近い analog を探索させたい場合です。PDB に heteroatom が多い場合はリガンドを SDF として抽出するか、holo PDB 全体をアップロードして正しい HETATM グループを選択してください。
リガンド中心だけに頼らないでください：apo 構造、共結晶リガンドから遠いアロステリック部位、または結晶リガンドが薬理的に関連する結合物ではなく結晶アーティファクト（緩衝液、界面活性剤）の場合。これらの場合は触媒残基の中点、公開されたポケット定義、または Dock の自動ポケットランキングを使用し — Methods 段落には最終的な center_* / size_* を記録してください。
analog を dock する前に、PDB Cleaner で受容体から水と不要な heteroatom を除去してください。ポケット定義が Vina に提出する受容体準備ファイルと独立するよう、参照リガンドファイルはこの計算機用に別途保持してください。
Grid box 計算機 FAQ
参照リガンドから AutoDock Vina 探索空間座標を設定する学生・研究者向けの簡潔な回答。
grid box は AutoDock Vina がリガンドポーズをサンプリングする長方形の体積です。中心（X、Y、Z、単位 Å）と各軸のサイズで定義されます。box 外は docking 中に無視されるため、中心は意図した結合ポケットに置く必要があります。
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