ブラウザ内 Open Babel · Dock ツール
SMILES / SDF / PDB → PDBQT コンバーター
Open Babel WASM でリガンドを AutoDock Vina PDBQT に変換 — MGLTools インストール不要。
分子ファイルをここにドロップ
またはクリックして参照 · 変換はローカル
初回実行で Open Babel エンジンを一度ダウンロード。
変換結果
成功した変換は .pdbqt を自動ダウンロード。概要がここに表示されます。
SMILES、SDF、PDB を PDBQT にオンライン変換する方法
AutoDock Vina y AutoDock 4 esperan ligandos (y a menudo receptores) como PDBQT. Este convertidor gratuito ejecuta Open Babel WebAssembly en su navegador.
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Elija formato de entrada (o Auto-detectar)
Seleccione SMILES, SDF, MOL, MOL2 o PDB — o deje Auto-detectar. Suba un archivo o pegue texto. Empareje nombres de fármacos con nuestra herramienta nombre a SMILES si solo tiene IUPAC o nombre comercial.
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Convierta en el navegador con Open Babel
En el primer uso cargamos el motor Open Babel (~8 MB). Los SMILES obtienen embedding 3D; hidrógenos a pH 7.4; cargas Gasteiger y tipos AutoDock en PDBQT.
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Descargue .pdbqt y acople
El archivo se descarga automáticamente para scripts Vina/Smina locales. O haga clic en ¡Formato listo! para Meeko + AutoDock Vina en línea en Dock.
¿Qué es PDBQT y por qué lo necesita AutoDock Vina?
PDBQT extiende la tabla PDB con carga parcial (Q) y tipo de átomo AutoDock (T).
Históricamente se instalaba MGLTools / AutoDockTools o se ejecutaba obabel. Esta página ofrece la misma intención en el navegador.
En trabajos en la nube de Dock puede omitir PDBQT manual: pegue PDB ID y SMILES y Meeko prepara server-side. Use este convertidor para archivos descargables.
Formatos moleculares soportados para conversión PDBQT
Elija la ruta según cómo almacena su estructura. Entradas tamaño ligando son el punto ideal para WASM en navegador.
SMILES → PDBQT
Pegue notación lineal (SMILES de PubChem o nuestra herramienta nombre a SMILES). Open Babel embede 3D, añade H a pH 7.4 y escribe tipos AutoDock.
SDF / MOL → PDBQT
Suba tabla de conexión MDL. SDF multi-molécula se concatena en un flujo PDBQT.
PDB → PDBQT
Use extractos PDB tamaño ligando. Receptores cristalinos completos pueden exceder memoria del navegador.
MOL2 → PDBQT
MOL2 Tripos aceptado para re-tipar átomos sin MGLTools.
Pruebe SMILES de ejemplo → PDBQT
Haga clic en un compuesto familiar para pegar SMILES y ejecutar el convertidor en vivo.
| Compuesto | Uso típico | Qué esperar |
|---|---|---|
| Ligando tutorial mínimo | PDBQT diminuto — buena primera prueba | |
| Ejemplo clásico oral | Orgánico pequeño con éster + ácido | |
| Ligando AINE de curso | Cadena lateral flexible → TORSDOF en Vina | |
| Demo heterociclo rígido | PDBQT anillo fusionado compacto |
Open Babel vs MGLTools vs Meeko para PDBQT
Los tres producen PDBQT, pero encajan en distintas etapas del flujo de acoplamiento.
| Herramienta | Mejor para | Cargas / tipado | Instalación |
|---|---|---|---|
| Este convertidor (Open Babel WASM) | Ligando SDF/SMILES → PDBQT rápido en navegador | Gasteiger–Marsili | Ninguna (primera carga ~8 MB WASM) |
| MGLTools / AutoDockTools | Prep receptor legacy, cadenas flexibles, GUI ADT | Gasteiger (ADT) / personalizado | Stack Python de escritorio |
| Meeko (nube Dock) | Prep producción Vina con TORSDOF | Meeko / tipado AutoDock | Ninguna en Dock — server-side |
| obabel CLI | Scripts por lotes en portátil o HPC | Gasteiger vía --partialcharge | conda / apt Open Babel |
Equivalente CLI: obabel input.sdf -O out.pdbqt -h --partialcharge gasteiger.
分子ドッキング前に PDBQT に変換する理由
Los motores de acoplamiento no ven un boceto ChemDraw como los humanos. Convertir a PDBQT añade protonación, cargas y tipado para que Vina evalúe términos de forma consistente.
Secuencia práctica en Dock: nombre químico → SMILES, filtro Lipinski Rule of 5, nombre proteína → PDB ID, limpiar aguas / HETATM, caja grid, luego este convertidor PDBQT o la página principal Dock.
Esta página cubre PDB a PDBQT online, convertidor SDF a PDBQT, SMILES a PDBQT gratis y preparar ligando para Vina sin MGLTools.
PDBQT ligando vs receptor — límites prácticos
Ligandos convierten bien en el navegador.
Receptores completos son más pesados; prefiera PDB Cleaner + Meeko en la nube de Dock.
Límites suaves: ~2.5 MB de texto y ~20 000 átomos.
PDBQT コンバーター FAQ
Respuestas breves para preparar ligandos AutoDock Vina desde SMILES, SDF o PDB sin MGLTools.
PDBQT es un archivo de coordenadas tipo PDB que también almacena cargas parciales (Q) y tipos de átomo AutoDock (T).
関連ドッキングツール
- タンパク質名で PDB 検索
タンパク質名（EGFR、ACE2、HER2）から高分解能 PDB ID を見つけ、ワンクリックでドッキング。
- 化学名から SMILES
PubChem 経由で薬物名または IUPAC 名を Canonical SMILES に変換 — AutoDock Vina 対応。
- PDB クリーナー — 水分子とヘテロ原子を除去
ブラウザで PDB から HOH 水分子と任意の HETATM レコードを除去 — ドッキング準備済み受容体前処理。
- AutoDock Vina グリッドボックス計算
参照リガンド PDB/SDF をアップロードし、Vina 検索ボックスの Center X/Y/Z と Size を計算 — config.txt をワンクリックでコピー。
- Lipinski 五則と薬物様性チェック
SMILES を貼り付け、ブラウザ内 RDKit.js で MW、LogP、HBD、HBA を計算 — ドッキング前に Lipinski 合格/不合格。
- オンライン AutoDock Vina ドッキング
PDB ID を貼り、SMILES を追加し、Meeko prep 付きクラウドドッキングを実行。
- すべての無料ドッキング前処理ツール
ツールハブ全体を閲覧 — PDB 検索、化学名→SMILES、PDB クリーナー、グリッドボックス、五則、PDBQT。