Tanpa MGLTools · Alat Dock
PDB ke PDBQT Online
Konversi PDB, SDF, atau SMILES ke PDBQT AutoDock Vina di browser — lewati crash MGLTools dan instalasi conda.
Letakkan file molekul di sini
atau klik untuk browse · konversi tetap lokal
Jalankan pertama mengunduh mesin Open Babel sekali.
Hasil konversi
Konversi berhasil otomatis mengunduh .pdbqt.
Cara konversi PDB ke PDBQT online (juga SDF / SMILES)
Mencari PDB ke PDBQT online atau “tanpa MGLTools”? AutoDock Vina membutuhkan PDBQT — koordinat plus muatan parsial (Q) dan tipe atom AutoDock (T). Konverter gratis ini menjalankan Open Babel WebAssembly di browser Anda.
- 1
Elija formato de entrada (o Auto-detectar)
Seleccione SMILES, SDF, MOL, MOL2 o PDB — o deje Auto-detectar. Suba un archivo o pegue texto. Empareje nombres de fármacos con nuestra herramienta nombre a SMILES si solo tiene IUPAC o nombre comercial.
- 2
Convierta en el navegador con Open Babel
En el primer uso cargamos el motor Open Babel (~8 MB). Los SMILES obtienen embedding 3D; hidrógenos a pH 7.4; cargas Gasteiger y tipos AutoDock en PDBQT.
- 3
Descargue .pdbqt y acople
El archivo se descarga automáticamente para scripts Vina/Smina locales. O haga clic en ¡Formato listo! para Meeko + AutoDock Vina en línea en Dock.
¿Qué es PDBQT y por qué lo necesita AutoDock Vina?
PDBQT extiende la tabla PDB con carga parcial (Q) y tipo de átomo AutoDock (T).
Históricamente se instalaba MGLTools / AutoDockTools o se ejecutaba obabel. Esta página ofrece la misma intención en el navegador.
En trabajos en la nube de Dock puede omitir PDBQT manual: pegue PDB ID y SMILES y Meeko prepara server-side. Use este convertidor para archivos descargables.
Formatos moleculares soportados para conversión PDBQT
Elija la ruta según cómo almacena su estructura. Entradas tamaño ligando son el punto ideal para WASM en navegador.
SMILES → PDBQT
Pegue notación lineal (SMILES de PubChem o nuestra herramienta nombre a SMILES). Open Babel embede 3D, añade H a pH 7.4 y escribe tipos AutoDock.
SDF / MOL → PDBQT
Suba tabla de conexión MDL. SDF multi-molécula se concatena en un flujo PDBQT.
PDB → PDBQT
Use extractos PDB tamaño ligando. Receptores cristalinos completos pueden exceder memoria del navegador.
MOL2 → PDBQT
MOL2 Tripos aceptado para re-tipar átomos sin MGLTools.
Pruebe SMILES de ejemplo → PDBQT
Haga clic en un compuesto familiar para pegar SMILES y ejecutar el convertidor en vivo.
| Compuesto | Uso típico | Qué esperar |
|---|---|---|
| Ligando tutorial mínimo | PDBQT diminuto — buena primera prueba | |
| Ejemplo clásico oral | Orgánico pequeño con éster + ácido | |
| Ligando AINE de curso | Cadena lateral flexible → TORSDOF en Vina | |
| Demo heterociclo rígido | PDBQT anillo fusionado compacto |
Open Babel vs MGLTools vs Meeko para PDBQT
Los tres producen PDBQT, pero encajan en distintas etapas del flujo de acoplamiento.
| Herramienta | Mejor para | Cargas / tipado | Instalación |
|---|---|---|---|
| Este convertidor (Open Babel WASM) | Ligando SDF/SMILES → PDBQT rápido en navegador | Gasteiger–Marsili | Ninguna (primera carga ~8 MB WASM) |
| MGLTools / AutoDockTools | Prep receptor legacy, cadenas flexibles, GUI ADT | Gasteiger (ADT) / personalizado | Stack Python de escritorio |
| Meeko (nube Dock) | Prep producción Vina con TORSDOF | Meeko / tipado AutoDock | Ninguna en Dock — server-side |
| obabel CLI | Scripts por lotes en portátil o HPC | Gasteiger vía --partialcharge | conda / apt Open Babel |
Equivalente CLI: obabel input.sdf -O out.pdbqt -h --partialcharge gasteiger.
Mengapa konversi ke PDBQT sebelum molecular docking?
Los motores de acoplamiento no ven un boceto ChemDraw como los humanos. Convertir a PDBQT añade protonación, cargas y tipado para que Vina evalúe términos de forma consistente.
Secuencia práctica en Dock: nombre químico → SMILES, filtro Lipinski Rule of 5, nombre proteína → PDB ID, limpiar aguas / HETATM, caja grid, luego este convertidor PDBQT o la página principal Dock.
Esta página cubre PDB a PDBQT online, convertidor SDF a PDBQT, SMILES a PDBQT gratis y preparar ligando para Vina sin MGLTools.
PDBQT ligando vs receptor — límites prácticos
Ligandos convierten bien en el navegador.
Receptores completos son más pesados; prefiera PDB Cleaner + Meeko en la nube de Dock.
Límites suaves: ~2.5 MB de texto y ~20 000 átomos.
FAQ konverter PDBQT
Respuestas breves para preparar ligandos AutoDock Vina desde SMILES, SDF o PDB sin MGLTools.
PDBQT es un archivo de coordenadas tipo PDB que también almacena cargas parciales (Q) y tipos de átomo AutoDock (T).
Alat docking terkait
- Cari PDB berdasarkan nama protein
Temukan PDB ID resolusi tinggi dari nama protein (EGFR, ACE2, HER2) dan docking dengan satu klik.
- Nama kimia ke SMILES
Konversi nama obat atau IUPAC ke Canonical SMILES via PubChem — siap untuk AutoDock Vina.
- Pembersih PDB — hapus air & heteroatom
Hapus air HOH dan catatan HETATM opsional dari PDB di browser — prep reseptor siap docking.
- Kalkulator kotak grid AutoDock Vina
Unggah ligand referensi PDB/SDF untuk hitung Center X/Y/Z dan Size kotak pencarian Vina — salin config.txt dengan satu klik.
- Aturan Lipinski & pemeriksa drug-likeness
Tempel SMILES untuk hitung MW, LogP, HBD, dan HBA dengan RDKit.js di browser — filter Lipinski lulus/gagal sebelum docking.
- Docking AutoDock Vina online
Tempel PDB ID, tambahkan SMILES, jalankan docking cloud dengan prep Meeko.
- Semua alat prep docking gratis
Jelajahi hub alat lengkap — pencari PDB, nama ke SMILES, pembersih PDB, kotak grid, aturan 5, PDBQT.