Pembantu ruang pencarian Vina gratis · Alat Dock
Kalkulator kotak grid AutoDock Vina
Unggah ligand referensi untuk hitung Center X/Y/Z dan Size — salin config.txt atau buka Dock dengan kotak kustom.
Letakkan file ligand referensi di sini
.pdb (HETATM) atau .sdf / .mol · hanya JS lokal · tidak pernah diunggah
Hasil grid box
Unggah ligand referensi di atas. Center dan Size akan muncul di sini untuk config.txt Vina Anda.
Cara menghitung grid box AutoDock Vina online
Anda tidak perlu PyMOL, ChimeraX, atau AutoDockTools hanya untuk mendapatkan center_x / center_y / center_z dan ukuran box. Unggah ligand referensi, sesuaikan padding, dan salin cuplikan config.txt siap Vina — semua di browser.
- 1
Unggah ligand referensi PDB atau SDF
Utamakan struktur holo: kami membaca HETATM non-pelarut (ligand ko-kristal). Anda juga bisa mengunggah ligand .sdf/.mol yang diekstrak atau PDB ligand-saja dengan catatan ATOM. Parsing hanya memakai API FileReader.
- 2
Tinjau Center dan sesuaikan padding (5–10 Å)
Center adalah rata-rata aritmetika X/Y/Z atom. Size pada setiap sumbu adalah rentang bounding box ligand (max − min) ditambah padding Anda. Jika ada beberapa grup HETATM, pilih ligand yang dimaksud sebelum menyalin.
- 3
Salin config.txt atau mulai docking
Tempel cuplikan ke config AutoDock Vina lokal, atau klik Salin koordinat & mulai docking untuk membuka formulir online kami dengan box kustom yang sudah diisi.
Apa itu grid box AutoDock Vina?
AutoDock Vina tidak mencari seluruh protein. Ia mengambil sampel pose ligand di dalam ruang pencarian persegi panjang (sering disebut grid box atau docking box) yang didefinisikan oleh titik pusat dan panjang sepanjang X, Y, dan Z dalam Ångström. Enam angka itu — center_x, center_y, center_z dan size_x, size_y, size_z — adalah sumber paling umum hasil «kantong salah» atau redock gagal dalam tulisan mahasiswa dan metode.
Cara standar menempatkan box untuk struktur holo adalah memusatkannya pada ligand referensi ko-kristal (molekul yang sudah terikat di PDB). Merata-ratakan koordinat atom ligand tersebut memberi pusat kantong yang reproduktif; memperluas bounding box ligand beberapa Ångström memberi volume pencarian cukup untuk analog tanpa meledakkan ruang pencarian.
Kalkulator grid box gratis ini dibuat untuk alur ekor panjang itu: Anda sudah punya PDB atau SDF ligand, butuh koordinat Vina tepat, dan ingin dock berikutnya — tanpa memasang AutoDockTools atau menulis skrip Biopython lokal. Pasangkan box dengan reseptor bersih dari PDB cleaner dan SMILES ligand dari name to SMILES, lalu jalankan docking di beranda Dock.
Parameter grid box config.txt Vina dijelaskan
AutoDock Vina lokal membaca file config teks biasa. Cuplikan yang disalin alat ini memetakan 1:1 ke kunci ruang pencarian di bawah.
| Parameter | Arti | Cara kami hitung |
|---|---|---|
| center_x / y / z | Pusat geometris box pencarian (Å) | Rata-rata koordinat atom ligand terpilih |
| size_x / y / z | Panjang box sepanjang setiap sumbu (Å) | Rentang ligand (max − min) + padding (5–10 Å) |
| receptor / ligand | Jalur ke input PDBQT (Vina lokal) | Tidak diatur di sini — tambahkan di config Anda setelah prep |
| exhaustiveness | Kelurusan pencarian global | Bukan bagian box; Dock online memakai 8 secara default |
Contoh cuplikan setelah mengunggah ligand referensi:
center_x = 12.345 center_y = -3.210 center_z = 18.900 size_x = 22.5 size_y = 20.0 size_z = 18.0
Seberapa besar docking box seharusnya?
Box terlalu besar menaikkan false positive dan memperlambat sampling; box terlalu kecil memotong pose dan merusak RMSD redock. Gunakan titik awal ini, lalu verifikasi dengan redock ligand native bila memungkinkan.
| Kasus penggunaan | Padding disarankan | Box tipikal |
|---|---|---|
| Redock obat / analog dekat | 5–8 Å | ~18–25 Å per sisi setelah padding |
| Peptidomimetik lebih besar atau ligand fleksibel | 8–10 Å | Perhatikan size_z jika kantong dalam |
| Kubus default coursework / Methods | Sering kubus tetap 20×20×20 Å | Pusatkan pada ligand ko-kristal; kutip PDB + box |
| Kantong apo / tanpa ligand referensi | N/A untuk alat ini | Gunakan jangkar residu atau prediksi kantong |
Untuk checklist persiapan lengkap (pembersihan reseptor, protonasi, pemeriksaan redock), lihat menyiapkan reseptor dan ligand untuk AutoDock Vina dan panduan alat AutoDock Vina online.
Kapan memusatkan box pada ligand referensi
Gunakan kalkulator ini bila Anda punya inhibitor, substrat, atau fragmen ko-kristal di situs ikatan dan ingin Vina mencari kantong itu untuk ligand yang sama (redock) atau analog dekat. Ekstrak ligand sebagai SDF jika PDB Anda punya banyak heteroatom, atau unggah PDB holo penuh dan pilih grup HETATM yang benar.
Jangan andalkan pemusatan ligand saja untuk struktur apo, situs alosterik jauh dari ligand ko-kristal, atau bila ligand kristalografi adalah artefak kristal (buffer, detergen) bukan pengikat farmakologis relevan. Dalam kasus itu gunakan titik tengah residu katalitik, definisi kantong publikasi, atau peringkat kantong otomatis Dock — tetap catat center_* / size_* akhir di paragraf Methods Anda.
Sebelum docking analog, bersihkan air dan heteroatom tidak diinginkan dari reseptor dengan PDB Cleaner. Simpan file ligand referensi terpisah untuk kalkulator ini agar definisi kantong independen dari file persiapan reseptor yang Anda kirim ke Vina.
FAQ kalkulator grid box
Jawaban singkat untuk mahasiswa dan peneliti yang menetapkan koordinat ruang pencarian AutoDock Vina dari ligand referensi.
Grid box adalah volume persegi panjang tempat AutoDock Vina mengambil sampel pose ligand. Didefinisikan oleh pusat (X, Y, Z dalam Å) dan ukuran sepanjang setiap sumbu. Semua di luar box diabaikan saat docking, jadi pusat harus berada di kantong ikatan yang dimaksud.
Alat docking terkait
- Cari PDB berdasarkan nama protein
Temukan PDB ID resolusi tinggi dari nama protein (EGFR, ACE2, HER2) dan docking dengan satu klik.
- Nama kimia ke SMILES
Konversi nama obat atau IUPAC ke Canonical SMILES via PubChem — siap untuk AutoDock Vina.
- Pembersih PDB — hapus air & heteroatom
Hapus air HOH dan catatan HETATM opsional dari PDB di browser — prep reseptor siap docking.
- Aturan Lipinski & pemeriksa drug-likeness
Tempel SMILES untuk hitung MW, LogP, HBD, dan HBA dengan RDKit.js di browser — filter Lipinski lulus/gagal sebelum docking.
- Konverter SMILES / SDF / PDB → PDBQT
PDB ke PDBQT online gratis (juga SDF/SMILES) dengan Open Babel — tanpa MGLTools. Unduh file siap Vina atau lanjut docking cloud.
- Docking AutoDock Vina online
Tempel PDB ID atau unggah reseptor, tambahkan SMILES, atur grid box, dan jalankan docking dengan laporan unduhan.
- Docking molekuler langkah demi langkah
Alur mahasiswa end-to-end: reseptor, ligand, binding box, jalankan Vina, dan cara melaporkan afinitas serta pose.
- Semua alat prep docking gratis
Jelajahi hub alat lengkap — pencari PDB, nama ke SMILES, pembersih PDB, kotak grid, aturan 5, PDBQT.