Prep reseptor hanya di browser · Alat Dock
Pembersih PDB — hapus air & heteroatom
Hapus air kristalografi dan heteroatom opsional dari PDB di browser — lalu docking di Dock.
Letakkan file .pdb di sini
atau klik untuk telusuri · parsing lokal · tidak pernah dikirim ke server kami
Hasil pembersihan
Unggah PDB di atas. Jumlah air dan heteroatom yang dihapus akan muncul di sini.
Cara membersihkan file PDB untuk docking molekuler
Anda tidak perlu skrip PyMOL, one-liner Open Babel, atau instalasi Autodock lokal hanya untuk menghapus air kristalografi. Pembersih PDB gratis ini mem-parse file dengan API FileReader browser, menghapus catatan HOH (dan HETATM opsional), dan memungkinkan unduh atau dock sekali klik — tidak ada yang diunggah saat pembersihan.
- 1
Unggah reseptor .pdb Anda
Seret atau telusuri file Protein Data Bank (.pdb / .ent) dari RCSB, AlphaFold, atau handout kursus. Parsing tetap di perangkat Anda; kami tidak pernah mengirim file ke API pembersihan.
- 2
Pilih apakah menghapus HETATM
Air (HOH, WAT, DOD, H2O) selalu dihapus. Biarkan centang untuk juga menghapus heteroatom lain — ligand ko-kristal, ion, dan pelarut. Hapus centang jika perlu kofaktor atau ion di saku.
- 3
Unduh PDB bersih atau dock online
Unduh *_clean.pdb untuk Vina/PyMOL lokal, atau klik Dock dengan PDB bersih ini untuk memuat reseptor ke formulir AutoDock Vina online kami — masih hanya di tab browser ini sampai Anda mengirim job.
Apa yang dihapus (dan dipertahankan) pembersih PDB ini
Tutorial docking biasanya meminta «hapus air dan heteroatom» sebelum konversi ke PDBQT. Berikut persis apa yang dilakukan pembersih online pada setiap jenis catatan.
| Catatan / konten | Tindakan default | Mengapa penting untuk Vina |
|---|---|---|
| Air HOH / WAT | Selalu dihapus | Air kristalografi mengisi saku dan dapat menghalangi pose ligand. |
| HETATM lain (ligand, ion) | Dihapus jika centang aktif | Ligand ko-kristal bersaing dengan SMILES Anda; ion mungkin masih berguna — pilih dengan sengaja. |
| ATOM (protein / asam nukleat) | Dipertahankan | Koordinat asam amino / nukleotida standar tetap sebagai kerangka reseptor. |
| HEADER, TITLE, REMARK, TER, END… | Dipertahankan | Metadata dan terminator rantai dipertahankan untuk keterbacaan di PyMOL. |
| ANISOU / CONECT untuk atom yang dihapus | Tidak ditulis ulang | Filter baris sederhana untuk kecepatan kursus; bersihkan ulang di PyMOL jika perlu graf CONECT sempurna. |
Mengapa menghapus air dan heteroatom dari PDB sebelum docking?
Hampir setiap struktur kristal RCSB memuat air kristalografi (residu HOH) dan sering ligand ko-kristal sebagai HETATM. AutoDock Vina memperlakukan atom tersebut sebagai bagian reseptor kaku kecuali Anda menghapusnya dulu. Menyisakan ratusan air di situs ikatan dapat menghalangi pose, meningkatkan skor clash, dan memperburuk benchmark redock mahasiswa dibanding ko-kristal publikasi.
Prep desktop klasik memakai PyMOL, ChimeraX, atau pipeline grep / Open Babel. Itu berhasil — tapi lambat jika Anda hanya perlu reseptor bersih untuk PR docking. Pembersih PDB online gratis ini dibuat untuk alur itu: unduh PDB (atau ambil via pencarian PDB berdasarkan nama protein), hapus HOH dan HETATM opsional di browser, lalu dock dengan SMILES ligand dari konverter nama kimia ke SMILES kami.
Setelah membersihkan, klik Dock dengan PDB bersih ini untuk membuka beranda Dock dengan reseptor dimuat. Dock online masih menambah hidrogen dan menyiapkan PDBQT. Lihat menyiapkan reseptor dan ligand untuk AutoDock Vina dan docking molekuler langkah demi langkah.
Checklist pembersihan reseptor sebelum AutoDock Vina
Menghapus air perlu tapi tidak cukup. Tinjau checklist ini setelah mengunduh PDB bersih — terutama untuk tugas dinilai dan validasi redock.
- Air (HOH/WAT): hapus untuk Vina reseptor kaku standar kecuali lab Anda secara eksplisit mempertahankan air jembatan.
- Ligand ko-kristal (HETATM): hapus saat docking senyawa Anda; pertahankan hanya jika redock ligand persis itu sebagai kontrol.
- Kofaktor / ion logam: putuskan case-by-case — Zn2+ di saku metaloenzim mungkin termasuk reseptor; aditif kristalisasi jauh biasanya tidak.
- Lokasi alternatif (altLoc): pembersih ini tidak memangkas altLoc; jika okupansi berantakan, selesaikan di PyMOL sebelum docking.
- Loop hilang dekat saku: membersihkan atom tidak memperbaiki densitas tidak terresolve — periksa RCSB / bagian metode eksperimental.
- Seleksi rantai: PDB multi-rantai mungkin perlu mengekspor satu rantai; unggahan Dock menerima file bersih Anda apa adanya.
- Protonasi & PDBQT: Dock online menangani prep setelah unggah; Vina lokal masih perlu Open Babel / Meeko / MGLTools setelah pembersihan.
HOH vs HETATM: yang sering membingungkan mahasiswa
Dalam format PDB, sebagian besar air disimpan sebagai baris HETATM dengan nama residu HOH (kolom 18–20). «Hapus semua HETATM» juga menghapus air — tapi «hapus hanya HOH» meninggalkan ion, gliserol, PEG, dan obat ko-kristal. Alat ini selalu menghapus nama residu air, dan opsional menghapus setiap HETATM tersisa agar sesuai dua instruksi lab umum:
- «Hapus molekul air» → hapus centang HETATM (air tetap hilang).
- «Hapus air dan heteroatom / ligand» → biarkan centang (default).
Rangka protein dan DNA/RNA tetap sebagai catatan ATOM. Kami tidak mengganti nama rantai, renumerasi residu, atau menambah hidrogen di sini — sengaja agar pembersih tetap langkah pertama yang transparan dan dapat diaudit sebelum docking.
FAQ pembersih PDB untuk prep AutoDock Vina
Jawaban singkat untuk yang mencari «hapus air dari PDB», «hapus HETATM online», «bersihkan PDB untuk docking», atau «strip HOH sebelum AutoDock Vina».
Tidak. Pembersihan hanya memakai API FileReader browser. Koordinat tetap di mesin Anda pada langkah ini. Jika nanti klik Dock dengan PDB bersih ini dan kirim job docking, Dock menerima teks bersih yang Anda pilih — sama seperti mengunggah file di beranda.
Alat docking terkait
- Cari PDB berdasarkan nama protein
Temukan PDB ID resolusi tinggi dari nama protein (EGFR, ACE2, HER2) dan docking dengan satu klik.
- Nama kimia ke SMILES
Konversi nama obat atau IUPAC ke Canonical SMILES via PubChem — siap untuk AutoDock Vina.
- Kalkulator kotak grid AutoDock Vina
Unggah ligand referensi PDB/SDF untuk hitung Center X/Y/Z dan Size kotak pencarian Vina — salin config.txt dengan satu klik.
- Aturan Lipinski & pemeriksa drug-likeness
Tempel SMILES untuk hitung MW, LogP, HBD, dan HBA dengan RDKit.js di browser — filter Lipinski lulus/gagal sebelum docking.
- Konverter SMILES / SDF / PDB → PDBQT
PDB ke PDBQT online gratis (juga SDF/SMILES) dengan Open Babel — tanpa MGLTools. Unduh file siap Vina atau lanjut docking cloud.
- Docking AutoDock Vina online
Unggah reseptor bersih atau tempel PDB ID, tambahkan SMILES, tinjau kotak ikatan, dan jalankan docking dengan laporan unduhan.
- Siapkan reseptor & ligand untuk AutoDock Vina
Checklist lengkap setelah menghapus air — protonasi, PDBQT, dan opsi ligand.
- Docking molekuler langkah demi langkah
Panduan orientasi mahasiswa dari pemilihan struktur hingga interpretasi skor afinitas.
- Semua alat prep docking gratis
Jelajahi hub alat lengkap — pencari PDB, nama ke SMILES, pembersih PDB, kotak grid, aturan 5, PDBQT.