Prep de receptor só no navegador · Ferramentas Dock
Limpador PDB — remover água e heteroátomos
Remova águas cristalográficas e heteroátomos opcionais de um PDB no navegador — depois faça docking no Dock.
Solte um arquivo .pdb aqui
ou clique para procurar · análise local · nunca enviado aos nossos servidores
Resultado da limpeza
Envie um PDB acima. As contagens de águas e heteroátomos removidos aparecerão aqui.
Como limpar um arquivo PDB para docking molecular
Você não precisa de scripts PyMOL, one-liners Open Babel ou instalação local Autodock só para remover água cristalográfica. Este limpador PDB gratuito analisa o arquivo com a API FileReader do navegador, remove registros HOH (e HETATM opcional) e permite baixar ou dockar em um clique — nada é enviado durante a limpeza.
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Envie seu receptor .pdb
Arraste ou procure um arquivo Protein Data Bank (.pdb / .ent) do RCSB, AlphaFold ou material de curso. A análise fica no seu dispositivo; nunca enviamos o arquivo a uma API de limpeza.
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Escolha se remove HETATM
Águas (HOH, WAT, DOD, H2O) são sempre removidas. Mantenha a caixa marcada para remover outros heteroátomos — ligantes co-cristalizados, íons e solventes. Desmarque se precisar de um cofator ou íon no bolso.
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Baixe o PDB limpo ou dock online
Baixe *_clean.pdb para Vina/PyMOL local, ou clique em Dockar com este PDB limpo para pré-carregar o receptor no nosso formulário AutoDock Vina online — ainda apenas nesta aba até enviar um job.
O que este limpador PDB remove (e mantém)
Tutoriais de docking pedem «excluir águas e heteroátomos» antes de converter para PDBQT. Aqui está exatamente o que o limpador online faz com cada tipo de registro.
| Registro / conteúdo | Ação padrão | Por que importa para o Vina |
|---|---|---|
| Águas HOH / WAT | Sempre removidos | Águas cristalográficas preenchem o bolso e podem bloquear a pose do ligante. |
| Outros HETATM (ligantes, íons) | Removidos se a caixa estiver marcada | Ligantes co-cristalizados competem com seu SMILES; íons podem ser úteis — escolha deliberadamente. |
| ATOM (proteína / ácido nucleico) | Mantidos | Coordenadas padrão de aminoácidos / nucleotídeos permanecem como andaime do receptor. |
| HEADER, TITLE, REMARK, TER, END… | Mantidos | Metadados e terminadores de cadeia são preservados para legibilidade no PyMOL. |
| ANISOU / CONECT de átomos removidos | Não reescritos | Filtro de linhas simples para velocidade em cursos; limpe novamente no PyMOL se precisar de grafos CONECT perfeitos. |
Por que remover água e heteroátomos de um PDB antes do docking?
Quase toda estrutura cristalina do RCSB inclui águas cristalográficas (resíduo HOH) e frequentemente um ligante co-cristalizado como HETATM. O AutoDock Vina trata esses átomos como parte do receptor rígido salvo que você os remova primeiro. Deixar centenas de águas no sítio de ligação pode bloquear poses estericamente e piorar benchmarks de redock estudantis.
A preparação clássica usa PyMOL, ChimeraX ou pipeline grep / Open Babel. Funciona — mas é lenta quando você só precisa de um receptor limpo para dever de casa. Este limpador PDB online gratuito serve esse fluxo: baixe um PDB (ou obtenha via nossa busca PDB por nome de proteína), remova HOH e HETATM opcional no navegador e dock com SMILES do nosso conversor de nome químico para SMILES.
Após limpar, clique em Dockar com este PDB limpo para abrir a página inicial do Dock com o receptor pré-carregado. O Dock online ainda adiciona hidrogênios e prepara PDBQT. Veja preparar receptores e ligantes para AutoDock Vina e docking molecular passo a passo.
Checklist de limpeza do receptor antes do AutoDock Vina
Remover águas é necessário mas não suficiente. Revise esta lista após baixar o PDB limpo — especialmente para trabalhos avaliados e validação de redock.
- Águas (HOH/WAT): remova para um Vina de receptor rígido padrão salvo se seu laboratório mantiver águas ponte explicitamente.
- Ligante co-cristalizado (HETATM): exclua ao dockar seu composto; mantenha só se redockar esse ligante exato como controle.
- Cofatores / íons metálicos: decida caso a caso — Zn2+ em metaloenzima pode pertencer ao receptor; aditivo de cristalização distante geralmente não.
- Localizações alternativas (altLoc): este limpador não poda altLocs; se ocupação estiver confusa, resolva no PyMOL antes do docking.
- Loops faltantes perto do bolso: limpar átomos não corrige densidade não resolvida — consulte RCSB / métodos experimentais.
- Seleção de cadeia: PDBs multcadena podem precisar exportar uma cadeia; o upload do Dock aceita seu arquivo limpo como está.
- Protonação e PDBQT: Dock online prepara após upload; Vina local ainda precisa Open Babel / Meeko / MGLTools após limpar.
HOH vs HETATM: o que os estudantes confundem
No formato PDB, a maioria das águas são linhas HETATM cujo nome de resíduo é HOH (colunas 18–20). «Excluir todo HETATM» também exclui águas — mas «excluir só HOH» deixa íons, glicerol, PEG e fármacos co-cristalizados. Esta ferramenta sempre remove nomes de resíduo de água e opcionalmente todo HETATM restante para corresponder às duas instruções de laboratório mais comuns:
- «Remover moléculas de água» → deixe a caixa HETATM desmarcada (águas ainda saem).
- «Remover águas e heteroátomos / ligantes» → deixe a caixa marcada (padrão).
A cadeia principal de proteína e DNA/RNA permanece como registros ATOM. Não renomeamos cadeias, renumeramos resíduos nem adicionamos hidrogênios aqui — é intencional para que o limpador seja um primeiro passo transparente e auditável antes do docking.
FAQ do limpador PDB para preparação AutoDock Vina
Respostas curtas para quem busca «remover água de PDB», «excluir HETATM online», «limpar PDB para docking» ou «remover HOH antes do AutoDock Vina».
Não. A limpeza usa apenas a API FileReader do navegador. As coordenadas ficam na sua máquina nesta etapa. Se depois clicar em Dockar com este PDB limpo e enviar um job, o Dock recebe o texto limpo que você escolheu — igual a enviar um arquivo na página inicial.
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