Ferramenta AutoDock Vina Online automatizada | Servidor web de docking molecular rápido

Como o Dock trata protonação de ligantes, adição de hidrogênios e cargas parciais?

Ligantes são ionizados com dimorphite-DL no pH de protonação do trabalho (padrão 7,4; ajustável de 4,0 a 10,0). Hidrogênios explícitos são adicionados durante o embedding 3D do RDKit (ETKDGv3, novas tentativas multi-semente), seguido de minimização MMFF94 (fallback UFF). Meeko MoleculePreparation então atribui tipos de átomo AutoDock e cargas parciais ao escrever o PDBQT do ligante. SMILES protonados, pH, otimizador e avisos de preparação são registrados em run_manifest.json e refletidos na seção Methods do seu PDF.

Ler: Preparação de receptor e ligantes

Vocês suportam ligantes com muitas ligações rotacionáveis?

Sim, dentro de limites apropriados para docking AutoDock Vina com receptor rígido. Meeko marca cada ligação rotacionável não terminal no PDBQT do ligante (reportado como TORSDOF). Revisar configuração avisa acima de 12 ligações rotacionáveis ou TORSDOF e rejeita acima de 20. Ligantes muito flexíveis podem executar lentamente ou produzir amostragem conformacional incompleta — considere análogos mais rígidos ou métodos de ajuste induzido em outras plataformas. Peso molecular limitado a 900 Da (aviso acima de 600 Da).

Qual é o pipeline de docking de ponta a ponta?

Receptor: download PDB do RCSB (ID PDB de 4 caracteres, ex.: 6LU7) ou upload do usuário → limpeza Biopython (águas e ligantes de co-cristal removidos; preservação opcional de HETATM ZN/MG) → receptor rígido PDBQT Meeko Polymer. Ligante: SMILES ou SDF → protonação dimorphite-DL → conformador 3D RDKit → PDBQT ligante Meeko. Docking: AutoDock Vina (exhaustividade 8, nove modos, faixa de energia 3 kcal/mol) com as três melhores poses exportadas por ligante. Pós-processamento: interações proteína–ligante PLIP, QC de poses PoseBusters e resumos Lipinski/Veber/QED do RDKit.

Ler: Tutorial de docking passo a passo

O receptor é flexível ou apenas o ligante?

Apenas docking com receptor rígido: cadeias laterais da proteína permanecem fixas após preparação do receptor com Meeko. Flexibilidade do ligante segue raízes de ligações rotacionáveis Meeko (TORSDOF no PDBQT). Docking de ajuste induzido, cadeias laterais flexíveis, docking covalente e fluxos de proteínas de membrana não são suportados neste pipeline.

Como a caixa de busca do AutoDock Vina é definida?

Em Revisar configuração você escolhe uma de quatro fontes de caixa: (1) centroide do ligante de co-cristal (estruturas holo), (2) predição de bolso apo (pocketeer — três melhores bolsos selecionáveis), (3) âncoras de resíduos do bolso (ex.: 214,226,245) ou (4) um centro XYZ personalizado. Dimensões padrão da caixa são 20 × 20 × 20 Å. Pré-visualização 3D mostra receptor e caixa antes de gastar Créditos. Predições de bolso apo incluem aviso explícito para comparar com literatura ou estruturas de co-cristal.

O que Revisar configuração (0 Créditos) valida antes do docking?

Revisar configuração analisa ou baixa seu receptor, resolve a caixa de ligação e executa pré-verificações de ligantes (validade SMILES, peso molecular, número de ligações rotacionáveis, Meeko TORSDOF) com pré-visualização 3D da caixa — sem cobrar Créditos. PDBQT de ligante gerado aqui é reutilizado na execução do docking (protonação bloqueada da etapa validada). Corrija erros exibidos; Executar docking cobra Créditos somente no envio.

Quais configurações do AutoDock Vina são fixas? Posso alterar a exhaustividade?

Parâmetros Vina são fixos para reprodutibilidade: exhaustividade = 8, num_modes = 9, energy_range = 3 kcal/mol, função de pontuação vina. As três poses de menor pontuação por ligante são exportadas como SDF e arquivos PDB de complexo proteína–ligante. Exhaustividade personalizada, rescoring Smina ou GNINA não estão disponíveis — strings de versão e todas as configurações são registradas em run_manifest.json para seu parágrafo Methods.

Como funciona a verificação de sanidade de redock com co-cristal?

Quando há ligante de co-cristal no PDB enviado, o Dock pode redocká-lo e reportar RMSD de átomos pesados contra a pose de cristal. Trabalhos de ligante único habilitam por padrão; trabalhos em lote desabilitam por padrão (habilitar em Avançado). RMSD elevado sinaliza caixa de ligação mal definida, seleção de cadeia incorreta ou discrepância de protonação antes de triar análogos.

O docking molecular precisa de estrutura proteica cristalizada?

Nem sempre. Estrutura de cristal holo (proteína com ligante de co-cristal) é a melhor para definir o sítio de ligação e verificações de redock. Em muitos projetos de descoberta, estrutura apo mais bolso definido na literatura ou predito é aceitável se você declarar claramente suas suposições.

Ler: O docking precisa de estrutura de cristal?

O que é docking molecular?

Docking molecular prediz como uma molécula pequena se liga em um sítio de ligação proteico, produzindo poses e uma pontuação (por exemplo afinidade Vina em kcal/mol). Suporta geração de hipóteses computacionais — não prova experimental de ligação.

Ler: Tutorial de docking passo a passo

Como funciona o docking molecular?

Uma grade de busca é colocada sobre o sítio de ligação; conformações do ligante são amostradas e pontuadas por um algoritmo de busca. AutoDock Vina usa docking com receptor rígido (proteína fixa, torções do ligante flexíveis). Dock prepara arquivos PDBQT de receptor e ligante com Meeko e registra configurações Vina, coordenadas da caixa e pH de protonação em run_manifest.json e seu relatório PDF.

Ler: Como funciona o docking (tutorial)

Qual é o melhor software de docking molecular para pesquisa?

AutoDock Vina continua sendo o padrão da indústria para docking com receptor rígido (rápido, bem citado). Dock executa Vina online para evitar instalação local. Alternativas como GNINA ou DiffDock adicionam pontuação ML mas diferem em configuração e reprodutibilidade — para a maioria dos fluxos SAR e triagem, Vina mais texto Methods claro é a linha de base esperada.

Ler: AutoDock Vina online vs outras ferramentas

Como posso executar docking molecular online?

Informe um ID PDB de 4 caracteres (ou envie um receptor .pdb), submeta ligantes SMILES ou SDF, execute Revisar configuração (0 Créditos) e clique em Executar docking. Você recebe pacote results.zip e relatório PDF com poses, interações PLIP, QC de poses e figuras PyMOL opcionais.

Ler: Tutorial de docking passo a passo

O que contém o arquivo ZIP de resultados?

results.zip é o entregável completo para trabalho offline. Na raiz do trabalho: result.json (resumo), run_manifest.json (Vina/caixa/pH para Methods), receptor_clean.pdb e redock_report.json quando aplicável. Por cada ligante acoplado: 3 melhores poses (SDF), complexo proteína–ligante (PDB), arquivos PDBQT de ligante, JSON de ADMET e interações, e figuras PNG (diagrama 2D, visão geral, ligante 2D; render opcional do sítio de ligação PyMOL). Relatório PDF espelha tabelas e figuras principais para impressão mas não substitui estruturas do ZIP. Veja a seção «O que contém o ZIP de resultados?» em Recursos na página inicial.

Ligante único vs lote: o relatório é igual? Onde todos os compostos são mostrados?

O pipeline é o mesmo por ligante bem-sucedido — cada um obtém poses, PDB de complexo, JSON ADMET, JSON de interações e figuras PNG. Em results.zip, cada composto acoplado com sucesso tem seus próprios arquivos (não apenas o melhor hit). No relatório web, a tabela de resultados lista todos os ligantes com pontuações e QC; texto de modo de ligação, figuras de publicação, detalhe ADMET e visualizador 3D mostram um ligante por vez — use o menu de ligante em trabalhos em lote (padrão: melhor afinidade). PDF lista todos os ligantes na tabela mas incorpora figuras e discussão principalmente do melhor hit. Rascunhos de manuscrito com IA opcionais também focam no melhor hit. Exceção: se figuras PyMOL estão habilitadas em trabalho em lote, apenas o melhor hit obtém PNG PyMOL (demais entregáveis por ligante ainda se aplicam). Redock de co-cristal está habilitado por padrão para ligante único e desabilitado por padrão para triagem em lote.

Como Créditos são calculados para um trabalho de docking?

Uma execução de docking custa 1 Crédito para 1–3 ligantes, depois 1 Crédito a cada 5 ligantes arredondado para cima (4–5 ligantes = 1 Crédito, 6–10 = 2 Créditos, etc.). Figuras PyMOL opcionais adicionam 0,5 Crédito por trabalho. Créditos são verificados ao clicar em Executar docking, antes de enfileirar o trabalho.

Quando Créditos são cobrados?

Créditos são deduzidos ao enviar um trabalho de docking, não ao concluir. Reembolsos aplicam-se apenas quando nosso serviço não entrega seu relatório/ZIP (erro do sistema, crash ou timeout) — não quando ligantes individuais simplesmente não acoplam.

Ligante que não acopla é o mesmo que falha de serviço?

Não. Ligante não acoplou significa que o pipeline executou mas aquela molécula não pôde ser preparada ou pontuada (SMILES incorreto, erro de preparação, timeout por ligante, etc.) — é um resultado normal pelo qual você pagou para testar; Créditos não são reembolsados. Se um lote atinge o limite de 3 horas do trabalho, você recebe ZIP parcial com ligantes finalizados; compostos ignorados são listados no relatório — sem reembolso parcial. Falha de serviço significa que nossa plataforma não pôde completar ou entregar seu trabalho (erro do servidor, crash, timeout sem relatório/ZIP). Falhas de serviço são totalmente reembolsadas. Lote concluído com alguns ligantes ignorados ainda é trabalho entregue — sem reembolso parcial.

Quando recebo Créditos de volta?

Apenas por falhas de serviço: erro do nosso sistema, crash ou timeout antes de entregar relatório/ZIP. Veja Painel → Histórico de Créditos para entradas de reembolso. Corrija entradas e envie novamente quando estiver pronto. Resultados em nível de ligante (não acoplou, afinidade fraca) não são reembolsos.

Se alguns ligantes em um lote não puderam acoplar, recebo Créditos de volta?

Não. Créditos são cobrados uma vez no envio por todo o lote. Ligantes ignorados, com timeout ou que não acoplam são resultados normais e são listados no seu relatório — não são motivo de reembolso. Se o trabalho atinge o limite de 3 horas, você ainda recebe ZIP parcial por ligantes concluídos. Reembolsos aplicam-se apenas quando todo o trabalho falha do nosso lado sem entregáveis.

Créditos de assinatura vs Créditos de pacote avulso?

Créditos de assinatura reiniciam a cada período de cobrança e pertencem ao seu plano atual. Créditos de pacotes avulsos (Single Run Pass, Screening Pack) são comprados separadamente, não expiram com o mês e nunca são removidos ao atualizar. Ao executar um trabalho, Créditos de assinatura são sempre usados primeiro; Créditos avulsos só após esgotar Créditos de assinatura do período.

O que acontece ao atualizar minha assinatura?

Sua assinatura anterior é cancelada automaticamente — você nunca mantém dois planos pagos. Créditos de assinatura não usados do plano anterior não são transferidos; novo plano começa com sua cota mensal completa (ex.: atualizar para Research dá 16 Créditos). Créditos de pacotes avulsos comprados separadamente são mantidos. Você será solicitado a confirmar isso antes de atualizar no seu painel.

Quanto custa o Dock?

Dock oferece plano Grátis a $0/mês (1 Crédito no cadastro, cartão de crédito não necessário). Assinaturas mensais pagas: Plano Student $9,99/mês (5 Créditos/mês), Plano Research $24,99/mês (16 Créditos/mês, 2 trabalhos concorrentes, fila prioritária) e Plano Lab $49,99/mês (35 Créditos/mês, 5 trabalhos concorrentes, fila prioritária). Pacotes de Créditos avulsos sem assinatura: Single Run Pass $7,99 (3 Créditos) e Screening Pack $19,99 (10 Créditos). Todos os níveis pagos incluem o mesmo pipeline de docking (Vina, PLIP, ADMET, PDF/ZIP). Preços e limites correspondem aos planos mostrados na seção Preços desta página.

O que incluem os planos Student, Research e Lab?

Plano Student ($9,99/mês): 5 Créditos/mês. Plano Research ($24,99/mês): 16 Créditos/mês, 2 trabalhos concorrentes, fila prioritária. Plano Lab ($49,99/mês): 35 Créditos/mês, 5 trabalhos concorrentes. Tamanho de lote é limitado por Créditos (até 300 ligantes/trabalho). Todos os planos incluem pipeline completo de docking. Veja Preços para detalhes.

Posso comprar Créditos sem assinatura?

Sim. Single Run Pass ($7,99): 3 Créditos. Screening Pack ($19,99): 10 Créditos. Créditos são gastos por execução conforme número de ligantes; concorrência e prioridade de fila seguem seu nível de plano (veja Preços).

Qual é a política de reembolso de assinatura?

Você pode cancelar assinatura a qualquer momento para parar cobranças futuras. Pagamentos de assinatura passados geralmente não são reembolsáveis exceto onde a lei exige. Créditos de trabalhos de docking são separados: reembolsados automaticamente apenas por falhas de serviço (sem relatório/ZIP entregue), não por ligantes que não acoplaram.

Por quanto tempo resultados são mantidos?

Retenção depende do seu plano: Grátis 7 dias, Student 14 dias, Research 30 dias, Lab 90 dias. Usuários Grátis podem estender trabalho concluído duas vezes (+14 dias cada) por 0,5 Crédito no painel. Baixe seu ZIP e PDF antes da expiração.