Herramienta AutoDock Vina Online automatizada | Servidor web de docking molecular rápido
Docking con receptor rígido nativo en la nube para investigación científica y cribado virtual. Preparación PDB con Meeko, predicción del sitio de unión, puntuación por lotes con Vina e informes PDF listos para publicación — sin instalación local.
Servidor web AutoDock Vina
Motor AutoDock Vina en producción con preparación Meeko — cero dependencias locales
Entrada flexible de estructuras
PDB holo, sitios definidos en la literatura o bolsillos apo predichos
Documentación del flujo de trabajo
Guías de preparación del receptor, cribado e interpretación de resultados
Funciones de la plataforma
Pipeline automatizado
Docking molecular automatizado de extremo a extremo: Meeko prepara PDB de receptor y ligando, luego AutoDock Vina puntúa las poses — sin scripts manuales de PDBQT.
Servidor web Vina nativo en la nube
Ejecute el flujo completo del servidor web Vina en su navegador. Cero dependencias locales — sin instalar conda, Meeko ni RDKit en su máquina.
Informes profesionales
Generación automatizada de PDF con tablas de afinidad, figuras de interacciones y exportación de poses — listo para manuscritos y redacciones SAR.
Nuestro flujo de Acoplamiento Molecular Automatizado
Acoplamiento automatizado con receptor rígido para investigación científica y cribado virtual. Revise el pipeline a continuación antes de enviar — especialmente la configuración del sitio de unión y el QC de poses.
Configuración y validación
Entrada del receptor
Descarga por PDB ID o suba su propio .pdb. Se admiten PDB multcadena — seleccione una cadena proteica por trabajo en la revisión.
Entrada del ligando
SMILES individual o cribado por lotes: un SMILES por línea, o importe un archivo .sdf multirregistro. Límite de la plataforma: 300 ligandos/trabajo; su plan define el límite por lotes (véase Precios).
Revisión antes de ejecutar
Flujo en dos pasos: valide la configuración (0 créditos) y luego ejecute el docking. Detecte problemas de proteína, caja y ligando antes de consumir cómputo.
Prechequeo del ligando
Peso molecular, enlaces rotables y Meeko TORSDOF con umbrales claros de advertencia/rechazo para tamaños compatibles con Vina.
ADMET computacional
Resúmenes RDKit Lipinski, Veber y QED en la validación y en los resultados (cálculo local — sin API externa).
Opciones del sitio de unión
Caja automática a partir del ligando co-cristalizado; selector pocketeer top-3 para estructuras apo; anclajes de residuos del bolsillo (p. ej. 214,226,245); caja XYZ personalizada opcional. Advierte si el centro de la caja está lejos de la proteína.
Vista previa 3D de la caja
Visualice receptor + caja de docking en 3Dmol durante la revisión. Las estructuras apo muestran un aviso explícito para comparar con la bibliografía.
Revalidación más rápida
¿Solo cambia ligandos? La validación de proteína/caja se almacena en caché en su sesión del navegador — sin volver a descargar el PDB.
Motor de docking
AutoDock Vina (receptor rígido)
Preparación Meeko de receptor/ligando, protonación dimorphite-DL al pH del trabajo (predeterminado 7.4), RDKit ETKDG + MMFF94. Ajustes fijos de Vina (exhaustiveness 8, 9 modos).
Docking por lotes en paralelo
Trabajos con 2+ ligandos ejecutan hasta 4 workers Vina en paralelo en el servidor. Un ligando fallido no cancela el resto del lote.
Comprobación de redock co-cristal
Cuando se detecta un ligando unido, comprobación opcional de RMSD frente a la pose cristalina. Activada por defecto en trabajos de un solo ligando; desactivada por defecto en lotes (activar en Avanzado).
Metales opcionales
Conservar registros HETATM seleccionados (p. ej. ZN, MG) en el receptor limpio.
Resultados y entregables
Top 3 poses por ligando
Los modos Vina con mejor puntuación se exportan como complejos SDF/PDB en el paquete ZIP.
Calidad y confianza de la pose
QC PoseBusters (Pass / Warn / Fail) con respaldo básico. Texto de confianza de la pose a partir de la brecha de puntuación + reglas de degradación por QC.
Interacciones proteína–ligando
PLIP cuando está disponible; respaldo heurístico por distancia si PLIP falla. Diagrama 2D de interacciones, PNG de vista general del sitio de unión y PNG de estructura 2D del ligando.
Interpretación del modo de unión
Párrafo de discusión en inglés por ligando a partir de afinidad, interacciones y separación de poses — visible en la página de resultados y en el PDF.
Render de publicación PyMOL
PNG opcional del sitio de unión con trazado ray de PyMOL headless (cartoon + sticks). Activar en opciones Avanzado; en trabajos por lotes solo se renderiza el mejor hit.
Tabla de cribado por lotes
Trabajos multiligando: tabla ordenable con columnas de afinidad, confianza de pose, QC y ADMET (MW, Lipinski, QED).
Visor 3D interactivo
Inspeccione complejos proteína–ligando y cambie entre poses exportadas en el navegador.
Informe PDF y texto Methods
Descargue un PDF con figuras incrustadas. Copia con un clic del texto Methods en inglés y un párrafo de cita con referencias numeradas para su manuscrito.
Borrador de artículo con IA opcional
Tras completar el docking, genere un borrador de Discussion + leyendas de figuras asistido por Gemini (+1 crédito). No sustituye la revisión por pares humana ni la edición experta.
ZIP de resultados (paquete de estructuras)
Descargue results.zip con poses, complejos, figuras, JSON de ADMET/interacciones y run_manifest.json — véase el desglose del contenido ZIP en esta página.
Informe profesional de AutoDock Vina: métricas y visualización
Salida real de PDB 6LU7 (Proteasa principal de SARS-CoV-2 (Mpro)): tabla de cribado virtual ordenada con diagramas PLIP, Pose QC de PoseBusters, columnas ADMET y visualización PyMOL del mejor resultado.
- Receptor
- 6LU7 · chain A
- Mejor afinidad
- -6.21 kcal/mol
- Batch size
- 3 ligandos · 3 acoplados OK
- Mejor resultado
- Nirmatrelvir
AutoDock Vina predicted moderate binding for CC(C)(C)C(NC(=O)C(F)(F)F)C(=O)N1CC2CC(C1)N2C(=O)C(F)(F)F (best score -6.21 kcal/mol). Among the screened compounds, CC(C)(C)C(NC(=O)C(F)(F)F)C(=O)N1CC2CC(C1)N2C(=O)C(F)(F)F ranked as the top hit. Key predicted interactions (PLIP) include 2 hydrogen bond(s) with ASN142A, GLN189A; hydrophobic contacts involving ASN142A; halogen bond(s) with HIS41A, THR26A. The ligand is surrounded by pocket residues including ASN142A, GLN189A, HIS41A, THR26A. Multiple docking modes have similar scores; consider inspecting alternate poses in the structure files. These results are computational predictions only and should be validated experimentally (e.g., SPR, ITC, or cell-based assays) before drawing mechanistic conclusions.
| # | Compuesto | Afinidad |
|---|---|---|
| 1 | Nirmatrelvir | -6.21 |
| 2 | Ibuprofen | -6.03 |
| 3 | Aspirin | -5.05 |
Solo predicciones computacionales — valide los modos de unión antes de sacar conclusiones en una tesis o artículo.
¿Qué contiene el ZIP de resultados?
Cada trabajo de docking completado incluye un results.zip junto al informe en la página y el PDF. Use el ZIP para PyMOL/Chimera, tablas offline y reproducibilidad — el PDF es un resumen legible de la misma ejecución.
Informe PDF: afinidades, QC de pose, figuras de interacciones incrustadas para impresión — no sustituye los archivos de estructura del ZIP.
Raíz del trabajo (una vez por ejecución)
- result.json
- Resumen de ligandos acoplados, fallos, puntuaciones y estado de redock.
- run_manifest.json
- Registro de reproducibilidad: versión del pipeline, ajustes Vina, caja, pH, cadena del receptor, advertencias.
- receptor_clean.pdb
- Receptor preparado usado para el docking (PDB rígido y limpio).
- redock_report.json
- Comprobación RMSD de redock co-cristal (ligando único / cuando está activado).
Por cada ligando acoplado con éxito
- poses/{ligand}.sdf
- Top 3 poses Vina como SDF multirregistro.
- complexes/{ligand}_complex.pdb
- Complejo proteína–ligando para visores 3D.
- ligands/{ligand}/
- PDBQT del ligando, PDBQT acoplado y SMILES protonado.
- admet/{ligand}.json
- RDKit Lipinski, Veber, QED y banderas relacionadas.
- interactions/{ligand}.json
- Tabla de interacciones PLIP (o respaldo heurístico por distancia).
- figures/{ligand}/
- Diagrama 2D de interacciones, PNG de vista general del sitio de unión, estructura 2D del ligando; pymol_binding_site.png opcional si PyMOL estaba activado.
Capacidades compatibles
Funciones principales de la plataforma incluidas en cada ejecución de docking, tanto de pago como del nivel gratuito.
| Capacidad | Descripción |
|---|---|
| Motor AutoDock Vina | Docking de receptor rígido en producción con preparación Meeko y ajustes reproducibles fijos (exhaustiveness 8, 9 modos). |
| Docking por lotes | Workers Vina en paralelo para cribado virtual multiligando — hasta 300 ligandos por trabajo. |
| Preparación PDB | Limpieza automatizada del receptor, protonación y generación de PDBQT del ligando vía Meeko + RDKit. |
| Informes PDF | PDF listo para publicación con tablas de afinidad, texto Methods y figuras incrustadas. |
| QC PoseBusters | Comprobaciones automatizadas de calidad de pose (Pass / Warn / Fail) con puntuación de confianza. |
| Análisis ADMET | Resúmenes RDKit Lipinski, Veber y QED calculados localmente para cada ligando. |
| Diagramas de interacciones | Interacciones proteína–ligando con PLIP, diagramas 2D y PNG de vista general del sitio de unión. |
| Cribado virtual | Tabla de resultados por lotes ordenable con columnas de afinidad, QC de pose y ADMET. |
Las puntuaciones computacionales, poses, ADMET e interacciones son solo predicciones de modelos. Siempre valide los modos de unión y la drug-likeness con experimentos y bibliografía antes de sacar conclusiones en un manuscrito o informe.
Stack de código abierto y citas
MolecularDocking.online ejecuta un pipeline documentado y citable — no una caja negra. Cada trabajo registra las versiones exactas del software en run_manifest.json y en su informe de resultados. Use el párrafo de citación de la página de resultados para la sección Methods del manuscrito.
Pipeline v1.9.4 · las versiones siguientes son valores por defecto típicos; el manifest de su trabajo lista la build exacta usada.
| Componente | Versión | Desarrollador / org | Función | Ref. |
|---|---|---|---|---|
AutoDock Vina | 1.2.7 | Scripps Research / community fork | Docking molecular de receptor rígido | [2] |
Meeko | 0.7.1 | Scripps Research (Forli lab) | Preparación PDBQT de receptor y ligando | [3] |
RDKit | 2025.3.6 | Open-source cheminformatics toolkit | SMILES → incrustación 3D (ETKDG) y minimización MMFF94 | [4] |
PLIP | 3.0.0 | University of Hamburg (Salokas et al.) | Análisis de interacciones proteína–ligando | [5] |
PoseBusters | 0.6.5 | University of Oxford (Buttenschoen et al.) | Control de calidad de poses de docking (configuración dock) | [6] |
dimorphite-DL | 2.0.2 | Open-source protonation enumerator | Estado de protonación del ligando al pH del trabajo | [7] |
Biopython | 1.87 | Open-source bioinformatics library | Análisis estructural y procesamiento del receptor | [8] |
pocketeer | 0.3.1 | Apo binding-site prediction | Clasificación de bolsillos predichos en receptor apo | [9] |
Referencias estándar
- MolecularDocking.online. MolecularDocking.online. Cloud molecular docking workflow (https://molecular-docking.online). Accessed 2026.
- AutoDock Vina. Eberhardt J, Santos-Martins D, Forli S, Olson AJ. AutoDock Vina 1.2.0: new docking methods, expanded force field, and Python bindings. J Chem Inf Model. 2021;61(8):3891-3898.
- Meeko / AutoDock suite. Forli S, Huey R, Pique ME, Sanner MF, Olson AJ. Computational protein-ligand docking and virtual drug screening with the AutoDock suite. Nat Protoc. 2016;11(5):905-919.
- RDKit. RDKit: Open-source cheminformatics. https://www.rdkit.org/ (accessed 2024).
- PLIP. Salokas LM, Viswanath S, Aho AJ, et al. PLIP 2021: expanding the scope of the protein-ligand interaction profiler to DNA and RNA. Nucleic Acids Res. 2023;51(W1):W530-W534.
- PoseBusters. Buttenschoen GF, Morris GM, Deane CM. PoseBusters: AI-based docking methods fail to generate physically valid poses or cause unintended bias. Nat Methods. 2024;21(3):472-480.
- dimorphite-DL. Swain M. dimorphite-DL: an open-source program for enumerating the ionization states of drug-like small molecules. J Cheminform. 2019;11(1):14.
- Biopython. Cock PA, Antao T, Chang JT, et al. Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics. Bioinformatics. 2009;25(11):1422-1423.
- pocketeer. pocketeer: apo binding-site prediction tool used for pocket ranking in this pipeline.
Documentación del flujo de trabajo
Guías técnicas desde la selección del receptor hasta el cribado virtual — estructuradas para pipelines de investigación reproducibles y secciones Methods de manuscritos.
¿Necesitas una estructura de cristal?
Cuándo se requiere un PDB holo, cuándo funciona una estructura apo con bolsillo predicho y cómo explicar tu elección en el informe.
Read articleCómo leer puntuaciones y poses de docking
Afinidad en kcal/mol, comprobaciones de calidad de poses y qué demuestran — y qué no — las puntuaciones Vina en un informe de investigación.
Read articleTu primera ejecución de docking, paso a paso
Descarga un PDB, prepara ligandos, ejecuta Vina, inspecciona poses y redacta la sección Methods para tu manuscrito.
Read articleEjecuta Vina en la nube
Cuándo un flujo en el navegador supera una instalación local — configuración, límites y rendimiento para equipos de investigación.
Read articleDocking para toxicología y ADMET
Combina docking basado en estructura con predicciones ADMET in silico para evaluación off-target y drug-likeness.
Read articleHoja de ruta de aprendizaje estructurada
Plan de cuatro semanas que cubre estructuras, Vina, visualización e interpretación crítica de la salida de docking.
Read articleDiseñado para flujos de investigación
SAR en química medicinal, descubrimiento de hits basado en estructura, cribado virtual con ADMET y pipelines AutoDock Vina nativos en la nube.
Química medicinal y SAR
Cribado por lotes de SMILES, afinidades Vina ordenadas, diagramas de interacción PLIP y tablas exportables para optimización de leads.
Toxicología y cribado ADMET
Acopla ligandos a receptores off-target, combina indicadores ADMET de RDKit con análisis de interacciones y documenta hipótesis de riesgo en informes.
Biología estructural y validación de dianas
Docking Vina con receptor rígido, comprobaciones de redock con co-cristal, control de calidad de poses y metadatos Methods reproducibles en run_manifest.json.
Pipelines en la nube vs locales
La misma pila AutoDock Vina + Meeko sin configurar conda — flujo en el navegador con paquete ZIP e informes PDF para tu equipo.
Documentación e incorporación
Guías de flujo de trabajo para selección de PDB, definición del sitio de unión e interpretación del QC PoseBusters — luego valida la configuración gratis (0 Créditos).
Cribado virtual y listas de hits
Criba 20–300 ligandos por trabajo, compara poses y afinidades ordenadas y exporta CSV/ZIP para priorización de hits y seguimiento SAR.
Confianza de equipos de investigación en química medicinal y biología estructural
“Cribamos 30 análogos contra una diana quinasa en un solo trabajo por lotes. La revisión de configuración detectó un problema de ID de cadena antes de gastar cómputo — el PDF y el ZIP de poses estaban listos para nuestra revisión SAR semanal.”
“Nuestro laboratorio pasó de scripts locales Meeko+Vina a este pipeline en la nube. Docking por lotes, tablas PLIP y QC PoseBusters en una sola ejecución — sin más parches de conda en estaciones compartidas.”
“La comprobación de sanidad de redock señaló una caja de unión mal definida antes de quemar Créditos en un cribado completo de biblioteca. Reembolso automático cuando un PDB corrupto bloqueó la entrega — operaciones sólidas.”
Créditos y planes de Dock
Créditos mensuales para uso regular. Los planes superiores añaden trabajos concurrentes y cola prioritaria. Paquetes puntuales disponibles cuando necesites recargar.
Los mismos entregables de docking en todos los niveles: revisión de configuración · Vina (3 mejores poses) · QC de poses · PLIP · ADMET · PDF/ZIP. Figuras PyMOL opcionales (+0,5 Crédito/trabajo).
Plan Gratis: 1 Crédito al registrarse — prueba un pequeño trabajo de docking. Una cuenta Gratis por correo, dispositivo y red. Sin renovación mensual. No se requiere tarjeta de crédito.
Pruébalo
Incluye
- 1 Créditos (puntuales) — solo al registrarse
- Almacenamiento de resultados 7 días
Proyectos de curso
Incluye
- 5 Créditos / mes
- Almacenamiento de resultados 14 días
Laboratorio pequeño
Incluye
- 16 Créditos / mes
- 2 trabajos concurrentes
- Cola prioritaria
- Almacenamiento de resultados 30 días
Equipo de laboratorio y grupo de investigación
Incluye
- 35 Créditos / mes
- 5 trabajos concurrentes
- Cola prioritaria
- Almacenamiento de resultados 90 días
Paquetes puntuales (sin suscripción — se acumulan con la suscripción)
Añade Créditos a tu cuenta. Cada ejecución de docking gasta Créditos según el número de ligandos (consulta Cómo funcionan los Créditos). La concurrencia y la prioridad de cola dependen de tu plan actual — Gratis o suscripción.
Ideal para 1 figura completa de tesis + borrador con IA (Docking + PyMOL + informe con IA).
- 3 Créditos (puntuales)
Mejor para cribar hasta 30 ligandos o 3–4 informes completos de proyecto (sin cuota recurrente).
- 10 Créditos (puntuales)
Cómo funcionan los Créditos de Dock →
Todos los planes incluyen:
Cómo funcionan los Créditos de Dock
Los Créditos pagan cada ejecución de docking. Las suscripciones incluyen Créditos mensuales; los paquetes puntuales son paquetes de precio fijo que compras por separado (consulta Precios). Ambos pueden coexistir en la misma cuenta.
Créditos gastados por ejecución de docking
Al hacer clic en Ejecutar docking, los Créditos se deducen de tu saldo según el número de ligandos — ya provengan del plan Gratis, una suscripción o un paquete puntual. Esta sección trata sobre el gasto de Créditos, no sobre precios de paquetes puntuales.
Los paquetes puntuales (Single Run Pass, Screening Pack) se venden a precio fijo por una cantidad de Créditos incluida en la pestaña Precios → Puntual. No se te factura por ligando en el checkout — la tabla siguiente muestra cómo se usan esos Créditos cada vez que ejecutas docking.
- 1–3 ligandos: 1 Crédito
- 4+ ligandos: 1 Crédito por cada 5 ligandos, redondeado hacia arriba (4–5 ligandos = 1 Crédito; 12 ligandos = 3 Créditos)
- Figuras de publicación PyMOL: +0,5 Crédito por trabajo (opcional)
- Borrador de artículo con IA opcional (Gemini Discussion + leyendas de figuras): +1 Crédito, cobrado por separado al generarlo tras completar el docking
- Ejemplo: 25 ligandos + PyMOL = 5 + 0,5 = 5,5 Créditos
Créditos gastados por ejecución (referencia)
| Ligandos | Créditos | + PyMOL |
|---|---|---|
| 1 | 1 | 1.5 |
| 2 | 1 | 1.5 |
| 3 | 1 | 1.5 |
| 4 | 1 | 1.5 |
| 5 | 1 | 1.5 |
PyMOL añade +0,5 Crédito por trabajo. El borrador con IA es +1 Crédito, facturado por separado tras el docking. Aplica a cualquier saldo de Créditos (Gratis, suscripción o puntual). Otros tamaños de lote: 1–3 ligandos = 1 Crédito; 4+ = 1 Crédito por cada 5 ligandos (redondeado hacia arriba).
Cuándo se cobran los Créditos
- Los Créditos se deducen al enviar un trabajo de docking (no al finalizar)
- Los Créditos de suscripción se usan siempre primero; los Créditos de paquetes puntuales solo después de agotar el saldo de suscripción del periodo
- Plan Gratis: 1 Crédito concedido una vez al registrarse (suficiente para un trabajo de 1–3 ligandos sin PyMOL); los Créditos no usados no se acumulan ni se renuevan mensualmente. Un crédito por correo; una cuenta Gratis por dispositivo y red.
- Planes de pago: los Créditos mensuales de suscripción se reinician al inicio de cada periodo de facturación
Mejorar tu suscripción
- Al mejorar (p. ej. Student → Research), tu suscripción anterior se cancela automáticamente — nunca mantienes dos planes de pago a la vez
- Los Créditos de suscripción no usados del plan anterior no se transfieren; el nuevo plan comienza con su asignación mensual completa (p. ej. Research = 16 Créditos)
- Los Créditos de paquetes puntuales comprados por separado no se eliminan al mejorar — permanecen en tu cuenta hasta usarlos
Suscripción + paquetes puntuales juntos
- Puedes comprar una suscripción y paquetes puntuales — ambos permanecen en tu cuenta
- Paquetes puntuales: Single Run Pass (3 Créditos), Screening Pack (10 Créditos). Los Créditos se añaden a tu saldo comprado y se gastan por ejecución según las reglas anteriores
- Los Créditos de paquetes puntuales no expiran con el ciclo mensual; los Créditos de suscripción se reinician cada periodo de facturación (los Créditos Gratis al registrarse son puntuales)
- Los trabajos siempre gastan primero Créditos de suscripción, luego Créditos puntuales
- Recomendamos suscribirse o mejorar cuando necesites más uso mensual; los paquetes puntuales están siempre disponibles en la página de precios como alternativa
Fallos del servicio y reembolsos de Créditos
El docking se ejecuta en nuestros servidores; pagas Créditos para ejecutar el cálculo y recibir un informe/ZIP. Un ligando que no acopla correctamente (estructura inválida, error de preparación, pose no utilizable o tiempo límite por ligando) es un resultado científico normal — el trabajo sigue entregando resultados y los Créditos no se reembolsan. Si un lote alcanza el límite de 3 horas, los ligandos completados se entregan en un ZIP parcial; los no finalizados se marcan como omitidos — sin reembolso parcial de Créditos. Un fallo del servicio significa que nuestra plataforma no pudo finalizar o entregar tu informe/ZIP (error del sistema, caída o tiempo límite antes de cualquier entrega). En ese caso, los Créditos cobrados por ese trabajo se reembolsan íntegramente de forma automática (consulta Historial de Créditos). Los trabajos por lotes se cobran una vez al enviar por todo el lote. Los pagos de suscripción son independientes de los Créditos de trabajo.
Almacenamiento de resultados
Los trabajos completados se almacenan según el plan: Gratis 7 días, Student 14 días, Research 30 días, Lab 90 días. Luego se eliminan los archivos — guarda tu ZIP/PDF localmente. Los usuarios Gratis pueden extender un trabajo una o dos veces (+14 días cada una) por 0,5 Crédito desde el panel.
Preguntas frecuentes
¿Cómo gestiona Dock la protonación de ligandos, la adición de hidrógenos y las cargas parciales?
Los ligandos se ionizan con dimorphite-DL al pH de protonación del trabajo (predeterminado 7,4; ajustable de 4,0 a 10,0). Se añaden hidrógenos explícitos durante el embedding 3D de RDKit (ETKDGv3, reintentos multi-semilla), seguido de minimización MMFF94 (respaldo UFF). Meeko MoleculePreparation asigna entonces tipos de átomo AutoDock y cargas parciales al escribir el PDBQT del ligando. SMILES protonados, pH, optimizador y advertencias de preparación se registran en run_manifest.json y se reflejan en la sección Methods de tu PDF.
¿Admitís ligandos con muchos enlaces rotables?
Sí, dentro de límites apropiados para docking AutoDock Vina con receptor rígido. Meeko etiqueta cada enlace rotable no terminal en el PDBQT del ligando (informado como TORSDOF). Revisar configuración advierte por encima de 12 enlaces rotables o TORSDOF y rechaza por encima de 20. Ligandos muy flexibles pueden ejecutarse lentamente o dar un muestreo conformacional incompleto — considera análogos más rígidos o métodos de ajuste inducido en otras plataformas. El peso molecular está limitado a 900 Da (advertencia por encima de 600 Da).
¿Cuál es vuestro pipeline de docking de extremo a extremo?
Receptor: descarga PDB de RCSB (ID PDB de 4 caracteres, p. ej. 6LU7) o carga del usuario → limpieza Biopython (aguas y ligandos de co-cristal eliminados; preservación opcional de HETATM ZN/MG) → receptor rígido PDBQT Meeko Polymer. Ligando: SMILES o SDF → protonación dimorphite-DL → conformador 3D RDKit → PDBQT ligando Meeko. Docking: AutoDock Vina (exhaustividad 8, nueve modos, rango de energía 3 kcal/mol) con las tres mejores poses exportadas por ligando. Postprocesado: interacciones proteína–ligando PLIP, QC de poses PoseBusters y resúmenes Lipinski/Veber/QED de RDKit.
¿El receptor es flexible o solo el ligando?
Solo docking con receptor rígido: las cadenas laterales de la proteína permanecen fijas tras la preparación del receptor con Meeko. La flexibilidad del ligando sigue las raíces de enlaces rotables de Meeko (TORSDOF en PDBQT). Docking de ajuste inducido, cadenas laterales flexibles, docking covalente y flujos de proteínas de membrana no están soportados en este pipeline.
¿Cómo se define la caja de búsqueda de AutoDock Vina?
En Revisar configuración eliges una de cuatro fuentes de caja: (1) centroide del ligando de co-cristal (estructuras holo), (2) predicción de bolsillo apo (pocketeer — seleccionables los tres mejores bolsillos), (3) anclas de residuos del bolsillo (p. ej. 214,226,245) o (4) un centro XYZ personalizado. Las dimensiones predeterminadas de la caja son 20 × 20 × 20 Å. Una vista previa 3D muestra el receptor y la caja antes de gastar Créditos. Las predicciones de bolsillo apo incluyen un aviso explícito para comparar con la literatura o estructuras de co-cristal.
¿Qué valida Revisar configuración (0 Créditos) antes del docking?
Revisar configuración analiza o descarga tu receptor, resuelve la caja de unión y ejecuta precomprobaciones de ligandos (validez SMILES, peso molecular, número de enlaces rotables, Meeko TORSDOF) con vista previa 3D de la caja — sin cobrar Créditos. El PDBQT de ligando generado aquí se reutiliza al ejecutar docking (protonación bloqueada desde el paso validado). Corrige los errores mostrados; Ejecutar docking cobra Créditos solo al enviar.
¿Qué ajustes de AutoDock Vina están fijos? ¿Puedo cambiar la exhaustividad?
Los parámetros de Vina están fijos para reproducibilidad: exhaustividad = 8, num_modes = 9, energy_range = 3 kcal/mol, función de puntuación vina. Las tres poses de menor puntuación por ligando se exportan como SDF y archivos PDB de complejo proteína–ligando. Exhaustividad personalizada, rescoring Smina o GNINA no están disponibles — cadenas de versión y todos los ajustes se registran en run_manifest.json para tu párrafo Methods.
¿Cómo funciona la comprobación de sanidad de redock con co-cristal?
Cuando hay un ligando de co-cristal en el PDB cargado, Dock puede redockarlo e informar RMSD de átomos pesados frente a la pose de cristal. Los trabajos de un solo ligando lo activan por defecto; los trabajos por lotes lo desactivan por defecto (activar en Avanzado). Un RMSD elevado señala caja de unión mal definida, selección de cadena incorrecta o discrepancia de protonación antes de cribar análogos.
¿El docking molecular requiere una estructura proteica cristalizada?
No siempre. Una estructura de cristal holo (proteína con ligando de co-cristal) es la mejor para definir el sitio de unión y comprobaciones de redock. En muchos proyectos de descubrimiento, una estructura apo más un bolsillo definido en la literatura o predicho es aceptable si declaras claramente tus supuestos.
¿Qué es el docking molecular?
El docking molecular predice cómo una molécula pequeña se une en un sitio de unión proteico, produciendo poses y una puntuación (por ejemplo afinidad Vina en kcal/mol). Apoya la generación de hipótesis computacionales — no la prueba experimental de unión.
¿Cómo funciona el docking molecular?
Se coloca una rejilla de búsqueda sobre el sitio de unión; se muestrean conformaciones del ligando y se puntúan con un algoritmo de búsqueda. AutoDock Vina usa docking con receptor rígido (proteína fija, torsiones del ligando flexibles). Dock prepara archivos PDBQT de receptor y ligando con Meeko y registra ajustes Vina, coordenadas de caja y pH de protonación en run_manifest.json y tu informe PDF.
¿Cuál es el mejor software de docking molecular para investigación?
AutoDock Vina sigue siendo el estándar de la industria para docking con receptor rígido (rápido, bien citado). Dock ejecuta Vina online para evitar instalación local. Alternativas como GNINA o DiffDock añaden puntuación ML pero difieren en configuración y reproducibilidad — para la mayoría de flujos SAR y cribado, Vina más texto Methods claro es la línea base esperada.
¿Cómo puedo ejecutar docking molecular online?
Introduce un ID PDB de 4 caracteres (o sube un receptor .pdb), envía ligandos SMILES o SDF, ejecuta Revisar configuración (0 Créditos) y haz clic en Ejecutar docking. Recibes un paquete results.zip e informe PDF con poses, interacciones PLIP, QC de poses y figuras PyMOL opcionales.
¿Qué contiene el archivo ZIP de resultados?
results.zip es el entregable completo para trabajo offline. En la raíz del trabajo: result.json (resumen), run_manifest.json (Vina/caja/pH para Methods), receptor_clean.pdb y redock_report.json cuando aplique. Por cada ligando acoplado: 3 mejores poses (SDF), complejo proteína–ligando (PDB), archivos PDBQT de ligando, JSON de ADMET e interacciones, y figuras PNG (diagrama 2D, vista general, ligando 2D; render opcional del sitio de unión PyMOL). El informe PDF refleja tablas y figuras clave para impresión pero no sustituye las estructuras del ZIP. Consulta la sección «¿Qué contiene el ZIP de resultados?» en Funciones de la página de inicio.
¿Ligando único vs lote: el informe es igual? ¿Dónde se muestran todos los compuestos?
El pipeline es el mismo por ligando exitoso — cada uno obtiene poses, PDB de complejo, JSON ADMET, JSON de interacciones y figuras PNG. En results.zip, cada compuesto acoplado correctamente tiene sus propios archivos (no solo el mejor hit). En el informe web, la tabla de resultados lista todos los ligandos con puntuaciones y QC; el texto de modo de unión, figuras de publicación, detalle ADMET y el visor 3D muestran un ligando a la vez — usa el desplegable de ligando en trabajos por lotes (predeterminado: mejor afinidad). El PDF lista todos los ligandos en la tabla pero incorpora figuras y discusión principalmente del mejor hit. Los borradores de manuscrito con IA opcionales también se centran en el mejor hit. Excepción: si las figuras PyMOL están activadas en un trabajo por lotes, solo el mejor hit obtiene un PNG PyMOL (el resto de entregables por ligando siguen aplicando). El redock de co-cristal está activado por defecto para un solo ligando y desactivado por defecto para cribado por lotes.
¿Cómo se calculan los Créditos para un trabajo de docking?
Una ejecución de docking cuesta 1 Crédito para 1–3 ligandos, luego 1 Crédito por cada 5 ligandos redondeado hacia arriba (4–5 ligandos = 1 Crédito, 6–10 = 2 Créditos, etc.). Las figuras PyMOL opcionales añaden 0,5 Crédito por trabajo. Los Créditos se comprueban al hacer clic en Ejecutar docking, antes de encolar el trabajo.
¿Cuándo se cobran los Créditos?
Los Créditos se deducen al enviar un trabajo de docking, no al completarlo. Los reembolsos aplican solo cuando nuestro servicio no entrega tu informe/ZIP (error del sistema, caída o tiempo límite) — no cuando ligandos individuales simplemente no acoplan correctamente.
¿Un ligando que no acopla es lo mismo que un fallo del servicio?
No. Ligando no acoplado significa que el pipeline se ejecutó pero esa molécula no pudo prepararse o puntuarse (SMILES incorrecto, error de preparación, tiempo límite por ligando, etc.) — es un resultado normal por el que pagaste para probar; los Créditos no se reembolsan. Si un lote alcanza el límite de 3 horas del trabajo, recibes un ZIP parcial con ligandos finalizados; los compuestos omitidos se listan en el informe — sin reembolso parcial. Fallo del servicio significa que nuestra plataforma no pudo completar o entregar tu trabajo (error del servidor, caída, tiempo límite sin informe/ZIP). Los fallos del servicio se reembolsan íntegramente. Un lote completado con algunos ligandos omitidos sigue siendo un trabajo entregado — sin reembolso parcial.
¿Cuándo recupero Créditos?
Solo por fallos del servicio: error de nuestro sistema, caída o tiempo límite antes de entregar informe/ZIP. Consulta Panel → Historial de Créditos para entradas de reembolso. Corrige entradas y vuelve a enviar cuando estés listo. Resultados a nivel de ligando (no pudo acoplar, afinidad débil) no son reembolsos.
Si algunos ligandos de un lote no pudieron acoplar, ¿recupero Créditos?
No. Los Créditos se cobran una vez al enviar por todo el lote. Ligandos omitidos, con tiempo límite o que no acoplan son resultados normales y se listan en tu informe — no son motivo de reembolso. Si el trabajo alcanza el límite de 3 horas, aún recibes un ZIP parcial por ligandos completados. Los reembolsos aplican solo cuando todo el trabajo falla de nuestro lado sin entregables.
¿Créditos de suscripción vs Créditos de paquete puntual?
Los Créditos de suscripción se reinician cada periodo de facturación y pertenecen a tu plan actual. Los Créditos de paquetes puntuales (Single Run Pass, Screening Pack) se compran por separado, no expiran con el mes y nunca se eliminan al mejorar. Al ejecutar un trabajo, siempre se usan primero Créditos de suscripción; los Créditos puntuales solo después de agotar los Créditos de suscripción del periodo.
¿Qué ocurre al mejorar mi suscripción?
Tu suscripción anterior se cancela automáticamente — nunca mantienes dos planes de pago. Los Créditos de suscripción no usados del plan anterior no se transfieren; el nuevo plan comienza con su asignación mensual completa (p. ej. mejorar a Research da 16 Créditos). Se conservan los Créditos de paquetes puntuales comprados por separado. Se te pedirá confirmar esto antes de mejorar desde tu panel.
¿Cuánto cuesta Dock?
Dock ofrece un plan Gratis a $0/mes (1 Crédito al registrarse, sin tarjeta de crédito). Suscripciones mensuales de pago: Plan Student $9,99/mes (5 Créditos/mes), Plan Research $24,99/mes (16 Créditos/mes, 2 trabajos concurrentes, cola prioritaria) y Plan Lab $49,99/mes (35 Créditos/mes, 5 trabajos concurrentes, cola prioritaria). Paquetes de Créditos puntuales sin suscripción: Single Run Pass $7,99 (3 Créditos) y Screening Pack $19,99 (10 Créditos). Todos los niveles de pago incluyen el mismo pipeline de docking (Vina, PLIP, ADMET, PDF/ZIP). Precios y límites coinciden con los planes mostrados en la sección Precios de esta página.
¿Qué incluyen los planes Student, Research y Lab?
Plan Student ($9,99/mes): 5 Créditos/mes. Plan Research ($24,99/mes): 16 Créditos/mes, 2 trabajos concurrentes, cola prioritaria. Plan Lab ($49,99/mes): 35 Créditos/mes, 5 trabajos concurrentes. El tamaño de lote está limitado por Créditos (hasta 300 ligandos/trabajo). Todos los planes incluyen el pipeline completo de docking. Consulta Precios para detalles.
¿Puedo comprar Créditos sin suscripción?
Sí. Single Run Pass ($7,99): 3 Créditos. Screening Pack ($19,99): 10 Créditos. Los Créditos se gastan por ejecución según el número de ligandos; la concurrencia y la prioridad de cola siguen tu nivel de plan (consulta Precios).
¿Cuál es vuestra política de reembolso de suscripción?
Puedes cancelar una suscripción en cualquier momento para detener cargos futuros. Los pagos de suscripción pasados generalmente no son reembolsables salvo donde la ley lo exija. Los Créditos de trabajos de docking son independientes: se reembolsan automáticamente solo por fallos del servicio (sin informe/ZIP entregado), no por ligandos que no acoplaron.
¿Cuánto tiempo se conservan los resultados?
La retención depende de tu plan: Gratis 7 días, Student 14 días, Research 30 días, Lab 90 días. Los usuarios Gratis pueden extender un trabajo completado dos veces (+14 días cada una) por 0,5 Crédito desde el panel. Descarga tu ZIP y PDF antes de la caducidad.
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Actualizado desde registros de producción · última actualización junio 2026