Herramientas para preparar docking

• Proteína → PDB ID

  Buscar PDB por nombre de proteína

  Encuentra PDB ID de alta resolución a partir del nombre de proteína (EGFR, ACE2, HER2) y haz docking con un clic.

  Abrir

  También útil a continuación

  • Nombre a SMILES — Nombre → SMILES
  • Limpiador PDB — PDB → Receptor limpio
  • Convertidor PDBQT — Estructura → PDBQT

• Nombre → SMILES

  Nombre químico a SMILES

  Convierte nombres de fármacos o IUPAC a Canonical SMILES vía PubChem — listo para AutoDock Vina.

  Abrir

  También útil a continuación

  • Regla de 5 — SMILES → Drug-likeness
  • Convertidor PDBQT — Estructura → PDBQT
  • Búsqueda PDB — Proteína → PDB ID

• PDB → Receptor limpio

  Limpiador PDB — eliminar agua y heteroátomos

  Elimina aguas HOH y registros HETATM opcionales de un PDB en tu navegador — prep de receptor listo para docking.

  Abrir

  También útil a continuación

  • Búsqueda PDB — Proteína → PDB ID
  • Convertidor PDBQT — Estructura → PDBQT
  • Caja grid — Ligando → Centro caja

• Ligando → Centro caja

  Calculadora de caja grid AutoDock Vina

  Sube un ligando de referencia PDB/SDF para calcular Center X/Y/Z y Size de la caja de búsqueda Vina — copia config.txt con un clic.

  Abrir

  También útil a continuación

  • Convertidor PDBQT — Estructura → PDBQT
  • Limpiador PDB — PDB → Receptor limpio
  • Nombre a SMILES — Nombre → SMILES

• SMILES → Drug-likeness

  Regla de Lipinski y comprobador de drug-likeness

  Pega SMILES para calcular MW, LogP, HBD y HBA con RDKit.js en el navegador — filtro Lipinski pass/fail antes del docking.

  Abrir

  También útil a continuación

  • Nombre a SMILES — Nombre → SMILES
  • Convertidor PDBQT — Estructura → PDBQT
  • Búsqueda PDB — Proteína → PDB ID

• Estructura → PDBQT

  Convertidor SMILES / SDF / PDB → PDBQT

  Convierte SMILES, SDF o PDB a PDBQT de AutoDock Vina en el navegador con Open Babel — sin MGLTools.

  Abrir

  También útil a continuación

  • Nombre a SMILES — Nombre → SMILES
  • Limpiador PDB — PDB → Receptor limpio
  • Caja grid — Ligando → Centro caja

¿Listo para hacer docking? Abrir el formulario de AutoDock Vina.