Alat untuk persiapan docking

• Protein → PDB ID

  Cari PDB berdasarkan nama protein

  Temukan PDB ID resolusi tinggi dari nama protein (EGFR, ACE2, HER2) dan docking dengan satu klik.

  Buka

  Juga berguna selanjutnya

  • Nama ke SMILES — Nama → SMILES
  • Pembersih PDB — PDB → Reseptor bersih
  • Konverter PDBQT — PDB → PDBQT

• Nama → SMILES

  Nama kimia ke SMILES

  Konversi nama obat atau IUPAC ke Canonical SMILES via PubChem — siap untuk AutoDock Vina.

  Buka

  Juga berguna selanjutnya

  • Konverter SMILES — SMILES ↔ SDF
  • Aturan 5 — SMILES → Drug-likeness
  • Konverter PDBQT — PDB → PDBQT

• SMILES ↔ SDF

  Konverter SMILES

  Ubah SMILES menjadi SDF atau MOL, atau SDF, MOL, dan PDB kembali menjadi SMILES, di browser. Nama kimia dicari di halaman yang sama.

  Buka

  Juga berguna selanjutnya

  • Nama ke SMILES — Nama → SMILES
  • Konverter PDBQT — PDB → PDBQT
  • Aturan 5 — SMILES → Drug-likeness

• PDB → Reseptor bersih

  Pembersih PDB — hapus air & heteroatom

  Hapus air HOH dan catatan HETATM opsional dari PDB di browser — prep reseptor siap docking.

  Buka

  Juga berguna selanjutnya

  • Pencarian PDB — Protein → PDB ID
  • Konverter PDBQT — PDB → PDBQT
  • Kotak grid — Ligand → Pusat kotak

• Ligand → Pusat kotak

  Kalkulator kotak grid AutoDock Vina

  Unggah ligand referensi PDB/SDF untuk hitung Center X/Y/Z dan Size kotak pencarian Vina — salin config.txt dengan satu klik.

  Buka

  Juga berguna selanjutnya

  • Konverter PDBQT — PDB → PDBQT
  • Pembersih PDB — PDB → Reseptor bersih
  • Nama ke SMILES — Nama → SMILES

• SMILES → Drug-likeness

  Aturan Lipinski & pemeriksa drug-likeness

  Tempel SMILES untuk hitung MW, LogP, HBD, dan HBA dengan RDKit.js di browser — filter Lipinski lulus/gagal sebelum docking.

  Buka

  Juga berguna selanjutnya

  • Nama ke SMILES — Nama → SMILES
  • Konverter PDBQT — PDB → PDBQT
  • Pencarian PDB — Protein → PDB ID

• PDB → PDBQT

  Konverter SMILES / SDF / PDB → PDBQT

  PDB ke PDBQT online gratis (juga SDF/SMILES) dengan Open Babel — tanpa MGLTools. Unduh file siap Vina atau lanjut docking cloud.

  Buka

  Juga berguna selanjutnya

  • Nama ke SMILES — Nama → SMILES
  • Pembersih PDB — PDB → Reseptor bersih
  • Kotak grid — Ligand → Pusat kotak

Contoh: docking Mpro SARS-CoV-2 (PDB 6LU7)

Siap docking? Buka formulir AutoDock Vina.