Consulta gratuita RCSB + AlphaFold · Herramientas Dock
Buscar PDB por nombre de proteína
Encuentra PDB ID de alta resolución por nombre de proteína y haz docking con un clic — o usa AlphaFold cuando no hay cristal.
Los resultados aparecerán aquí — ordenados para preparación de acoplamiento molecular.
Cómo encontrar un PDB ID por nombre de proteína
No necesita memorizar códigos de cuatro caracteres ni navegar la búsqueda avanzada completa de RCSB. Este buscador gratuito de PDB ID consulta la API RCSB Search en su navegador, ordena por resolución y enlaza directamente al acoplamiento en línea.
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Escriba un nombre o abreviatura de proteína
Use nombres génicos o de proteína que los estudiantes buscan — EGFR, ACE2, HER2, CDK2, Spike protein, Mpro. Prefiera la abreviatura más usada si el nombre sistemático completo da ruido.
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Filtre por especie (opcional)
Por defecto Homo sapiens (Humano). Cambie a Mus musculus (Ratón) para constructos murinos, o Todas si la especie es desconocida. Los filtros reducen descargas de ortólogos incorrectos antes del acoplamiento.
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Elija un hit de alta resolución y acople
Los resultados se ordenan con menor Å (mejor detalle experimental) arriba. Abra la página RCSB para confirmar holo/apo y completitud del pocket, luego haga clic en Acoplar con este PDB para prefijar AutoDock Vina en Dock.
Proteínas populares que los estudiantes buscan en el PDB
Los laboratorios de curso y el cribado virtual casi siempre empiezan por un blanco nombrado, no un PDB ID aleatorio. Haga clic en una proteína para una búsqueda RCSB en vivo ordenada para preparación de acoplamiento.
| Proteína | Uso típico | Consejo de acoplamiento |
|---|---|---|
| Quinasa / curso de oncología | Prefiera entradas holo del dominio quinasa (~≤2.5 Å) | |
| Entrada viral / labs era COVID | Verifique especie humana + pocket con ligando | |
| Receptor tirosina quinasa | Confirme constructo extracelular vs quinasa | |
| Tutoriales de acoplamiento ciclo celular | Muchos co-cristales del sitio ATP | |
| Sets didácticos RBD SARS-CoV-2 | Filtre complejo human ACE2 cuando aplique | |
| Proteasa principal (p. ej. linaje 6LU7) | Receptor clásico de deberes Vina |
¿Por qué buscar el PDB por nombre de proteína para acoplamiento molecular?
Los manuales y tareas nombran blancos en inglés (“acoplar contra EGFR”, “usar human ACE2”), pero AutoDock Vina necesita un archivo de coordenadas concreto — usualmente un PDB ID de cuatro caracteres del RCSB Protein Data Bank. Los estudiantes pierden tiempo entre docenas de entradas que difieren en resolución, organismo, límites de dominio y si un ligando co-cristal define el pocket.
Esta herramienta gratuita en línea cubre ese flujo de cola larga: conoce el nombre de la proteína, necesita una estructura de alta resolución defendible y quiere acoplar — sin scripts locales ni memorizar IDs como 6LU7. Consultamos RCSB desde el navegador, preferimos entradas con resolución reportada, ordenamos menor Å primero y mostramos especie para evitar ortólogos incorrectos.
Tras elegir un ID, haga clic en Acoplar con este PDB para abrir Dock con el receptor prefijado. Combínelo con SMILES de ligando — convierta nombres de fármacos con nuestro convertidor de nombre químico a SMILES — y ejecute AutoDock Vina en línea con informe descargable. Para teoría de elección de estructura (holo vs apo, loops faltantes), vea ¿El acoplamiento molecular necesita estructura cristalina?.
Lista de verificación de selección PDB para acoplamiento
La resolución sola no basta. Antes de acoplar, revise el resumen RCSB con esta lista amigable para estudiantes.
- Resolución: prefiera ≤ ~2.5 Å cuando exista (número menor = más detalle).
- Organismo: coincida con la especie de la tarea (usualmente humano).
- Holo vs apo: prefiera pockets con ligando para Vina de receptor rígido cuando sea posible.
- Residuos faltantes: verifique backbone del sitio de unión (sin loops gigantes sin resolver).
- Cadena / dominio: confirme el dominio quinasa, proteasa o RBD correcto — no un constructo erróneo.
- Método: X-ray y cryo-EM competitivo funcionan; ensembles NMR requieren cuidado extra en coursework.
¿Cómo elegir un PDB para acoplamiento molecular?
Respuestas FAQ breves para quien buscó “find PDB by protein name”, “PDB ID finder” o “best PDB for docking EGFR / ACE2”.
Prefiera la estructura con menor resolución numérica (p. ej. 1.5 Å es mejor que 3.0 Å) — suele significar datos experimentales más densos y side-chains más claros cerca del sitio de unión.
Cuando sea posible, elija holo (con ligando) de la especie correcta, verifique residuos del pocket (sin loops grandes sin resolver) y confirme la cadena. Luego haga clic en Acoplar con este PDB.
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- Convertidor SMILES / SDF / PDB → PDBQT
Convierte SMILES, SDF o PDB a PDBQT de AutoDock Vina en el navegador con Open Babel — sin MGLTools.
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