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免费 RCSB + AlphaFold 查询 · Dock 工具

按蛋白名称搜索 PDB

从蛋白名称查找高分辨率 PDB ID 并一键对接 — 若无晶体结构则回退到 AlphaFold。

请使用英文名称或基因符号（如 EGFR、ACE2）。RCSB 搜索以英文效果最佳 — 中文名称通常无结果。

试试：

搜索结果将显示在此处 — 按分子对接准备需求排序。

如何按蛋白质名称查找 PDB ID

无需记忆四位代码或深入 RCSB 高级搜索界面。此免费 PDB ID 查找器在浏览器中查询 RCSB Search API，按分辨率排序，并直接链接至在线对接。

  1. 1

    输入蛋白质名称或缩写

    使用学生常搜的基因/蛋白名 — EGFR、ACE2、HER2、CDK2、Spike protein、Mpro。若完整系统名结果杂乱，请优先常用缩写。

  2. 2

    按物种筛选（可选）

    默认为 Homo sapiens（人类）。小鼠作业可切换 Mus musculus（小鼠），物种未知时选「全部」。物种筛选可减少对接前下载错误直系同源物。

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    选择高分辨率命中并对接

    结果按 Å 升序排列（实验细节更好者靠前）。打开 RCSB 页面确认 holo/apo 与口袋完整性，再点击「用此 PDB 对接」预填 Dock 上的 AutoDock Vina。

学生在 PDB 中常搜的蛋白质

实验课与早期虚拟筛选几乎总从命名靶点开始，而非随机 PDB ID。点击蛋白质名称运行按对接准备排序的 RCSB 实时搜索。

蛋白质典型用途对接提示
激酶 / 肿瘤学课程优先激酶域 holo 条目（~≤2.5 Å）
病毒进入 / COVID 实验确认人类物种 + 配体结合口袋
受体酪氨酸激酶确认胞外域 vs 激酶域构建体
细胞周期对接教程ATP 位点共晶较多
SARS-CoV-2 RBD 教学相关时筛选 human ACE2 复合物
主蛋白酶（如 6LU7 系列）经典 Vina 作业受体

为何分子对接要按蛋白质名称搜索 PDB？

实验手册与作业以英文命名靶点（「对接 EGFR」「使用 human ACE2」），但 AutoDock Vina 需要具体受体坐标文件 — 通常是 RCSB 蛋白质数据 bank 的四字符 PDB ID。学生在分辨率、物种、结构域边界及共晶配体是否定义口袋等差异的众多条目中耗费时间。

此免费在线 PDB 搜索工具面向长尾工作流：已知蛋白名、需要可靠高分辨率结构、下一步对接 — 无需本地脚本或记忆 6LU7 等 ID。我们从浏览器查询 RCSB，优先有分辨率报告的条目，按 Å 升序排序并显示物种以避免错误直系同源物下载。

选定 ID 后，点击 用此 PDB 对接 打开预填受体的 Dock 首页。配合配体 SMILES — 用我们的化学名称转 SMILES 转换器转换药物名 — 然后运行带可下载报告的在线 AutoDock Vina。结构选择理论（holo vs apo、缺失环）见 分子对接是否必须有晶体结构？。

对接用 PDB 选择清单

分辨率 alone 不够。点击 Dock 前，用此学生友好清单浏览 RCSB 摘要。

  • 分辨率：有则优先 ≤ ~2.5 Å（数值越低细节越细）。
  • 物种：匹配作业指定物种（通常为人）。
  • Holo vs apo：可能时刚性受体 Vina 优先配体结合口袋。
  • 缺失残基：确认结合位点主链存在（无巨大未解析环）。
  • 链/结构域：确认对接的是目标激酶域、蛋白酶或 RBD — 而非错误构建体。
  • 方法：X-ray 与有竞争力的 cryo-EM 均可；NMR ensemble 作业需额外注意。

如何为分子对接选择 PDB？

面向搜索「按蛋白名找 PDB」「PDB ID 查找器」或「EGFR/ACE2 最佳对接 PDB」的学生的简明 FAQ。

优先选择分辨率数值最低的结构（如 1.5 Å 优于 3.0 Å）— 通常意味着更密的实验数据及结合位点侧链更清晰。

可能时选择正确物种的 holo（配体结合）结构，确认口袋残基完整（无大段未解析环），并确认将对接的链。然后点击「用此 PDB 对接」将 ID 载入在线 AutoDock Vina 流程。

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