免费 PubChem 查询 · Dock 工具
化学名转 SMILES 转换器
从任意药物、天然产物或 IUPAC 名称即时生成 Canonical SMILES 与 2D 结构 — 可用于分子对接。
请使用英文药物名或 IUPAC 名称（例如 Aspirin）。PubChem 不支持中文及其他非拉丁字符名称。
搜索结果将显示在此处 — SMILES、2D 结构及一键对接链接。
如何将化学名称转换为 SMILES
无需 ChemDraw、Open Babel 或本地 PubChem。此免费转换器在浏览器中调用 PubChem PUG REST API，数秒内返回可用于对接的 SMILES 字符串。
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输入名称或同义词
可使用常见药物名（Aspirin）、INN、商品名同义词或完整 IUPAC 名称。若首次未命中，请优先使用最通用的同义词。
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获取 Canonical SMILES 与 2D 结构
我们在 PubChem 中解析名称，展示 2D 结构图，并显示可复制的 Canonical（连接性）SMILES，供笔记本、脚本或 AutoDock Vina 输入使用。
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一键在线对接
点击「用此配体对接」打开预填 SMILES 的 AutoDock Vina 表单。配合 PDB ID（或使用蛋白质名称 PDB 查找工具）即可在浏览器中运行对接。
学生常转换为 SMILES 的化合物
课程作业与早期虚拟筛选常从熟悉分子开始。点击名称查询 PubChem 实时 SMILES，再对目标 PDB 进行对接。
| 化合物 | 典型用途 | 备注 |
|---|---|---|
| NSAID / 教学配体 | CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O | |
| 类药羧酸 | CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1 | |
| 天然产物黄酮 | 多酚骨架（实时查询） | |
| 经典激酶抑制剂 | 较大口服肿瘤配体 | |
| 核苷类似物 | 抗病毒 / COVID 时代示例 | |
| 类固醇骨架 | 刚性稠环配体 |
为何对接前要将化学名称转为 SMILES？
论文与实验手册以英文命名配体（如 quercetin、remdesivir），但对接引擎需要机器可读的结构。SMILES（Simplified Molecular Input Line Entry System）用一行文本编码原子与键 — 单个化合物无需上传 SDF。在线 AutoDock Vina 流程通常将 SMILES 嵌入 3D、在指定 pH 下质子化，再生成配体 PDBQT 用于打分。
若尚无 ChemDraw 文件，按名称检索 PubChem 是获取可信 Canonical SMILES 的最快方式。本页面向「已知化合物、需要字符串、下一步对接」的长尾需求 — 无需本地安装 RDKit 或 Open Babel。
转换后，将配体与受体 PDB ID 配对。若只知蛋白质名称（EGFR、ACE2、CDK2），请使用我们的按蛋白质名称搜索 PDB工具，然后在Dock 首页运行对接。
名称转 SMILES 常见问题
面向将药物名、IUPAC 名与同义词转为对接用 SMILES 的简明解答。
SMILES 是分子结构的紧凑文本表示。原子与键以字符书写 — 例如 aspirin 常为 CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O。环、分支、电荷及（部分方言中的）立体化学均可在一行内表达，供数据库与对接工具解析。
相关对接工具
- 按蛋白名称搜索 PDB
从蛋白名称（EGFR、ACE2、HER2）查找高分辨率 PDB ID，一键对接。
- PDB 清理 — 去除水分子与杂原子
在浏览器中从 PDB 去除 HOH 水分子及可选 HETATM 记录 — 对接就绪的受体预处理。
- AutoDock Vina 网格盒计算器
上传参考配体 PDB/SDF，计算 Vina 搜索盒的 Center X/Y/Z 与 Size — 一键复制 config.txt。
- Lipinski 五规则与类药性检查
粘贴 SMILES，在浏览器中用 RDKit.js 计算 MW、LogP、HBD 和 HBA — 对接前通过/未通过 Lipinski 筛选。
- SMILES / SDF / PDB → PDBQT 转换器
在浏览器中用 Open Babel 将 SMILES、SDF 或 PDB 转换为 AutoDock Vina PDBQT — 无需 MGLTools。
- 在线 AutoDock Vina 对接
粘贴 PDB ID 与 SMILES，检查结合盒，运行对接并下载报告。
- 全部免费对接预处理工具
浏览完整工具中心 — PDB 查找、化学名转 SMILES、PDB 清理、网格盒、五规则、PDBQT。