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纯浏览器受体预处理 · Dock 工具

PDB 清理 — 去除水分子与杂原子

在浏览器中去除结晶水与可选杂原子 — 然后在 Dock 上对接。

将 .pdb 文件拖放到此处

或点击浏览 · 解析在本地进行 · 不会发送到服务器

清理结果

请在上方上传 PDB。移除的水分子与杂原子计数将显示在此处。

如何清理 PDB 文件用于分子对接

仅去除结晶水无需 PyMOL 脚本、Open Babel 单行命令或本地 Autodock 安装。此免费 PDB 清理器使用浏览器 FileReader API 解析文件，移除 HOH（及可选 HETATM）记录，并可一键下载或对接 — 清理过程中不上传任何内容。

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    上传 .pdb 受体

    拖放或浏览来自 RCSB、AlphaFold 或课程资料的 Protein Data Bank 文件（.pdb / .ent）。解析在您的设备上进行；我们不会将文件发送到清理 API。

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    选择是否移除 HETATM

    水分子（残基名 HOH、WAT、DOD、H2O）始终移除。保持勾选可同时删除其他杂原子 — 共晶配体、离子和溶剂。若需在口袋中保留辅因子或离子，请取消勾选。

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    下载清理 PDB 或在线对接

    下载 *_clean.pdb 用于本地 Vina/PyMOL，或点击「用此清理 PDB 对接」将清理后的受体预加载到在线 AutoDock Vina 表单 — 提交作业前仍仅在此浏览器标签页中。

此 PDB 清理器移除（及保留）的内容

学生对接教程通常要求在转换为 PDBQT 前「删除水分子和杂原子」。下表说明在线清理器对每种记录类型的处理。

记录 / 内容默认操作对 Vina 的意义
HOH / WAT 水分子始终移除结晶水占据口袋，可能阻挡配体位姿。
其他 HETATM（配体、离子）勾选时移除共晶配体与您的 SMILES 竞争；离子可能仍有用途 — 请慎重选择。
ATOM（蛋白 / 核酸）保留标准氨基酸 / 核苷酸坐标作为受体骨架保留。
HEADER、TITLE、REMARK、TER、END…保留元数据与链终止符保留，便于在 PyMOL 中阅读。
已删原子的 ANISOU / CONECT不重写为课程速度设计的简单行过滤；若需完美 CONECT 图，请在 PyMOL 中重新清理。

对接前为何要从 PDB 中移除水和杂原子？

几乎每条 RCSB 晶体结构都包含 结晶水（残基名 HOH），且常有以 HETATM 记录的 共晶配体。AutoDock Vina 将这些原子视为刚性受体的一部分，除非先去除。结合位点中保留数百个水分子可能空间位阻阻挡位姿、抬高 clash 分数，使学生重对接基准劣于发表的共晶结构。

经典桌面准备使用 PyMOL（「remove resn HOH」）、ChimeraX 或 grep / Open Babel 管道 — 可行但仅为一项作业对接获取干净受体时较慢。此免费 在线 PDB 清理器面向该长尾流程：下载 PDB（或通过我们的按蛋白质名称搜索 PDB获取），在浏览器中去除 HOH 与可选 HETATM，再用我们化学名称转 SMILES 转换器的配体 SMILES 对接。

清理后点击 用此清理 PDB 对接 打开Dock 首页，受体已预加载为上传。在线 Dock 仍会添加氢并准备 Vina 用 PDBQT。完整受体/配体清单见AutoDock Vina 受体与配体准备及学生教程分子对接分步指南。

AutoDock Vina 前的受体清理清单

移除水分子是必要步骤但不足够。下载清理 PDB 后请浏览此清单 — 尤其用于评分作业和重对接验证。

  • 水分子（HOH/WAT）：标准刚性受体 Vina 运行应移除，除非实验明确要求保留桥接水。
  • 共晶配体（HETATM）：对接自有化合物时删除；仅在对照重对接该配体时保留。
  • 辅因子 / 金属离子：逐案决定 — 金属酶口袋中的 Zn2+ 可能属于受体；远端结晶添加剂通常不属于。
  • 交替构象（altLoc）：本清理器不修剪 altLoc；若占据率混乱，请在对接前于 PyMOL 中处理。
  • 口袋附近缺失环：清理原子无法修复未解析密度 — 请查阅 RCSB / 实验方法部分。
  • 链选择：多链 PDB 可能需导出单链；Dock 上传路径接受您的清理文件。
  • 质子化与 PDBQT：在线 Dock 在上传后处理准备；本地 Vina 清理后仍需 Open Babel / Meeko / MGLTools。

HOH 与 HETATM：学生常混淆之处

在 PDB 格式中，大多数水分子以残基名为 HOH（第 18–20 列）的 HETATM 行存储。因此「删除所有 HETATM」也会删除水 — 但「仅删除 HOH」会保留离子、甘油、PEG 和共晶药物。本工具始终去除水残基名，并可选择去除其余 HETATM 行以匹配两种常见实验说明：

  • 「移除水分子」 → 取消 HETATM 勾选（水仍会被去除）。
  • 「移除水与杂原子 / 配体」 → 保持勾选（默认）。

蛋白与 DNA/RNA 骨架保持为 ATOM 记录。我们不在此重命名链、重新编号残基或添加氢 — 这是有意为之，使清理器成为对接前透明、可审计的第一步。

PDB 清理器 FAQ（AutoDock Vina 准备）

面向搜索「从 PDB 去水」「在线删除 HETATM」「清理 PDB 对接」「AutoDock Vina 前去除 HOH」的学生的简明解答。

不会。清理仅使用浏览器 FileReader API。此步骤中坐标留在您的机器上。若之后点击「用此清理 PDB 对接」并提交对接作业，Dock 接收您选择运行的清理文本 — 与在首页上传文件相同。

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