浏览器内 Open Babel · Dock 工具
SMILES / SDF / PDB → PDBQT 转换器
用 Open Babel WASM 将配体转换为 AutoDock Vina PDBQT — 无需安装 MGLTools。
将分子文件拖放到此处
或点击浏览 · .smi / .sdf / .mol / .pdb · 转换在本地进行
首次运行会下载 Open Babel 引擎一次，随后在内存中用 Gasteiger 电荷转换。
转换结果
成功转换会自动下载 .pdbqt 文件。摘要将显示在此处。
如何在线将 SMILES、SDF 或 PDB 转换为 PDBQT
AutoDock Vina 与 AutoDock 4 期望配体（及常受体）为 PDBQT — 含部分电荷 (Q) 与 AutoDock 原子类型 (T) 的坐标。此免费转换器在浏览器中运行 Open Babel WebAssembly，可跳过 MGLTools、conda 与命令行 obabel。
- 1
选择输入格式（或自动检测）
选择 SMILES、SDF、MOL、MOL2 或 PDB — 或保持自动检测。上传文件或粘贴结构文本。若仅有 IUPAC 或商品名，请先用我们的名称转 SMILES 工具。
- 2
在浏览器中用 Open Babel 转换
首次使用加载 Open Babel 引擎（约 8 MB）。SMILES 在需要时嵌入 3D；pH 7.4 加氢；Gasteiger 电荷与 AutoDock 原子类型写入 PDBQT。
- 3
下载 .pdbqt 并对接
文件自动下载供本地 Vina/Smina 脚本使用。或点击「格式就绪！开始云端对接」在 Dock 上在线运行 Meeko + AutoDock Vina 并获取 PDF/ZIP 报告。
什么是 PDBQT？AutoDock Vina 为何需要它？
PDBQT 在 familiar PDB 原子表上扩展两个对接关键字段：部分电荷 (Q) 与 AutoDock 原子类型 (T)。Vina 打分函数使用这些类型（及配体可旋转键 root），而非仅元素符号。RCSB 或 ChemDraw 的 plain PDB/SDF 通常不足以运行本地 Vina。
历史上学生安装 MGLTools / AutoDockTools 或运行 obabel input.sdf -O ligand.pdbqt -h。本页面向相同意图 —「SDF 转 PDBQT 在线」「SMILES 转 PDBQT」— 提供隐私友好的浏览器路径。
Dock 云端作业可完全跳过手动 PDBQT：粘贴 PDB ID 与配体 SMILES，Meeko 在服务端准备受体/配体 PDBQT。需要可下载文件用于作业脚本、PyMOL 检查或离线 Vina 时使用本转换器。
PDBQT 转换支持的分子格式
选择与您结构存储方式匹配的路径。配体级输入最适合浏览器 WASM；巨大晶体受体应走服务端准备流程。
SMILES → PDBQT
粘贴 line notation（PubChem 药物 SMILES 或我们名称转 SMILES 工具）。Open Babel 嵌入 3D（可用 MMFF94）、pH 7.4 加氢、分配 Gasteiger 电荷并写入 AutoDock 原子类型。
SDF / MOL → PDBQT
上传含 2D 或 3D 坐标的 MDL 连接表。多分子 SDF 逐分子转换为一条拼接 PDBQT 流 — 适合小型教学库。
PDB → PDBQT
使用配体级 PDB 片段或小肽。完整晶体受体常超出浏览器内存；请先用 PDB 清理器去水，或在 Dock 云端 Meeko 管道中准备受体。
MOL2 → PDBQT
Tripos MOL2（常见于对接导出与部分力场工具）可在无需安装 MGLTools 时为 AutoDock Vina 重新分配原子类型。
试用示例 SMILES → PDBQT
点击熟悉化合物粘贴 SMILES 并运行实时转换 — 适用于演示、实验室 onboarding 及验证下载后再处理自己的库。
| 化合物 | 典型用途 | 预期结果 |
|---|---|---|
| 最简教学配体 | 极小 PDBQT — 良好首次冒烟测试 | |
| 经典口服药示例 | 含酯 + 酸的小型有机物 | |
| NSAID 课程配体 | 柔性侧链 → Vina 中 TORSDOF | |
| 刚性杂环演示 | 紧凑稠环 PDBQT |
Open Babel vs MGLTools vs Meeko（PDBQT）
三者均可产生 PDBQT，但适合对接 workflow 的不同阶段。选择免费在线转换器还是完整 AutoDock Vina 管道时参考此表。
| 工具 | 最适合 | 电荷 / 类型 | 安装 |
|---|---|---|---|
| 本转换器 (Open Babel WASM) | 浏览器内快速配体 SDF/SMILES → PDBQT | Gasteiger–Marsili | 无（首次约 8 MB WASM） |
| MGLTools / AutoDockTools | 传统受体准备、柔性侧链、ADT GUI | Gasteiger (ADT) / 自定义 | 桌面 Python 栈 |
| Meeko (Dock 云端) | 生产级 Vina 受体 + 配体准备（含 TORSDOF） | Meeko / AutoDock 类型 | Dock 上无需 — 服务端运行 |
| obabel CLI | 笔记本或 HPC 批处理脚本 | Gasteiger via --partialcharge | conda / apt Open Babel |
本页默认 CLI 等价：obabel input.sdf -O out.pdbqt -h --partialcharge gasteiger；（SMILES 加 --gen3d）。实验报告中请明确方法 — Gasteiger Open Babel 与 Meeko 准备不完全相同。
分子对接前为何转换为 PDBQT？
对接引擎不像人类那样「看到」ChemDraw 草图或 raw SMILES。转换为 PDBQT 是添加质子化/氢、部分电荷与原子类型的交接，使 AutoDock Vina 能一致评估空间与疏水项。跳过转换是学生 lab 中 cryptic Vina 错误的常见来源。
Dock 上的实用准备序列：化学名称 → SMILES、可选 Lipinski Rule of 5 筛选、蛋白质名称 → PDB ID、清理水 / HETATM、网格盒中心/尺寸，然后本地 Vina 用此 PDBQT 转换器 或 Dock 首页 云端 AutoDock Vina。
本页覆盖的搜索意图包括 PDB 转 PDBQT 在线、SDF 转 PDBQT 转换器、SMILES 转 PDBQT 免费、AutoDock 分子格式转换器，以及无需安装 MGLTools 的 Vina 配体准备。
配体 vs 受体 PDBQT — 实用限制
配体（类药 SMILES、供应商 SDF、从口袋导出的共晶配体）在浏览器中转换良好。首次加载引擎需短暂等待，数百原子以下分子接近即时下载。
受体（完整 PDB 蛋白）更重：Open Babel WASM 需在内存中持有整个聚合物，AutoDock 风格受体准备常需去水、非标准残基处理及刚性/柔性侧链决策。受体优先用 PDB 清理器 + Dock 云端 Meeko，或本地 Meeko/Open Babel 批处理。
此处软限制：约 2.5 MB 文本输入与约 20 000 原子。大 PDB 转换失败时，裁剪至结合位点链或使用无服务器 Open Babel API（见 examples/pdbqt-converter-api）。
PDBQT 转换器常见问题
面向从 SMILES、SDF 或 PDB 准备 AutoDock Vina 配体且无需安装 MGLTools 的学生与研究者的简明解答。
PDBQT 是类 PDB 坐标文件，还存储部分电荷 (Q) 与 AutoDock 原子类型 (T)。AutoDock Vina 及相关引擎读取 PDBQT 而非 plain SDF/PDB。
相关对接工具
- 按蛋白名称搜索 PDB
从蛋白名称（EGFR、ACE2、HER2）查找高分辨率 PDB ID，一键对接。
- 化学名转 SMILES
通过 PubChem 将药物或 IUPAC 名称转换为 Canonical SMILES — 可用于 AutoDock Vina。
- PDB 清理 — 去除水分子与杂原子
在浏览器中从 PDB 去除 HOH 水分子及可选 HETATM 记录 — 对接就绪的受体预处理。
- AutoDock Vina 网格盒计算器
上传参考配体 PDB/SDF，计算 Vina 搜索盒的 Center X/Y/Z 与 Size — 一键复制 config.txt。
- Lipinski 五规则与类药性检查
粘贴 SMILES，在浏览器中用 RDKit.js 计算 MW、LogP、HBD 和 HBA — 对接前通过/未通过 Lipinski 筛选。
- 在线 AutoDock Vina 对接
粘贴 PDB ID、添加 SMILES，运行含 Meeko 准备与可下载报告的云端对接 — 无需本地 PDBQT。
- 全部免费对接预处理工具
浏览完整工具中心 — PDB 查找、化学名转 SMILES、PDB 清理、网格盒、五规则、PDBQT。