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免安装 · AutoDock Vina

AutoDock Vina 在线

搜 AutoDock 或 AutoDock Vina，多半是要一套不用在笔记本上装环境的对接。这一页说明两者差在哪、在浏览器里怎么跑，以及做完能拿走什么。

开始在线对接

AutoDock 和 AutoDock Vina 差在哪

AutoDock在课程和老教程里通常指 AutoDock 4。它先用 AutoGrid 计算格点能量图，再用拉马克遗传算法搜索，评分是经验自由能。这条路线慢，而且常要安装 MGLTools。

AutoDock Vina（Trott 与 Olson，2010）是另一套程序：评分函数不同，用局部搜索加梯度优化，不必预先算亲和力图，速度高很多。它仍然读 PDBQT，但不是 AutoDock 4 换了个界面。

本站跑的是 AutoDock Vina。受体和配体由 Meeko 预处理，对接是刚性受体。不是 AutoDock 4，也不是 DiffDock 或 GNINA。作业如果点名某一种引擎，Methods 里就写那一种。

AutoDock 4AutoDock Vina
搜索遗传算法，先算格点图梯度局部搜索，不用预先格点图
常见安装MGLTools、AutoGridVina 可执行文件，或在线跑
本站不跑 AutoDock 4Meeko 预处理 + Vina

免安装怎么跑

  1. 1

    打开对接表单

    不用装 Vina、Meeko、MGLTools 或 Linux。表单就在中文首页。

  2. 2

    填受体和配体

    受体用四位 PDB ID，或上传 PDB。配体贴 SMILES，也可以交 SDF。还没有 SMILES 时，先用 SMILES 转换。

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    下载作业要的文件

    跑完后取亲和力、前三个构象、PLIP 相互作用图、构象质检，以及带计算方法段落的 PDF / ZIP。

配体还是一行 SMILES 都没有时，用 SMILES 转换。受体不确定 PDB ID 时，用 按名称搜 PDB。

做完能导出什么

  • 每个配体的结合亲和力，以及 Vina 的前三个构象。
  • PLIP 蛋白–配体相互作用，和构象质检。
  • PDF 报告，里面有可放进作业的计算方法段落；ZIP 里是构象和配套文件。

老师若要求 AutoGrid 的图、AutoDock 4 的 dlg，或本机终端截图，这些文件里没有。那种作业仍要按指定软件在本地跑。

打开对接表单

常见问题

搜 AutoDock 可以用这一页吗？

可以拿来跑 AutoDock Vina。如果作业写的是 AutoDock 4、AutoGrid，或要求 MGLTools 的格点图截图，那是另一套程序，不能把 Vina 的结果写成 AutoDock 4。

还要自己转 PDBQT 吗？

在这个网站上不用。配体交 SMILES 或 SDF，受体交 PDB ID 或 PDB 文件，Meeko 会在服务器上做成 Vina 要的 PDBQT。只有本地命令行才需要自己下载 PDBQT。

和 SwissDock、Webina 是同一个东西吗？

不是。它们都是在线对接入口，引擎和交付物不一样。这里跑的是 AutoDock Vina，预处理是 Meeko，结果里有 PLIP 相互作用、构象质检、PDF 和 ZIP。写 Methods 时要写实际使用的引擎。

结果能放进论文或作业吗？

可以。每次任务给出亲和力、前三个构象、相互作用图，以及 PDF 里的计算方法段落。作业若规定必须是本地 Vina 的命令行日志，再按老师的格式补。